ChEMBL

Περιεχόμενο
Περιγραφή	Είναι ανοιχτή βάση δεδομένων, η οποία περιέχει πληροφορίες για μεγάλο αριθμό βιοδραστικών ενώσεων με ιδιότητες φαρμάκου. Παρέχει συγκεντρωμένα δεδομένα σχετικά με την χημική σύσταση, τη βίο-ενεργότητα και την γενωμική των ενώσεων αυτών, με σκοπό να χρησιμοποιηθούν στην ανάπτυξη νέων αποτελεσματικών φαρμάκων.
Αντικείμενο	Μόρια με φαρμακευτικές ιδιότητες και βιολογική δραστηριότητα
Επαφή
Ερευνητικό κέντρο	Ευρωπαϊκό Εργαστήριο Μοριακής Βιολογίας
Εργαστήριο	Ευρωπαϊκό Ινστιτούτο Βιοπληροφορικής
Συγγραφείς	John Overington, Επικεφαλής της ομάδας 2008-2015
Πρώτη αναφορά	21948594
Ημερομηνία έκδοσης	2009
Πρόσβαση
Ιστοσελίδα	ChEMBL
URL λήψης	Downloads
URL υπηρεσίας ιστού	ChEMBL Webservices
Τελικό σημείο Sparql	ChEMBL EBI-RDF Platform
Εργαλεία
Διάφορα
Άδεια	Τα δεδομένα ChEMBL είναι διαθέσιμα με την γενική άδεια Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0
Έκδοση	Chembl_21
Συνδέσεις	ChEMBLdb; J Med Chem; Bioorg Med Chem Lett; J Nat Prod; Eur J Med Chem; ACS Med Chem Lett; MedChemComm; Kinase SARfari; GPCR SARfari; ChEMBL-Neglected Tropical Disease Archive; The ChEMBL-og;

Το ChEMBL ή ChEMBLdb είναι χειροκίνητα επιμελούμενη χημική βάση δεδομένων των βιοενεργών μορίων με φαρμακευτικές ιδιότητες.^[1] Συντηρείται από το Ευρωπαϊκό Ινστιτούτο Βιοπληροφορικής (EBI), του Ευρωπαϊκού Εργαστηρίου Μοριακής Βιολογίας (EMBL), που εδρεύει στο Wellcome Trust Genome Campus, στο Hinxton, Ενωμένο Βασίλειο.

Η βάση δεδομένων, που αρχικά ήταν γνωστή ως StARlite, αναπτύχθηκε από μια βιοτεχνολογική εταιρεία που λεγόταν Inpharmatica Ltd. Αργότερα, αγοράστηκε από την Galápagos NV. Τα δεδομένα αποκτήθηκαν για το EMBL το 2008, με αποτέλεσμα τη δημιουργία της ομάδας χημικογονιδιωματικής του ChEMBL στο EMBL-EBI, με επικεφαλής τον John Overington.^[2]^[3]

Πεδίο και πρόσβαση[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]

Η βάση δεδομένων του ChEMBL περιέχει δεδομένα βιοδραστικότητας ενώσεων ως προς τα στοχευόμενα φάρμακα. Η βιοδραστικότητα αναφέρεται σε Ki, Kd, IC50 και EC50.^[4] Τα δεδομένα μπορούν να φιλτραριστούν και να αναλυθούν για να αναπτυχθούν βιβλιοθήκες που θα οδηγήσουν στην ταυτοποίηση των ενώσεων κατά τη διάρκεια της ανακάλυψης του φαρμάκου.^[5]

Το ChEMBL έκδοση 2 (ChEMBL_02) παρουσιάστηκε τον Ιανουάριο του 2010 και συμπεριελάμαβανε 2,4 εκατομμύρια βιολογικών μετρήσεων που κάλυπταν 622.824 ενώσεις, συμπεριλαμβάνοντας 24.000 φυσικά προϊόντα. Αυτό ελήφθη από την εξέταση πάνω από 34.000 δημοσιεύσεων μέσα από δώδεκα περιοδικά ιατρικής χημείας. Η κάλυψη των διαθέσιμων δεδομένων βιοενεργότητας από το ChEMBL έχει αναπτυχθεί ώστε να γίνει "η πιο κατανοητή που εμφανίστηκε ποτέ σε μια δημόσια βάση δεδομένων.".^[2] In October 2010 ChEMBL version 8 (ChEMBL_08) was launched, with over 2.97 million bioassay measurements covering 636,269 compounds.^[6]

Στο ChEMBL_10 προστέθηκαν επιβεβαιωτικές αναλύσεις του PubChem, για να ενσωματωθούν δεδομένα που είναι συγκρίσιμα με τον τύπο και τηντάξη των δεδομένων που περιέχονται στο ChEMBL.^[7]

Η ChEMBLdb μπορεί να προσπελαστεί μέσω μιας διεπαφής ιστού ή να μεταφορτωθεί από το File Transfer Protocol. Είναι μορφοποιημένη με έναν τρόπο σύμφωνο με την υπολογιστική εξόρυξη δεδομένων και προσπαθεί να προτυποποιήσει ενεργότητες μεταξύ διαφορετικών εκδόσεων, για να επιτρέψει τη συγκριτική ανάλυση.^[1] Το ChEMBL είναι επίσης ενσωματωμένο σε άλλες χημικές πηγές ευρείας κλίμακας, που συμπεριλαμβάνουν τα συστήματα PubChem και ChemSpider της Βασιλικής Εταιρείας της Χημείας.

Συνδεμένοι πόροι[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]

Πέρα από τη βάση δεδομένων, η ομάδα ChEMBL έχει αναπτύξει εργαλεία και πόρους για την εξόρυξη δεδομένων.^[8] Αυτά περιλαμβάνουν το Kinase SARfari, ένα ολοκληρωμένο σύστημα χημογονιδιωματικής εστιασμένο στις κινάσες. Το σύστημα ενσωματώνει σειρές συνδέσμων, δομών, ενώσεων και διερεύνηση δεδομένων.

To GPCR SARfari είναι παρόμοιο σύστημα εστιασμένο στο GPCRs και το ChEMBL-Neglected Tropical Diseases (παραμελημένες τροπικές ασθένειες) (ChEMBL-NTD) είναι ένα αποθετήριο για πρωτεύουσα εξέταση της ανοικτής πρόσβασης και τα ιατρικά-χημικά δεδομένα κατευθύνονται στις ενδημικές τροπικές ασθένειες των αναπτυσσόμενων χωρών της Αφρικής, της Ασίας και της Αμερικής. Ο κύριος σκοπός του ChEMBL-NTD είναι να παράσχει μια ελεύθερα προσβάσιμη και μόνιμη αρχειοθήκη και ένα κέντρο διανομής των κατατεθειμένων δεδομένων.^[2]

Τον Ιούλιο του 2012 εκδόθηκε μια νέα υπηρεσία δεδομένων για την ελονοσία (malaria data service Αρχειοθετήθηκε 2016-07-30 στο Wayback Machine.), που επιχορηγείται από την Medicines for Malaria Venture (MMV), που αποσκοπεί στους ερευνητές ανά τον κόσμο. Τα δεδομένα αυτής της υπηρεσίας περιλαμβάνουν ενώσεις από τα αντίστοιχα δεδομένα για την ελονοσία καθώς και από δεδομένα που βρίσκονται στο ChEMBL-NTD.

myChEMBL, Η εικονική μηχανή ChEMBL εκδόθηκε τον Οκτώβριο του 2013 για να επιτρέψει στους χρήστες την πρόσβαση σε μια πλήρη, ελεύθερη και εύκολη στην εγκατάσταση υποδομή χημειοπληροφορικής.

Τον Δεκέμβριο του 2013, οι λειτουργίες της βάσης δεδομένων ευρεσιτεχνιών του SureChem patent μεταβιβάστηκαν στο EMBL-EBI και το SureChem μετονομάστηκε σε SureChEMBL.

Το 2014 εμφανίστηκε μια εισαγωγή του νέου πόρου ADME SARfari - ενός εργαλείου για την πρόβλεψη και σύγκριση στόχων ADME διασταυρωμένων ειδών.^[9]

Δείτε επίσης[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]

Παραπομπές[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]

↑ ^1,0 ^1,1 Gaulton, A (2011). «ChEMBL: a large-scale bioactivity database for drug discovery». Nucleic Acids Research 40: D1100-7. doi:10.1093/nar/gkr777. PMID 21948594.
↑ ^2,0 ^2,1 ^2,2 Bender, A (2010). «Databases: Compound bioactivities go public». Nature Chemical Biology 309 (6): 309. doi:10.1038/nchembio.354. http://www.nature.com/nchembio/journal/v6/n5/full/nchembio.354.html. Ανακτήθηκε στις 2010-11-15.
↑ Overington J (April 2009). «ChEMBL. An interview with John Overington, team leader, chemogenomics at the European Bioinformatics Institute Outstation of the European Molecular Biology Laboratory (EMBL-EBI). Interview by Wendy A. Warr». J. Comput. Aided Mol. Des. 23 (4): 195–8. doi:10.1007/s10822-009-9260-9. PMID 19194660. Bibcode: 2009JCAMD..23..195W.
↑ Mok, N. Yi; Brenk, Ruth (Oct 24, 2011). «Mining the ChEMBL Database: An Efficient Chemoinformatics Workflow for Assembling an Ion Channel-Focused Screening Library». J. Chem. Inf. Model. 51 (10): 2449–2454. doi:10.1021/ci200260t.
↑ Brenk, R; Schinpani, A; James, D; Krasowski, A (Mar 2008). «Lessons learnt from assembling screening libraries for drug discovery for neglected diseases». ChemMedChem 3 (3): 435–44. doi:10.1002/cmdc.200700139.
↑ ChEMBL-og (15 November 2010), ChEMBL_08 Released, http://chembl.blogspot.com/2010/11/chembl08-released.html, ανακτήθηκε στις 2010-11-15
↑ ChEMBL-og (6 June 2011), ChEMBL_10 Released, http://chembl.blogspot.com/2011/06/chembl-10-released.html, ανακτήθηκε στις 2011-06-09
↑ Bellis, L J (2011). «Collation and data-mining of literature bioactivity data for drug discovery.». Biochemical Society Transactions 39: 1365–1370. doi:10.1042/BST0391365. PMID 21936816. http://www.biochemsoctrans.org/bst/039/bst0391365.htm. Ανακτήθηκε στις 2011-09-24.
↑ Davies, M. «ADME SARfari: Comparative Genomics of Drug Metabolising Systems.». Bioinformatics. doi:10.1093/bioinformatics/btv010. http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2015/01/08/bioinformatics.btv010.full.pdf+html. Ανακτήθηκε στις 2015-01-08.

Εξωτερικοί σύνδεσμοι[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]

Το Wikidata έχει την ιδιότητα, P592, για τη σελίδα ChEMBL IDs (δείτε χρήσεις)

ChEMBLdb
Kinase SARfari Αρχειοθετήθηκε 2016-05-15 στο Wayback Machine.
ChEMBL-Neglected Tropical Disease Archive
GPCR SARfari
The ChEMBL-og Open data and drug discovery blog run by the ChEMBL team.

[Gaulton-1] 1,0 ^1,1 Gaulton, A (2011). «ChEMBL: a large-scale bioactivity database for drug discovery». Nucleic Acids Research 40: D1100-7. doi:10.1093/nar/gkr777. PMID 21948594.

[Bender-2] 2,0 ^2,1 ^2,2 Bender, A (2010). «Databases: Compound bioactivities go public». Nature Chemical Biology 309 (6): 309. doi:10.1038/nchembio.354. http://www.nature.com/nchembio/journal/v6/n5/full/nchembio.354.html. Ανακτήθηκε στις 2010-11-15.

[pmid19194660-3] Overington J (April 2009). «ChEMBL. An interview with John Overington, team leader, chemogenomics at the European Bioinformatics Institute Outstation of the European Molecular Biology Laboratory (EMBL-EBI). Interview by Wendy A. Warr». J. Comput. Aided Mol. Des. 23 (4): 195–8. doi:10.1007/s10822-009-9260-9. PMID 19194660. Bibcode: 2009JCAMD..23..195W.

[4] Mok, N. Yi; Brenk, Ruth (Oct 24, 2011). «Mining the ChEMBL Database: An Efficient Chemoinformatics Workflow for Assembling an Ion Channel-Focused Screening Library». J. Chem. Inf. Model. 51 (10): 2449–2454. doi:10.1021/ci200260t.

[5] Brenk, R; Schinpani, A; James, D; Krasowski, A (Mar 2008). «Lessons learnt from assembling screening libraries for drug discovery for neglected diseases». ChemMedChem 3 (3): 435–44. doi:10.1002/cmdc.200700139.

[6] ChEMBL-og (15 November 2010), ChEMBL_08 Released, http://chembl.blogspot.com/2010/11/chembl08-released.html, ανακτήθηκε στις 2010-11-15

[7] ChEMBL-og (6 June 2011), ChEMBL_10 Released, http://chembl.blogspot.com/2011/06/chembl-10-released.html, ανακτήθηκε στις 2011-06-09

[Bellis-8] Bellis, L J (2011). «Collation and data-mining of literature bioactivity data for drug discovery.». Biochemical Society Transactions 39: 1365–1370. doi:10.1042/BST0391365. PMID 21936816. http://www.biochemsoctrans.org/bst/039/bst0391365.htm. Ανακτήθηκε στις 2011-09-24.

[Davies-9] Davies, M. «ADME SARfari: Comparative Genomics of Drug Metabolising Systems.». Bioinformatics. doi:10.1093/bioinformatics/btv010. http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2015/01/08/bioinformatics.btv010.full.pdf+html. Ανακτήθηκε στις 2015-01-08.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]