Το λήμμα παραθέτει τις πηγές του αόριστα, χωρίς παραπομπές.Βοηθήστε συνδέοντας το κείμενο με τις πηγές χρησιμοποιώντας παραπομπές, ώστε να είναι επαληθεύσιμο.
Το πρότυπο τοποθετήθηκε χωρίς ημερομηνία. Για τη σημερινή ημερομηνία χρησιμοποιήστε: {{χωρίς παραπομπές|18|05|2022}}
Το Πανελλήνιο πρωτάθλημα 1958–59 ήταν το τελευταίο που διεξήχθη με το σύστημα των ανά τοπική ένωση προκριματικών γύρων, καθώς από την επόμενη χρονιά άλλαξε η δομή του ελληνικού ποδοσφαίρου με την καθιέρωση της Α' εθνικής, καθώς και των υπόλοιπων κατηγοριών που ακολούθησαν στη συνέχεια.
Ο Ολυμπιακός έφτασε στην 6η συνεχόμενη κατάκτηση του πρωταθλήματος (και 15η συνολικά) μετά από μια ενδιαφέρουσα μάχη με αντίπαλο την ΑΕΚ. Σε σχέση με την προηγούμενη χρονιά, οι ομάδες που μετείχαν στην τελική φάση του πρωταθλήματος μειώθηκαν κατά 2 (10 από 12) και προέκυψαν ως εξής:
Πρωτάθλημα ΕΠΣ Αθήνας: Οι 3 πρώτες ομάδες της κατάταξης
Πρωτάθλημα ΕΠΣ Πειραιά: Οι 2 πρώτες ομάδες της κατάταξης
Πρωτάθλημα ΕΠΣ Μακεδονίας: Οι 2 πρώτες ομάδες της κατάταξης
Περιφερειακό πρωτάθλημα: Οι 2 νικήτριες (Βορείου και Νοτίου ομίλου)
Μία επιπλέον θέση εξασφάλιζε μετά από μπαράζ μία από τις τρίτες ομάδες ΕΠΣ Πειραιά και ΕΠΣ Μακεδονίας.
Οι αγώνες της προκριματικής φάσης διεξήχθησαν από τις 7 Σεπτεμβρίου1958 μέχρι τις 14 Ιανουαρίου1959, ενώ της τελικής φάσης από τις 21 Ιανουαρίου μέχρι τις 21 Ιουνίου1959. Το σύστημα βαθμολογίας ήταν: Νίκη: 3 βαθμοί - Ισοπαλία: 2 βαθμοί - Ήττα: 1 βαθμός.
1 Ο αγώνας Απόλλωνα Καλαμαριάς - Παναιγιάλειου διακόπηκε στο 70' σε βάρος του Απόλλωνα κι ενώ το αποτέλεσμα ήταν ισόπαλο 0–0. Κατοχυρώθηκε με σκορ 0–2 υπέρ του Παναιγιάλειου.