Το Μαργαρίτι βρίσκεται στις νότιες πλαγιές της Δυτικής Ροδόπης σε υψόμετρο 760 μέτρα, στα νοτιοδυτικά της κορυφής "Ερμάριο" ή "Βράχια του Αμπάρ Καγιά" (υψόμετρο 1.441 μέτρα) και απέχει 49 χλμ. βορειοδυτικά της Ξάνθης. Θεωρείται από τους πρόσφατα εγκαταλειμμένους ορεινούς οικισμούς της Ξάνθης. Την περίοδο της τουρκοκρατίας αναφέρεται ως Mαλγκαρίτ ή Μαργαρίζ και ανήκε από το 1878 ως το 1912 στο βιλαέτι Aδριανούπολης, στο σαντζάκι Γκιουμουλτζίνας (Kομοτηνής) και στον καζά Ξάνθης. Με το όνομα Μαργαρίζ αναφέρεται επίσημα, μετά την απελευθέρωση, το 1919 στο ΦΕΚ 251Α - 20/11/1919 να προσαρτάται στην τότε κοινότητα Γενή - Κιόϊ (σημερινή Σταυρούπολη). Το 1926 με το ΦΕΚ 413Α - 22/11/1926 μετονομάστηκε σε Μαργαρίτι. Σύμφωνα με το Πρόγραμμα «Καλλικράτης» μαζί με τη Σταυρούπολη, το Δασικό Χωριό, την Καλλιθέα και το Λυκοδρόμιο αποτελούν την τοπική κοινότητα Σταυρούπολης που υπάγεται στη δημοτική ενότητα Σταυρούπολης του Δήμου Ξάνθης και σύμφωνα με την απογραφή του 2011 έχει ως πληθυσμό 1 κατοίκους.[2]