Το πρωτάθλημα της Ε.Π.Σ. Πειραιώς περιόδου 1968-69 διοργανώθηκε σε τρεις κατηγορίες. Συνολικά στα πειραϊκά πρωταθλήματα μετείχαν 44 σύλλογοι. Τους τίτλους των δυο ομίλων στην Α΄ κατηγορία κατέκτησαν η ΑΕΚ Φαλήρου και ο Σαρωνικός, οι οποίοι προκρίθηκαν για το Ειδικό πρωτάθλημα της Ε.Π.Ο. Πρωταθλητές της Β΄κατηγορίας αναδείχθηκαν οι Α.Ο. Νεαπόλεως και Ηρακλής Ελευσίνας, ενώ πρωταθλήτρια της Γ΄ ΕΠΣΠ ήταν η Αμφιάλη.
↑ 1,01,1Στον πρώτο όμιλο λόγω ισοβαθμίας στην 1η θέση, αυτή κρίθηκε σε αγώνα κατάταξης μεταξύ ΑΕΚ Φαλήρου και Πειραϊκού με την ΑΕΚ να έχει το πλεονέκτημα σε περίπτωση ισοπαλίας . Ο αγώνας έγινε στις 2 Φεβρουαρίου και έληξε 1-1[6]
↑Μετονομασία της ομάδας «Νεάπολις»[7] που συμμετείχε ανελλιπώς από το πρώτο πρωτάθλημα της ΕΠΣ Πειραιώς το 1924