Η Εσθονία συμμετείχε αρχικά στο Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα Στίβου το 1934 και το 1938. Έπειτα από την προσάρτηση της χώρας στη Σοβιετική Ένωση το 1940, οι Εσθονοί αθλητές συμμετείχαν με την ομάδα της Σοβιετικής Ένωσης στο Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα Στίβου μεταξύ του 1946 και του 1990. Μετά από την ανεξαρτησία της Εσθονίας και τη διάλυση της Σοβιετικής Ένωσης το 1991, η χώρα επέστρεψε στο Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα Στίβου το 1994 και από τότε έχει αγωνιστεί σε όλα τα πρωταθλήματα.
Έως το 2014 οι αθλητές της έχουν κατακτήσει 11 μετάλλια, εκ των οποίων τα 3 είναι χρυσά, τα 6 ασημένια και τα 2 χάλκινα, σε 6 διαφορετικά αγωνίσματα, με τα περισσότερα από αυτά να είναι στη δισκοβολία των ανδρών. Η Εσθονία δεν έχει μέχρι στιγμής φιλοξενήσει το πρωτάθλημα.
Η χώρα κατατάσσεται σήμερα στην 30η θέση στον πίνακα μεταλλίων. Το πρώτο μετάλλιό της ήταν το 1934 καθώς και το πρώτο χρυσό. Η μεγαλύτερη συμμετοχή αθλητών της είναι 26 το 2014 και η καλύτερή της θέση 8η το 1934.
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
