Το τμήμα ποδοσφαίρου γυναικών του Παναθηναϊκού Αθλητικού Ομίλου ιδρύθηκε το 1980 και λειτούργησε έως το 1982. Στη σύντομη παρουσία του ανέδειξε τις αθλήτριες που πρωταγωνίστησαν τα επόμενα χρόνια, τα οποία υπήρξαν καθοριστικά για την εξέλιξη του γυναικείου ποδοσφαίρου στην Ελλάδα. Στις 30 Ιουνίου 2021 ανακοινώθηκε επίσημα η επανενεργοποίηση του τμήματος.[1]
Το γυναικείο τμήμα ποδοσφαίρου του Παναθηναϊκού Αθλητικού Ομίλου ήταν από τα πρώτα που δημιουργήθηκαν στην Ελλάδα.[2] Ιδρύθηκε το 1980 υπό την ευθύνη της ΠΑΕ Παναθηναϊκός. Η επιλογή του έμψυχου δυναμικού έγινε μέσα από 200 περίπου νεαρές αθλήτριες.[3]
Την τεχνική ηγεσία της ομάδας ανέλαβαν κατά σειρά οι Σπήλιος Ζαχαρόπουλος, Γκομέζ Ντε Φαρία και Τάκης Οικονομόπουλος. Το τμήμα λειτούργησε από το 1980 έως το 1982 και η δραστηριότητα της ομάδας περιορίστηκε σε φιλικούς αγώνες με άλλες γυναικείες ομάδες αλλά και με ανδρικές. Οι πιο ταλαντούχες αθλήτριες του Παναθηναϊκού ήταν η επιθετικός Γεωργία Τζανή, που ο προπονητής Γκομέζ Ντε Φαρία αποκαλούσε "λευκό Πελέ", και η στόπερ Φωτεινή Καραδήμα που την αποκαλούσαν και ως "Νοβοσέλατς".[2] Αρχηγός της ομάδας υπήρξε η Άννα Κωτσοπούλου.[3]
Η απουσία εγχώριου πρωταθλήματος, το οποίο ξεκίνησε από το 1987, ή άλλων ανταγωνιστικών διοργανώσεων ήταν καταδικαστική για το τμήμα που διέθετε αθλήτριες με αξιοσημείωτες δυνατότητες. Το 1982 το τμήμα έπαψε να υφίσταται, όμως οι αθλήτριες του Παναθηναϊκού συνέχισαν να αγωνίζονται μαζί καθώς ίδρυσαν αμέσως τη Δόξα Αθηνών (αργότερα μετονομάστηκε σε Δόξα Πειραιά), με την οποία κατέκτησαν 4 πρωταθλήματα σε 5 χρόνια, χάνοντας ένα μόνο σε αγώνα μπαράζ.[2]
Από το καλοκαίρι του 2021 το τμήμα επαναδραστηριοποιήθηκε υπό την αιγίδα του Ερασιτέχνη Παναθηναϊκού, ξεκινώντας από τη Γ' Εθνική κατηγορία για τη σεζόν 2021–22. Το Φεβρουάριο του 2022 κατέκτησε τον πρώτο ανεπίσημό του τίτλο σε τουρνουά της Λαμίας.[4] Το 2022 κατέκτησε και το Τουρνουά της Ζακύνθου.
Στις 12 Μαρτίου 2022, με την ευρεία νίκη του επί του Α.Ο. Μελισσίων με 8–0, το τμήμα εξασφάλισε και μαθηματικά την άνοδό του στη Β' Εθνική, δύο αγωνιστικές πριν τη λήξη του πρωταθλήματος.[5] Η άνοδος σφραγίστηκε και τυπικά στις 10 Απριλίου 2022, με τον τελευταίο αγώνα της περιόδου να διεξάγεται στο ιστορικό Γήπεδο Απόστολος Νικολαΐδης, όπου ο Παναθηναϊκός ενώπιον χιλίων θεατών του επιβλήθηκε επί του Παιανικού με 8–0, όντας η μοναδική ομάδα της κατηγορίας με μηδέν παθητικό.[6]
Σημείωση: Οι σημαίες αφορούν την εθνική ομάδα, σύμφωνα με τους κανόνες επιλεξιμότητας της FIFA. Οι παίκτες μπορεί να κατέχουν περισσότερες ιθαγένειες εκτός FIFA.