Αρχικά, στο πρωτάθλημα δήλωσαν συμμετοχή 24 σύλλογοι από 11 νησιά: 2 από την Άνδρο, 4 από τη Θήρα, 1 από την Ίο, 1 από τη Μήλο, 1 από τη Μύκονο, 3 από τη Νάξο, 3 από την Πάρο, 1 από τη Σέριφο, 1 από τη Σίφνο, 5 από τη Σύρο και 2 από την Τήνο. Λίγες ημέρες αργότερα, αποφασίστηκε ο Α.Ο. Άνω Σύρου να μην λάβει τελικά μέρος στο πρωτάθλημα κι έτσι ο αριθμός των συμμετεχόντων έπεσε στους 23.
Οι 23 σύλλογοι χωρίστηκαν στη συνέχεια σε τρεις ομίλους με βάση τη γεωγραφική τους θέση, ώστε να ελαχιστοποιηθούν τα έξοδα των ομάδων για μετακινήσεις και διαμονή. Ο πρώτος όμιλος περιελάμβανε τις ομάδες από Άνδρο, Μύκονο, Τήνο καθώς και δύο ομάδες από τη Σύρο. Ο δεύτερος όμιλος τις ομάδες από Μήλο, Πάρο, Σέριφο, Σίφνο, καθώς και τις υπόλοιπες δύο ομάδες από τη Σύρο. Τέλος, ο τρίτος όμιλος περιελάμβανε τις ομάδες από Θήρα, Ίο και Νάξο.[1]
Μετά από δημόσια κλήρωση, οι τέσσερις ομάδες της Σύρου μοιράστηκαν στον πρώτο και στον δεύτερο όμιλο. Οι όμιλοι που καταρτίστηκαν ήταν οι εξής:
Α' φάση
Οι πρώτες κάθε ομίλου, καθώς και η καλύτερη δεύτερη ομάδα προκρίθηκαν στην τελική φάση για την ανάδειξη του πρωταθλητή.
1ος όμιλος
| Βαθμολογία |
| Θέση |
Ομάδα |
Αγ. |
Ν |
Ι |
Η |
Γ.Υ. |
Γ.Κ. |
Β |
Αποτέλεσμα |
| 1 | Α.Ο. Μυκόνου | 12 | 11 | 0 | 1 | 43 | 8 | 33 | Πρόκριση στην τελική φάση |
| 2 | Α.Ο. Σύρου | 12 | 9 | 1 | 2 | 47 | 11 | 28 | |
| 3 | Α.Ε. Στενής | 12 | 8 | 0 | 4 | 30 | 24 | 24 |
| 4 | Ανδριακός Ο.Φ. | 12 | 5 | 1 | 6 | 16 | 23 | 16 |
| 5 | Α.Ο. Τήνου | 12 | 3 | 2 | 7 | 19 | 26 | 11 |
| 6 | Α.Ο. Υδρούσα | 12 | 1 | 0 | 11 | 10 | 57 | 3 |
| 7 | Α.Ο. Αστέρας Σύρου (-6) | 12 | 1 | 4 | 7 | 9 | 25 | 1 |
|
| Αποτελέσματα |
| ↓Εντός / Εκτός→ |
ΑΕΣ |
ΑΟΑΣ |
AΟΜ |
ΑΟΣ |
ΑΟΤ |
ΑΟΥ |
ΑΝΔΡ |
| Α.Ε. Στενής | |
3-0 |
1-3 |
3-1 |
2-1 |
4-1 |
1-2 |
| Α.Ο. Αστέρας Σύρου |
2-3 | |
1-3 |
1-1 |
0-0 |
3-1 |
0-0 |
| Α.Ο. Μυκόνου |
5-2 |
3-0 | |
2-1 |
6-1 |
8-0 |
2-0 |
| Α.Ο. Σύρου |
6-1 |
4-1 |
1-0 | |
3-0 |
4-0 |
4-0 |
| Α.Ο. Τήνου |
1-3 |
1-1 |
0-2 |
2-6 | |
4-0 |
2-1 |
| Α.Ο. Υδρούσα |
2-5 |
3-0 α.α. |
0-4 |
1-12 |
0-6 | |
2-5 |
| Ανδριακός Ο.Φ. |
0-2 |
3-0 α.α. |
1-5 |
0-4 |
2-1 |
2-0 | |
|
- Ο Α.Ο. Αστέρας Σύρου είχε ποινή αφαίρεσης 2 βαθμών από την προηγούμενη αγωνιστική περίοδο. Επίσης, δεν κατέβηκε να αγωνιστεί στα εκτός έδρας παιχνίδια με Α.Ο. Υδρούσα και Ανδριακό. Ηττήθηκε έτσι με 3-0 άνευ αγώνα, ενώ του επιβλήθηκε και ποινή αφαίρεσης 2 βαθμών για κάθε παιχνίδι.
2ος όμιλος
| Βαθμολογία |
| Θέση |
Ομάδα |
Αγ. |
Ν |
Ι |
Η |
Γ.Υ. |
Γ.Κ. |
Β |
Αποτέλεσμα |
| 1 | Α.Σ. Παμμηλιακός | 14 | 13 | 1 | 0 | 47 | 2 | 40 | Πρόκριση στην τελική φάση |
| 2 | Νέοι Ολυμπιακού Σύρου | 14 | 12 | 1 | 1 | 53 | 6 | 37 |
| 3 | Α.Ο. Πάγου | 14 | 9 | 1 | 4 | 32 | 14 | 28 | |
| 4 | Α.Μ.Ε.Σ. Νηρέας Πάρου | 14 | 5 | 2 | 7 | 23 | 25 | 17 |
| 5 | Α.Ο. Πάρου | 14 | 4 | 3 | 7 | 16 | 24 | 15 |
| 6 | Μ.Ε.Α.Σ. Αστέρας Μαρμάρων (-2) | 14 | 3 | 2 | 9 | 11 | 38 | 9 |
| 7 | Α.Σ. Πανσιφναϊκός (-2) | 14 | 2 | 3 | 9 | 9 | 36 | 7 |
| 8 | Α.Ο. Σερίφου | 14 | 0 | 3 | 11 | 11 | 57 | 3 |
|
| Αποτελέσματα |
| ↓Εντός / Εκτός→ |
ΑΜΕΣ |
ΠΑΓ |
ΠΑΡ |
ΑΟΣ |
ΠΑΜΜ |
ΠΑΝΣ |
ΑΣΤΜ |
ΝΟΣ |
| Α.Μ.Ε.Σ. Νηρέας Πάρου | |
1-2 |
3-2 |
3-0 |
1-3 |
4-2 |
3-0 |
2-3 |
| Α.Ο. Πάγου |
1-1 | |
1-0 |
3-1 |
0-2 |
2-0 |
4-1 |
1-2 |
| Α.Ο. Πάρου |
1-1 |
1-3 | |
2-1 |
0-2 |
0-0 |
1-0 |
0-1 |
| Α.Ο. Σερίφου |
2-3 |
1-5 |
2-4 | |
0-9 |
1-1 |
1-2 |
0-5 |
| Α.Σ. Παμμηλιακός |
4-1 |
1-0 |
1-0 |
6-0 | |
5-0 |
6-0 |
1-0 |
| Α.Σ. Πανσιφναϊκός |
1-0 |
1-7 |
1-2 |
0-0 |
0-3 | |
1-2 |
1-7 |
| Μ.Ε.Α.Σ. Αστέρας Μαρμάρων |
1-0 |
1-3 |
2-2 |
2-2 |
0-4 |
0-1 | |
0-5 |
| Νέοι Ολυμπιακού Σύρου |
3-0 |
1-0 |
6-1 |
12-0 |
0-0 |
3-0 α.α. |
5-0 | |
|
- Ο Μ.Ε.Α.Σ. Αστέρας Μαρμάρων είχε ποινή αφαίρεσης 2 βαθμών από την προηγούμενη αγωνιστική περίοδο.
- Ο Α.Σ. Πανσιφναϊκός δεν κατέβηκε να αγωνιστεί στο εκτός έδρας παιχνίδι με τους Νέους Ολυμπιακού Σύρου. Ηττήθηκε έτσι με 3-0 άνευ αγώνα, ενώ του επιβλήθηκε και ποινή αφαίρεσης 2 βαθμών.
3ος όμιλος
| Βαθμολογία |
| Θέση |
Ομάδα |
Αγ. |
Ν |
Ι |
Η |
Γ.Υ. |
Γ.Κ. |
Β |
Αποτέλεσμα |
| 1 | Πανθηραϊκός Α.Ο. | 14 | 11 | 2 | 1 | 60 | 11 | 35 | Πρόκριση στην τελική φάση |
| 2 | Α.Σ. Θύελλα Καμαρίου | 14 | 11 | 1 | 2 | 56 | 15 | 34 | |
| 3 | Α.Ο. Αστέρας Τραγαίας | 14 | 7 | 4 | 3 | 36 | 17 | 25 |
| 4 | Α.Μ.Σ. Φιλωτίου (-2) | 14 | 8 | 3 | 3 | 43 | 25 | 25 |
| 5 | Α.Π.Ο. Αναγέννηση Νάξου (-2) | 14 | 4 | 3 | 7 | 30 | 43 | 13 |
| 6 | Α.Ο. Λάβα | 14 | 2 | 0 | 12 | 16 | 54 | 6 |
| 7 | Α.Σ. Ίου (-4) | 14 | 2 | 2 | 10 | 17 | 52 | 4 |
| 8 | Α.Ο. Καρτεράδος (-7) | 14 | 3 | 1 | 10 | 18 | 59 | 3 |
|
| Αποτελέσματα |
| ↓Εντός / Εκτός→ |
ΑΜΣΦ |
ΑΟΑΤ |
ΑΟΚ |
ΠΑΝΘ |
ΑΣΙ |
ΑΝΑ |
ΑΣΘΚ |
ΑΟΛ |
| Α.Μ.Σ. Φιλωτίου | |
1-1 |
6-0 |
2-1 |
3-0 α.α. |
4-3 |
2-4 |
1-0 |
| Α.Ο. Αστέρας Τραγαίας |
1-1 | |
4-1 |
2-2 |
4-1 |
1-1 |
0-3 |
5-1 |
| Α.Ο. Καρτεράδος |
0-7 |
0-4 | |
0-8 |
2-2 |
3-0 α.α. |
0-6 |
3-4 |
| Πανθηραϊκός Α.Ο. |
6-2 |
3-0 |
4-1 | |
3-0 α.α. |
8-0 |
2-0 |
9-0 |
| Α.Σ. Ίου |
2-2 |
0-6 |
2-3 |
2-8 | |
3-2 |
0-4 |
3-2 |
| Α.Π.Ο. Αναγέννηση Νάξου |
0-4 |
2-5 |
7-3 |
0-0 |
3-1 | |
3-3 |
5-1 |
| Α.Σ. Θύελλα Καμαρίου |
5-2 |
1-0 |
5-0 |
1-2 |
8-0 |
6-2 | |
7-1 |
| Α.Ο. Λάβα |
2-6 |
0-3 |
0-2 |
1-4 |
2-1 |
1-2 |
1-3 | |
|
- Α.Μ.Σ. Φιλωτίου και Α.Ο. Καρτεράδος είχαν ποινές αφαίρεσης 2 και 7 βαθμών αντίστοιχα από την προηγούμενη αγωνιστική περίοδο.
- Ο Α.Σ. Ίου δεν κατέβηκε να αγωνιστεί στα εκτός έδρας παιχνίδια με Α.Μ.Σ. Φιλωτίου και Πανθηραϊκό και η Αναγέννηση Νάξου στο εκτός έδρας παιχνίδι με τον Α.Ο. Καρτεράδο. Ηττήθηκαν έτσι με 3-0 άνευ αγώνα, ενώ τους επιβλήθηκε και ποινή αφαίρεσης 2 βαθμών για κάθε παιχνίδι.
Τελική φάση
Στην τελική φάση του πρωταθλήματος προκρίθηκαν η πρώτη ομάδα κάθε ομίλου (Α.Ο. Μυκόνου από τον 1ο, Α.Σ. Παμμηλιακός από τον 2ο και Πανθηραϊκός Α.Ο. από τον 3ο), καθώς και η καλύτερη δεύτερη ομάδα όλων των ομίλων (Νέοι Ολυμπιακού Σύρου) της Α' φάσης. Σχημάτισαν ένα μίνι πρωτάθλημα, όπου αγωνίστηκαν μεταξύ τους από μία φορά σε ουδέτερη έδρα. Πρωταθλήτρια αναδείχθηκε η ομάδα του Α.Ο. Μυκόνου με το απόλυτο των νικών.
| Βαθμολογία |
| Θέση |
Ομάδα |
Αγ. |
Ν |
Ι |
Η |
Γ.Υ. |
Γ.Κ. |
Β |
Αποτέλεσμα |
| 1 | Α.Ο. Μυκόνου | 3 | 3 | 0 | 0 | 10 | 3 | 9 | Πρωταθλητής |
| 2 | Α.Σ. Παμμηλιακός | 3 | 2 | 0 | 1 | 4 | 4 | 6 | |
| 3 | Πανθηραϊκός Α.Ο. | 3 | 1 | 0 | 2 | 4 | 7 | 3 |
| 4 | Νέοι Ολυμπιακού Σύρου | 3 | 0 | 0 | 3 | 3 | 7 | 0 |
|
|
Κύπελλο
Στον θεσμό του κυπέλλου συμμετείχαν τα σωματεία της Ε.Π.Σ. Κυκλάδων όλων των κατηγοριών. Η διοργάνωση ξεκίνησε στις 22 Σεπτεμβρίου 2012 με τους πρώτους αγώνες της 1ης φάσης και ολοκληρώθηκε με τον τελικό στις 27 Μαρτίου 2013. Κυπελλούχος αναδείχθηκε ο Πανναξιακός Α.Ο. για 5η φορά στην ιστορία του και 2η συνεχόμενη και κέρδισε τη συμμετοχή του στο Κύπελλο Ερασιτεχνών της σεζόν.[2]
25'