Το λήμμα δεν περιέχει πηγές ή αυτές που περιέχει δεν επαρκούν.Μπορείτε να βοηθήσετε προσθέτοντας την κατάλληλη τεκμηρίωση. Υλικό που είναι ατεκμηρίωτο μπορεί να αμφισβητηθεί και να αφαιρεθεί.
Η σήμανση τοποθετήθηκε στις 13/06/2016.
Γεννημένος στο Μασεϊό της Βραζιλίας, ξεκίνησε την ποδοσφαιρική του καριέρα στην τοπική ομάδα της περιοχής όπου γεννήθηκε. Στην ηλικία των 18 μετακομίζει στην Πορτογαλία για να αγωνιστεί με τα χρώματα της Μαρίτιμο. Ο Πέπε αγωνίστηκε σε ποικίλες θέσεις και κυρίως ως αμυντικός.
Το καλοκαίρι του 2004 μετακομίζει στην ΦΚ Πόρτο με την πρώην του ομάδα να κερδίζει 1.000.000 € και τρεις ποδοσφαιριστές. Τα ινία της ομάδας, μετά την κατάκτηση του Champions League, έχει πλέον ο Βικτορ Φερναντεζ. Παρέμεινε για πολλά παιχνίδια στον πάγκο της ομάδας ως τρίτη αμυντική επιλογή. Δεν συνέβαινε το ίδιο και την επόμενη χρονιά όπου με την αλλαγή προπονητή ο παίκτης πήρε πολλές ευκαιρίες. Οι αρκετά καλές εμφανίσεις τον έφεραν στο προσκήνιο και πολλές ομάδες ενδιαφέρθηκαν για την αγορά του. Τελικά κατέληξε στην Μαδρίτη για να αγωνιστεί στην Ρεάλ Μαδρίτης.
Στις 10 Ιουλίου 2007 ο Πέπε υπέγραψε συμβόλαιο 4 χρόνων με την μεταγραφή να αγγίζει τα 30 εκατομμύρια €. Την χρονιά εκείνη η Ρεάλ κέρδισε το πρωτάθλημα ενώ αξιοσημείωτο είναι το γεγονός ότι σε παιχνίδι απέναντι στην μισητή αντίπαλο Μπαρτσελόνα, με νικητή την Ρεάλ (1-0), κέρδισε τον τίτλο του Man of the match καθώς σταμάτησε πολλές επιθέσεις. Την επόμενη χρονιά οι τραυματισμοί θα τον αφήσουν εκτός γηπέδου αλλά η επιστροφή του θα στιγματιστεί από την επιθετική του συμπεριφορά απέναντι σε αντιπάλους αλλά και συμπαίκτες. Το 2009 θα επιστέψει διεκδικώντας μια θέση στην αρχική ενδεκάδα. Ωστόσο τον Δεκέμβριο ένας τραυματισμός θα του στερήσει την συμμετοχή στο Παγκόσμιο Κύπελλο Ποδοσφαίρου. Την χρονιά 2010 ως προπονητής αναλαμβάνει ο Ζοζέ Μουρίνιο ο οποίος δημιουργεί ένα απο τα καλύτερα αμυντικά δίδυμα του πρωταθλήματος, τον Πέπε και τον Ρικάρντο Καρβάλιο. Παρά τους λιγοστούς τραυματισμούς και τις φήμες που τον ήθελαν να φεύγει απο την ομάδα τελικά υπέγραψε συμβόλαιο μέχρι το 2015. Στο παιχνίδι με την Μπαρτσελόνα υπήρξε αψιμαχία του με τον Ντάνι Άλβες που είχε ως αποτέλεσμα την αποβολή του. Ωστόσο πολλοί ποδοσφαιριστές υποστήριξαν τον Πέπε. Την επόμενη χρονιά και πάλι σε αγώνα με την Μπαρτσελόνα ο Πέπε πάτησε τον Λιονέλ Μέσι και πολλοί τον καταδίκασαν. Σε συνέντευξή του έκανε πολλά παράπονα για την συμπεριφορά των ΜΜΕ λέγοντας πως:Ο Τύπος με παρουσιάζει σαν δολοφόνο.