Το λήμμα παραθέτει τις πηγές του αόριστα, χωρίς παραπομπές.Βοηθήστε συνδέοντας το κείμενο με τις πηγές χρησιμοποιώντας παραπομπές, ώστε να είναι επαληθεύσιμο.
Το πρότυπο τοποθετήθηκε χωρίς ημερομηνία. Για τη σημερινή ημερομηνία χρησιμοποιήστε: {{χωρίς παραπομπές|26|03|2023}}
Το πρωτάθλημα της περιόδου 1999-2000 ήταν το 41ο που διεξήχθη σε μορφή εθνικής κατηγορίας και το 21ο από καταβολής του επαγγελματικού ποδοσφαίρου. Το κατέκτησε ο Ολυμπιακός για τέταρτη συνεχόμενη χρονιά και 29η στην ιστορία του, τερματίζοντας τέσσερις βαθμούς μπροστά από τον δεύτερο Παναθηναϊκό. Λόγω της επικείμενης μείωσης των ομάδων από 18 σε 16 από την επόμενη περίοδο, υποβιβάστηκαν τέσσερις ομάδες στη Β΄Εθνική.
Θεωρείται ένα από τα καλύτερα και πιο θεαματικά πρωταθλήματα στην ιστορία της Α΄ εθνικής. Ο πρωταθλητής Ολυμπιακός είχε 30 νίκες, 2 ήττες και 2 ισοπαλίες, ενώ ο δεύτερος Παναθηναϊκός, που παρουσίασε μια άκρως επιθετική και ανταγωνιστική ομάδα με προπονητή τον Γιάννη Κυράστα, τερμάτισε πολύ κοντά με 28 νίκες, 2 ήττες και 4 ισοπαλίες.
Για την έκτη θέση του πρωταθλήματος που εξασφάλιζε συμμετοχή στο κύπελλο UEFA της επόμενης περιόδου ορίστηκαν αγώνες μπαράζ, στους οποίους επικράτησε ο Ηρακλής που διατηρούσε και το πλεονέκτημα έδρας.