Ξεκίνησε να αγωνίζεται επαγγελματικά το 2003 στη Σέρο και τρία χρόνια αργότερα πήρε μεταγραφή για τη Νασιονάλ, στην οποία έγινε αρχηγός. Το 2007 υπέγραψε στη Βιγιαρεάλ,[1] όπου έμεινε για τρία χρόνια. Τον Αύγουστο του 2010 έγινε παίκτης της Ατλέτικο Μαδρίτης και κατέκτησε ένα πρωτάθλημα (2013-2014),[2] ένα Κύπελλο και ένα Σούπερ Καπ Ισπανίας. Επίσης, κατέκτησε δύο Γιουρόπα Λιγκ (2011-2012[3] και 2017-2018[4]) και δύο ΟΥΕΦΑ Σούπερ Καπ, ενώ έφτασε δύο φορές στον τελικό του Τσάμπιονς Λιγκ. Επιπλέον, επελέγη στην καλύτερη ενδεκάδα της Πριμέρα Ντιβιζιόν τις σεζόν 2013–14[5] και 2015–16[6], στην καλύτερη ομάδα του Τσάμπιονς Λιγκ τις σεζόν 2013–14, 2015–16 και 2016–17 και στην καλύτερη ομάδα της ΟΥΕΦΑ για το 2014.[7]
Το Μάιο του 2019 ο Γοδίν ανακοίνωσε ότι θα αποχωρήσει από την Ατλέτικο στο τέλος της περιόδου 2018-19.[8][9] Από τον Ιούλιο του 2019 έως το 2020 ήταν παίκτης της Ίντερ.[10] Στη συνέχεια, αγωνίστηκε για δύο χρόνια στην Κάλιαρι και ατον Ιανουάριο του 2022 υπέγραψε στην Ατλέτικο Μινέιρο. Από τον Ιούνιο του 2022 αγωνίζεται στη Βέλες Σάρσφιλντ.[11]