Ο Άγιος Ιωάννης είναι ημιορεινός οικισμός στο βορειοκεντρικό τμήμα του νομού Ηρακλείου και στην ανατολική όχθη του ποταμού Καρτερού. Βρίσκεται στη διασταύρωση των επαρχιακών οδών Καρτερού-Μονής Αγκαράθου και Κάτω Βαθείας-Σμαρίου, μεταξύ των χωριών Επάνω και Κάτω Βαθείας, σε μέσο σταθμικό υψόμετρο 260. Απέχει 14 χλμ. περίπου ΝΑ. του κέντρου του Ηρακλείου, από την πλευρά του αεροδρομίου.[4][5][6][7][8][9]
Ο οικισμός αναγνωρίστηκε το 1951 και προσαρτήθηκε στην κοινότητα Επάνω Βαθείας. Με το ΦΕΚ 244Α - 04/12/1997 αποσπάστηκε από την κοινότητα Επάνω Βαθείας και προσαρτήθηκε στον δήμο Γουβών. Με το ΦΕΚ 87Α - 07/06/2010 αποσπάστηκε από τον δήμο Γουβών και προσαρτήθηκε στον δήμο Χερσονήσου.[3]