PubChem

Από τη Βικιπαίδεια, την ελεύθερη εγκυκλοπαίδεια
Μετάβαση σε: πλοήγηση, αναζήτηση
PubChem
Pubchemlogo.png
Περιεχόμενο
Περιγραφή PubChem
Επαφή
Πρώτη αναφορά PMID 15879180
Πρόσβαση
URL λήψης FTP
Εργαλεία
Διάφορα
Άδεια Public domain

PubChem είναι μια βάση δεδομένων των χημικών μορίων και των επιδράσεων τους σε βιολογικές αναλύσεις. Το σύστημα συντηρείται από το Εθνικό κέντρο για βιοτεχνολογικές πληροφορίες (National Center for Biotechnology Information) (NCBI), μια συνιστώσα της Εθνικής βιβλιοθήκης ιατρικής (National Library of Medicine), που είναι μέλος των Εθνικών Ινστιτούτων Υγείας των ΗΠΑ (National Institutes of Health) (NIH). Το PubChem μπορεί να προσπελαστεί ελεύθερα μέσα από μια δικτυακή διεπαφή χρήστη. Εκατομμύρια δομών ενώσεων και περιγραφικά σύνολα δεδομένων μπορούν να μεταφορτωθούν ελεύθερα μέσα από το FTP. Το PubChem περιέχει περιγραφές ουσιών και μικρών μορίων με λιγότερα από 1000 άτομα και 1000 δεσμούς. Περισσότεροι από 80 πωλητές βάσεων δεδομένων συνεισφέρουν στην αναπτυσσόμενη βάση δεδομένων PubChem.[1]

Βάσεις δεδομένων[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]

Το PubChem αποτελείται από τρεις δυναμικά αναπτυσσόμενες πρωτεύουσες βάσεις δεδομένων. Από τις 29 Σεπτεμβρίου 2014:

  • Ενώσεις, 54 εκατομμύρια καταχωρίσεις [2] (από 31 εκατομμύρια καταχωρίσεις τον Ιανουάριο του 2011), περιέχει καθαρές και χαρακτηρισμένες χημικές ενώσεις.[3]
  • Ουσίες, 163,5 εκατομμύρια καταχωρίσεις[4] (από 75 εκατομμύρια καταχωρίσεις τον Ιανουάριο του 2011[5]), περιέχει επίσης μείγματα, εκχυλίσματα, σύμπλοκα και μη χαρακτηρισμένες ουσίες.
  • Βιολογικές αναλύσεις, η βιολογική δραστικότητα είναι το αποτέλεσμα 6059[6] (από 1644 τον Ιανουάριο του 2011[7]) προγραμμάτων διαλογής υψηλής απόδοσης με αρκετά εκατομμύρια τιμές.

Αναζήτηση[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]

Η αναζήτηση των βάσεων δεδομένων είναι δυνατή για μια ευρεία περιοχή ιδιοτήτων που περιλαμβάνει χημική δομή, ονόματα τμημάτων, χημικό τύπο, μοριακή μάζα, XLogP και αριθμός δοτών και αποδεκτών δεσμών υδρογόνου.

Το PubChem περιέχει τον δικό του δικτυακό μοριακό επεξεργαστή με υποστήριξη SMILES/SMARTS και InChI, που επιτρέπει την εισαγωγή και εξαγωγή όλων των συνηθισμένων μορφών χημικών αρχείων στην αναζήτηση για δομές και τμήματα.

Κάθε επίσκεψη παρέχει πληροφορίες για συνώνυμα, χημικές ιδιότητες, χημική δομή συμπεριλαμβανομένων των συμβολοσειρών SMILES και InChI, βιοδραστικότητα και συνδέσμους σε δομικά σχετικές ενώσεις και άλλες βάσεις δεδομένων NCBI όπως PubMed.

Στη μορφή αναζήτησης κειμένου τα πεδία της βάσης δεδομένων μπορούν να αναζητηθούν προσθέτοντας το όνομα του πεδίου σε αγκύλες στον όρο αναζήτησης. Μια αριθμητική περιοχή αναπαριστάνεται από δύο αριθμούς χωρισμένους με άνω-κάτω τελεία. Οι όροι αναζήτησης και τα ονόματα των πεδίων είναι ανεξάρτητα από πεζά/κεφαλαία. Μπορούν να χρησιμοποιηθούν παρενθέσεις και οι λογικοί τελεστές AND, OR και NOT. Αν δεν χρησιμοποιείται κανένας τελεστής θεωρείται ότι ισχύει ο τελεστής AND.

Παράδειγμα (Ο κανόνας του πέντε του Λιπίνσκι (Lipinski's Rule of Five)):

0:500[mw] 0:5[hbdc] 0:10[hbac] -5:5[logp]

Ιστορικό[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]

Το PubChem εκδόθηκε το 2004.[8]

Ανησυχίες της ACS[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]

Η Αμερικάνικη Χημική Εταιρεία (American Chemical Society) (ACS) έχει εγείρει ανησυχίες σχετικά με τη δημόσια υποστηριζόμενη βάση δεδομένων PubChem, επειδή φαίνεται να ανταγωνίζεται άμεσα με την υπάρχουσα δικιά της CAS.[9] Η ACS έχει ισχυρό ενδιαφέρον στο θέμα, επειδή η Chemical Abstracts Service δημιουργεί ένα μεγάλο ποσοστό του εισοδήματος της εταιρείας.

Πεδία βάσης δεδομένων[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]


Αριθμοί ταυτοποίησης
Αριθμός ταυτοποίησης στην τρέχουσα βάση δεδομένων [UID]
Αριθμός ταυτοποίησης ουσίας [SID]
Αριθμός ταυτοποίησης ένωσης [CID]
Αριθμός ταυτοποίησης βιοανάλυσης [BAID], [AID]

Γενικά
Οποιοδήποτε πεδίο της βάσης δεδομένων [ALL]
Σχόλιο [CMT]
Ημερομηνία κατάθεσης [DDAT], [DEPDAT]
Εξωτερικό αναγνωριστικό του καταθέτη [SRID], [SRCID]
Όνομα πηγής [SRC], [SRCNAM], [SRCNAME]
Ημερομηνία έκδοσης της πηγής [SRD], [SRDAT], [RLSDAT]
Medical Subject Headings Όρος (MeSH) [MSHT], [MESHT]
Κόμβος δένδρου MeSH [MSHN], [MESHTN]
Φαρμακολογικές δράσεις MeSH [PHMA], [PHARMA]

Ιδιότητες ουσίας
Συνώνυμα ουσίας [SYNO]
Όνομα IUPAC [UPAC], [IUPAC]
Διεθνές χημικό αναγνωριστικό (InChI) [INCHI]
Μοριακή μάζα [MW], [MWT], [MOLWT]
Χημικά στοιχεία [ELMT], [EL]
Μη υδρογονικά άτομα [HAC], [HACNT]
Αριθμός ισοτόπων [IAC], [IACNT]
Συνολικό τυπικό φορτίο [TFC], [CHG], [CHRG]
Αριθμός χειρόμορφων ατόμων [ACC], [ACCNT]
Αριθμός καθορισμένων χειρόμορφων ατόμων [ACDC], [ACDCNT]
Αριθμός ακαθόριστων χειρόμορφων ατόμων [ACUC], [ACUCNT]
Αριθμός δεκτών δεσμών υδρογόνου [HBAC], [HBACNT]
Αριθμός δοτών δεσμών υδρογόνου [HBDC], [HBDCNT]
Αριθμός ταυτομερών [TC], [TCNT], [TTMC]
Αριθμός περιστρέψιμων δεσμών [RBC], [RBCNT]
XLogP[10] [XLGP], [LOGP]

Ιδιότητες ένωσης
Συνώνυμα ένωσης [CSYN], [CSYNO]
Αριθμός συστατικών [CC], [CCNT]
Αριθμός ομοιοπολικών μονάδων (μόριο) [CUC], [CUCNT]
Αριθμός συνολικής βιοδραστικότητας [TAC]

Δείτε επίσης[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]

  • Chemical database
    • Comparative Toxicogenomics Database
    • ChEMBL
    • ChemSpider
    • eMolecules
    • DrugBank
    • Moltable
    • BindingDB
    • SCRIPDB
  • National Center for Biotechnology Information (NCBI)
  • Entrez
  • PubMed
  • GenBank

Παραπομπές[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]

  1. «PubChem Source Information». The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/sources/sources.cgi. 
  2. «Search Results for all compounds». http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pccompound?term=all%5Bfilt%5D&cmd=search. Ανακτήθηκε στις 29 September 2014. 
  3. «all[filt] - PubChem Compound Results». The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?term=all%5Bfilt%5D&cmd=search&db=pccompound. Ανακτήθηκε στις 7 January 2011. 
  4. «all[filt] - PubChem Substance Results». The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?term=all%5Bfilt%5D&cmd=search&db=pcsubstance. Ανακτήθηκε στις 29 September 2014. 
  5. «all[filt] - PubChem Substance Results». The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?term=all%5Bfilt%5D&cmd=search&db=pcsubstance. Ανακτήθηκε στις 7 January 2011. 
  6. «all[filt] - PubChem BioAssay Results». The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?term=all%5Bfilt%5D&cmd=search&db=pcassay. Ανακτήθηκε στις 29 September 2014. 
  7. «all[filt] - PubChem BioAssay Results». The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?term=all%5Bfilt%5D&cmd=search&db=pcassay. Ανακτήθηκε στις 7 January 2011. 
  8. «About PubChem». https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/about.html. Ανακτήθηκε στις 3 May 2014. 
  9. Kaiser J (May 2005). «Science resources. Chemists want NIH to curtail database». Science 308 (5723): 774. doi:10.1126/science.308.5723.774a. PMID 15879180. 
  10. Cheng T (Nov 2007). «Computation of octanol-water partition coefficients by guiding an additive model with knowledge». Journal of Chemical Information and Modeling 47 (6): 2140–2148. doi:10.1021/ci700257y. PMID 17985865. 

Εξωτερικοί σύνδεσμοι[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]