Τα πρωταθλήματα υποδομής Super League της περιόδου 2012–13 διεξήχθησαν σε δύο ηλικιακές κατηγορίες (για ποδοσφαιριστές κάυω των 20 και κάτω των 17 ετών). Συμμετείχαν υποχρεωτικά οι ομάδες υποδομής των ΠΑΕ του επαγγελματικού πρωταθλήματος Super League ανδρών 2012–13.
Η Super League Κ17 διεξήχθη σε δύο ομίλους, που διαμορφώθηκαν με γεωγραφικά κριτήρια. Δικαίωμα συμμετοχής είχαν ποδοσφαιριστές έως 17 ετών. Οι δύο πρώτοι κάθε ομίλου προκρίθηκαν στην τελική φάση, όπου μετά από αγώνες νοκ-άουτ αναδείχθηκε ο πρωταθλητής της κατηγορίας.
Μέχρι το 2008 διεξαγόταν μόνο μια διοργάνωση, με την ονομασία "Πρωτάθλημα Νέων". Από το 2009 έγιναν δύο διοργανώσεις, η μία για παίκτες κάτω των 21 ετων (το 2011 άλλαξε σε Κ-20 και το 2018 σε Κ-19), και μία για παίκτες κάτω των 18 (το 2010 άλλαξε σε Κ-17). Το 2013 προστέθηκε 3η διοργάνωση για ηλικίες κάτω των 15.