Μεγάλωσε στην Ολλανδία υπό την κηδεμονία της θείας της αντιβασίλισσας της Ολλανδίας Μαργαρίτας της Αυστρίας, ο βασιλιάς της Δανίας Χριστιανός Β' ζήτησε από την οικογένεια της ως σύζυγο τη μεγαλύτερη αδελφή της Ελεονώρα της Αυστρίας. Οι Αψβούργοι του απάντησαν ότι η θέση της πρωτότοκης θυγατέρας ήταν πολύ βαριά για ένα βασίλειο σαν το δικό του. Στη συνέχεια συμφώνησαν να του δοθεί ως σύζυγος η Ισαβέλλα η οποία ήταν τότε μόλις 13 ετών (1514), η συμφωνία κλείστηκε με τη μεσολάβηση του παππού της Ισαβέλλας αυτοκράτορα Μαξιμιλιανού Α'. Η Ισαβέλλα παρέμεινε τον πρώτο χρόνο στην Ολλανδία στη συνέχεια έφτασε στην Κοπεγχάγη όπου τελέστηκε ο γάμος στις 12 Αυγούστου/1515.
Οι σχέσεις της Ισαβέλλας στην αρχή με τον σύζυγο της και τη νέα της οικογένεια ήταν εξαιρετικά άσχημες, την ψυχρότητα επιβάρυνε η παράνομη σχέση του Χριστιανού με μια αυλική του την Ντβεκ Σιγκμπριτσντάτερ της οποίας η μητέρα ήταν παλιά αυλική ευνοούμενη. Η ψυχρότητα έληξε με τον πρόωρο θάνατο της Ντβεκ (1517), τότε αποκαταστάθηκαν οι σχέσεις της Ισαβέλλας με τον σύζυγο της και τη μητέρα της Ντβέκ, από τότε οι σχέσεις του βασιλικού ζεύγους ήταν εξαιρετικές.
Το 1520 ο Χριστιανός Β' ενσωμάτωσε στο βασίλειο του και τη Νορβηγία, ήταν η τελευταία βασίλισσα της ενωμένης Σουηδίας και Δανίας αλλά δεν πήγε στη Σουηδία ποτέ, δεν ακολούθησε τον σύζυγο της στη Στοκχόλμη λόγω της εγκυμοσύνης της. Η Ισαβέλλα ήταν αντιβασίλισσα της Δανίας την περίοδο που ο σύζυγος της βρισκόταν στη Σουηδία αλλά την επόμενη χρονιά εκθρονίστηκε ύστερα από συνωμοσία σε βάρος του από τον θείο του δούκα Φρειδερίκο ο οποίος έγινε στη συνέχεια ο νέος βασιλιάς.[8]
Μετά την εκθρόνιση του το βασιλικό ζεύγος ταξίδεψε στην Ολλανδία (1523) και στη συνέχεια στη Γερμανία σε μια τελευταία προσπάθεια τους ειδικά με τη βοήθεια της οικογένειας της Ισαβέλλας τους Αψβούργους να επανέλθουν στον θρόνο τους, η Ισαβέλλα ήταν δίπλα στον σύζυγο της σε όλα τα ταξίδια.[9] Στο Βερολίνο προσηλυτίστηκε τον Προτεσταντισμό γοητευμένη από τη διδασκαλία του Λούθηρου (1524), ο σύζυγος της προσπάθησε να το κρύψει από την οικογένεια της, φοβήθηκε την οργή των Αψβούργων επειδή ήταν φανατικοί καθολικοί.[10]
Τον Σεπτέμβριο του 1525 η Ισαβέλλα αρρώστησε βαριά, η κατάσταση της χειροτέρεψε τους επόμενους μήνες μέχρι τον πρόωρο θάνατο της, στο νεκροκρέβατο είπε στον σύζυγο της ότι παραχωρεί τα δικαιώματα της στον θρόνο στη θεία της Μαργαρίτα της Αυστρίας η οποία τη μεγάλωσε.[11]
Χριστίνα 1522-1590, παντρεύτηκε πρώτα τον Φραγκίσκο Β΄ Σφόρτσα δούκα του Μιλάνου, με τον οποίο δεν απέκτησε παιδιά. Έπειτα έκανε δεύτερο γάμο με τον Φραγκίσκο Α΄ δούκα της Λωρραίνης, με τον οποίο απέκτησε τρία παιδιά.
Ιωάννης 1518-1532, διάδοχος που απεβ. 14 ετών, Φερδινάνδος 1519-1520 απεβ. 1 έτους, Μαξιμιλιανός 1519 (δίδυμος με τον προηγούμενο), ένας γιος 1523 θνησιγενής.
