Για 34 χρόνια αγωνίστηκε μεταξύ Β΄ Εθνικής και Γ΄ Εθνικής, με εξαίρεση τρεις χρονιές (1989, 2003, 2004) που ήταν και οι μοναδικές που αγωνίστηκε στην Δ΄ Εθνική.[10] Το καλοκαίρι του 2005, ο νέος Έλληνας ιδιοκτήτης της ΠΑΕ, Φώτης Κωστούλας, ερχόμενος από τη Σουηδία και θέλοντας να αναλάβει τα ηνία της ομάδας της πόλης από την οποία καταγόταν,[11] παρουσίασε τα σχέδιά του για το μέλλον του συλλόγου, ενώ ακολούθησε και ριζική ανακαίνιση του γηπέδου. Πιο συγκεκριμένα, μέχρι το τέλος του 2006 είχαν ολοκληρωθεί τα ακόλουθα έργα: τοποθέτηση νέου χλοοτάπητα, κατασκευή στεγάστρου πάνω από τη δυτική κερκίδα, ανακαίνιση των εσωτερικών χώρων (αποδυτήρια, καφετέρια, γραφεία ΠΑΕ, μπουτίκ), κατασκευή νέων δημοσιογραφικών θεωρείων και σουιτών, τοποθέτηση καθισμάτων και στις δύο εξέδρες, ανάπλαση του περιβάλλοντος χώρου. Επιπλέον, το 2009 κατασκευάστηκε ένα νέο στεγασμένο διάζωμα με χωρητικότητα 120 περίπου διακεκριμένων θέσεων πάνω από τη μικρή ανατολική κερκίδα.
Την περίοδο 2008-09 τερμάτισε στη 2η θέση του Βορείου ομίλου και μέσω του αγώνα μπαράζ με αντίπαλο την ομάδα της Ρόδου, πήρε το εισιτήριο για την Β΄ Εθνική επικρατώντας με 2-1 στο στάδιο Νέας Σμύρνης. Πιθανολογείται ότι στον αγώνα της 23 Μαΐου 2009, έγινε η μεγαλύτερη μετακίνηση φιλάθλων επαρχιακής ομάδας, όταν περίπου 10.000 Αγρινιώτες πήγαν στην Αθήνα, ώστε να υποστηρίξουν την άνοδο της ομάδας τους. Την περίοδο 2010-11 κατέκτησε το πρωτάθλημα και κέρδισε την επιστροφή στην Α΄ Εθνική κατηγορία, έπειτα από 34 χρόνια απουσίας.[12][13]
Στην Α΄ Εθνική αγωνίστηκε προσωρινά την περίοδο 2011-12, καθώς υποβιβάστηκε έχοντας τερματίσει στη 15η θέση. Άμεση υπήρξε όμως η επάνοδος του συλλόγου, καθώς την επόμενη περίοδο (2012-13) προβιβάστηκε εκ νέου στην πρώτη τη τάξει κατηγορία μέσω της διαδικασίας των πλέι οφ, όπου κατέλαβε την 1η θέση με αντιπάλους τους Ηρακλή, Ολυμπιακό Βόλου και Νίκη Βόλου.
Έκτοτε, από την περίοδο 2013-14 ο Παναιτωλικός θα καθιερωθεί στην Α΄ Εθνική. Αρχικά, την περίοδο 2013-14 ισοβάθμησε με τον Λεβαδειακό στην 8η θέση της Σούπερ Λιγκ, στην υψηλότερη που είχε καταταγεί μέχρι τότε ο σύλλογος στη μεγάλη κατηγορία, εξασφαλίζοντας για δεύτερη συνεχή χρονιά (τέταρτη συνολικά) την παρουσία του σε αυτή. Την επόμενη (2014-15) βελτίωσε κατά μία θέση το ρεκόρ του τερματίζοντας 7ος, αυξάνοντας παράλληλα τη συμμετοχή του στη μεγάλη κατηγορία σε πέντε έτη, εκ των οποίων τα τρία τελευταία συνεχόμενα (προηγούμενη μέχρι τότε επίδοσή του υπήρξε το διάστημα 1975-77, όταν συμμετείχε στην πρώτη κατηγορία για δύο συνεχείς περιόδους). Την περίοδο 2015-16 ισοβάθμησε στην 11η θέση με τον Ηρακλή. Στο πρωτάθλημα της περιόδου 2016-17 τερμάτισε για δεύτερη συνεχή χρονιά στην 11η θέση. Στο πρωτάθλημα της περιόδου 2019-2020, κινδύνευσε σοβαρά με υποβιβασμό, ωστόσο με μια πολύ καλή πορεία από τον Ιανουάριο του 2020 και με ένα καλό μεταγραφικό ντεμαράζ, κατάφερε να παραμείνει στη κατηγορία.
Τα χρώματα του Παναιτωλικού είναι το μπλε και το κίτρινο. Το έμβλημα του συλλόγου αναπαριστά τον τοπικό ήρωα Τίτορμο τον Αιτωλό, με έμπνευση να φέρεται ότι αποτέλεσε αρχαίο τετράδραχμο που τον αποτυπώνει σε άρση ογκώδους πέτρας χρησιμοποιώντας και το δεξί του μηρό (στο περίγραμμα του νομίσματος αναγράφεται ως Τίτορμος Αιτωλός ούτος άλλος Ηρακλής).[14] Κατά το παρελθόν, η ομάδα ποδοσφαίρου έφερε ως σύμβολο στη φανέλα ένα «Π» (σε αντίθεση με εκείνες των υπολοίπων τμημάτων τα οποία χρησιμοποιούσαν την φιγούρα του προαναφερόμενου ήρωα), ενώ στη δεκαετία του '70 προτιμήθηκε άλλο διακριτικό. Ο Τίτορμος υπήρχε ως λογότυπο από το 1926, έμβλημα που εξελίχθηκε με το πέρασμα των ετών. Τον Ιούνιο του 2016, επ' ευκαιρία εορτασμού της 90ετηρίδας από την ίδρυση του συλλόγου και με το συμβολισμό Λίγο ψηλότερα, παρουσιάστηκε η νέα εκδοχή του εμβλήματος όπου πλέον ο Τίτορμος έχει φέρει το βράχο στο ύψος του στήθους.[15]
Η εντός έδρας εμφάνιση του Παναιτωλικού αποτελείται κυρίως από μία κίτρινη φανέλα με μπλέ σορτς και κίτρινες κάλτσες. Την τελευταία εικοσαετία η φανέλα μπορεί να είναι κίτρινη με μπλε ρίγες.
Η εκτός έδρας παραπέμπει σε μπλέ χρώμα με κίτρινες λεπτομέρειες στα μανίκια ή σπανιότερα με κίτρινες ρίγες.
Όσο μάλλον η τρίτη έχει αλλάξει με την πάροδο των χρόνων αρχικά ήταν όλη λευκή ή κίτρινη. Τα τελευταία χρόνια χρησιμοποιείται μια μίξη των δύο βασικών χρωμάτων του συλλόγου με αποτέλεσμα η τρίτη εμφάνιση να είναι πράσινη με κίτρινες λεπτομέρειες.
Η επωνυμία της Αθλητικής Ανώνυμης Εταιρείας (Α.Α.Ε.), απαραίτητης για τη συμμετοχή της ομάδας (Π.Α.Ε.) σε επαγγελματική ποδοσφαιρική κατηγορία, έχει αλλάξει με το πέρασμα των χρόνων ως ακολούθως:
Σημείωση: Οι σημαίες αφορούν την εθνική ομάδα, σύμφωνα με τους κανόνες επιλεξιμότητας της FIFA. Οι παίκτες μπορεί να κατέχουν περισσότερες ιθαγένειες εκτός FIFA.
1Συμμετοχή στην Α΄ Εθνική Κατηγορία ή Super League 1 από την καθιέρωσή της την περίοδο 1959–1960
2Συμμετοχή μόνο στο Πανελλήνιο Πρωτάθλημα, πριν την περίοδο 1959–1960
Αυτό το λήμμα αφορά το τμήμα ποδοσφαίρου ανδρών του Παναιτωλικού Γ.Φ.Σ.. Για τον αθλητικό σύλλογο, δείτε: Παναιτωλικός Γ.Φ.Σ.. .png)
Πολυμέσα σχετικά με την ομάδα
