Ο Άγιος Παντελεήμονας είναι παράλιος οικισμός στο νότιο τμήμα του νομού Λασιθίου. Βρίσκεται κοντά στους νότιους πρόποδες των ορέων Θρυπτής, πάνω στην επαρχιακή οδό Ιεράπετρας-Σητείας και σε μέσο σταθμικό υψόμετρο 5. Απέχει 53 χλμ. περίπου ΝΑ. του Αγίου Νικολάου. [6][4][5][7]
Ο οικισμός αναγνωρίστηκε το 1971 και προσαρτήθηκε στην κοινότητα Ορεινού του νομού Λασιθίου. Με το ΦΕΚ 244Α - 04/12/1997 αποσπάστηκε από την κοινότητα Ορεινού και προσαρτήθηκε στον δήμο Μακρύ Γιαλού. Με το ΦΕΚ 87Α - 07/06/2010 αποσπάστηκε από τον δήμο Μακρύ Γιαλού και προσαρτήθηκε στον δήμο Ιεράπετρας. [3]