Το γυναικείο τμήμα πετοσφαίρισης της ΑΕΚ ιδρύθηκε το 1995, μετά από απορρόφηση της ομάδας της Αλσούπολης. Την περίοδο 2002–03 αγωνίστηκε για πρώτη φορά στην πρώτη κατηγορία με προπονητή τον Γιώργο Παγανέλη, αλλά η ομάδα δεν ήταν έτοιμη για την μεγάλη κατηγορία με αποτέλεσμα τον ίδιο χρόνο να υποβιβαστεί. Επανήλθε την περίοδο 2006–07. Την περίοδο 2007–08 υποβιβάστηκε στην Α2 κατηγορία όπου παρέμενε για δύο συνεχείς αγωνιστικές περιόδους. Την περίοδο 2010–2011 αγωνίστηκε και πάλι στην Α1 κατηγορία καταλαμβάνοντας την 3η θέση. Το 2011–12 έφτασε στην κατάκτηση του πρώτου πρωταθλήματος στην ιστορία της, ενώ την ίδια χρονιά κατέκτησε και το Σούπερ Καπ Ελλάδος κερδίζοντας τον Ολυμπιακό με 3–1 σετ. Στο πρωτάθλημα μέτρησε ένα σερί 44 νικών. Συγκεκριμένα, είχε να ηττηθεί από τις 28 Μαρτίου του 2011 (ήττα με 2–3 από τον Ολυμπιακό για την 8η αγωνιστική της Β' φάσης) μέχρι τις 16 Μαρτίου του 2013, οπότε και έχασε με 3–1 από τον Παναθηναϊκό (τελευταία αγωνιστική κανονικής περιόδου). Την περίοδο 2016–17 λόγω οικονομικών προβλημάτων το τμήμα έπεσε στην Α2. Την περίοδο 2017–18 δήλωσε συμμετοχή στην Pre League. Την περίοδο 2022–23 κατεκτησε το πρώτο κύπελλο στην ιστορία της επικρατώντας του Παναθηναϊκού στον τελικό με σκορ 3-1 στην Άρτα. [3]