ChemSpider

Από τη Βικιπαίδεια, την ελεύθερη εγκυκλοπαίδεια
Πήδηση στην πλοήγηση Πήδηση στην αναζήτηση
ChemSpider
Περιεχόμενο
Περιγραφή Βάση δεδομένων χημικών δομών που παρέχει γρήγορη πρόσβαση σε πάνω από 30 εκατομμύρια δομές, ιδιότητες και σχετικές πληροφορίες.
Επαφή
Εργαστηριακό κέντρο Ράλεϊ (Βόρεια Καρολίνα), ΗΠΑ
Εργαστήριο
  • Antony J. Williams
  • Royal Society of Chemistry[1]
Πρόσβαση
Ιστότοπος www.chemspider.com
Εργαλεία
Λογισμικό https://itunes.apple.com/us/app/chemspider/id458878661
Διάφορα
Άδεια Creative Commons Attribution (copyright) Share-alike[2]

Το ChemSpider είναι βάση δεδομένων χημικών δομών που ανήκει στην Royal Society of Chemistry.[3][4][5][6][7][8][9][10][11][12][13]

Βάση δεδομένων[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]

Η βάση δεδομένων περιέχει πληροφορίες για περισσότερα από 30 εκατομμύρια μοναδικά μόρια από πάνω από 450 πηγές δεδομένων που συμπεριλαμβάνουν:

  • EPA DSSTox
  • Food and Drug Administration (United States) (FDA)
  • Human Metabolome Database
  • Journal of Heterocyclic Chemistry
  • KEGG
  • KUMGM
  • LeadScope
  • LipidMAPS
  • Marinlit
  • MDPI
  • MICAD
  • MLSMR
  • MMDB
  • MOLI
  • MTDP
  • Nanogen
  • Nature Chemical Biology
  • NCGC
  • NIAID
  • National Institutes of Health (NIH)
  • NINDS Approved Drug Screening Program
  • NIST
  • NIST Chemistry WebBook
  • NMMLSC
  • NMRShiftDB
  • PANACHE
  • PCMD
  • PDSP
  • Peptides
  • Prous Science Drugs of the Future
  • QSAR
  • R&D Chemicals
  • San Diego Center for Chemical Genomics
  • SGCOxCompounds, SGCStoCompounds
  • SMID
  • Specs
  • Structural Genomics Consortium
  • SureChem
  • Synthon-Lab
  • Thomson Pharma
  • Total TOSLab Building-Blocks
  • UM-BBD
  • UPCMLD
  • UsefulChem
  • Web of Science
  • xPharm
  • ZINC

Σε κάθε χημική ουσία δίνεται ένα μοναδικό αναγνωριστικό, που σχηματίζει μέρος ενός αντίστοιχου URL. Παραδείγματος χάρη, η προπανόνη είναι 175 και συνεπώς έχει την URL http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.175.html

Εθελοντισμός (Crowdsourcing)[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]

Η βάση δεδομένων ChemSpider μπορεί να ενημερωθεί με συνεισφορές από τον χρήστη που συμπεριλαμβάνουν κατάθεση χημικής δομής, κατάθεση φασμάτων και η επιμέλεια του χρήστη. Αυτή είναι μια προσέγγιση εθελοντισμού για ανάπτυξη μιας διαδικτυακής χημικής βάσης δεδομένων. Ο εθελοντισμός με βάση τη επιμέλεια των δεδομένων έχει παράξει ένα λεξικό χημικών ονομάτων που συσχετίζονται με χημικές δομές, το οποίο έχει χρησιμοποιηθεί σε εφαρμογές εξόρυξης κειμένου της βιοϊατρικής και χημικής βιβλιογραφίας.[14]

Όμως, τα δικαιώματα της βάσης δεδομένων δεν αποποιούνται και δεν είναι διαθέσιμη η αποθήκευση δεδομένων· στην πραγματικότητα, οι συχνές ερωτήσεις ακόμα δηλώνουν ότι μόνο περιορισμένες μεταφορτώσεις επιτρέπονται:[15], συνεπώς το δικαίωμα δημιουργία διακλάδωσης δεν είναι εγγυημένο και το έργο δεν μπορεί να θεωρηθεί ελεύθερο περιεχόμενο/με ανοικτά δεδομένα.

Αναζήτηση[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]

Παρέχεται ένας αριθμός διαθέσιμων αρθρωμάτων αναζήτησης:

  • Η τυπική αναζήτηση επιτρέπει ερωτήματα για συστηματικά ονόματα, εμπορικά ονόματα και συνώνυμα, καθώς και αριθμούς καταχώρισης
  • Η προχωρημένη αναζήτηση επιτρέπει διαδραστική αναζήτηση με χημική δομή, χημική υποδομή, χρησιμοποιώντας επίσης μοριακό τύπο και εύρος σχετικής μοριακής μάζας, αριθμούς CAS, προμηθευτές, κλπ. Η αναζήτηση μπορεί να χρησιμοποιηθεί για διεύρυνση ή περιορισμό ήδη ευρεθέντων αποτελεσμάτων.
  • Η αναζήτηση δομής σε κινητές συσκευές μπορεί να γίνει χρησιμοποιώντας ελεύθερες εφαρμογές για IOS (iPhone/iPod/iPad)[16] και για το Android.[17]

Σήμανση χημικού εγγράφου[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]

Η βάση δεδομένων ChemSpider χρησιμοποιείται σε συνδυασμό με εξόρυξη κειμένου ως η βάση της σήμανσης χημικού εγγράφου. Το ChemMantis,[18] το ολοκληρωμένο σύστημα χημικής σήμανσης και μετασχηματισμού ονοματολογίας (Chemistry Markup And Nomenclature Transformation Integrated System) χρησιμοποιεί αλγορίθμους για ταυτοποίηση και εξαγωγή χημικών ονομάτων από έγγραφα και ιστοσελίδες, και μετατρέπει τα χημικά ονόματα σε χημικές δομές χρησιμοποιώντας αλγορίθμους μετατροπής ονόματος σε δομή και αναζητήσεις λεξικού στη βάση δεδομένων ChemSpider. Το αποτέλεσμα είναι ένα ολοκληρωμένο σύστημα μεταξύ χημικών εγγράφων και αναζήτησης πληροφοριών μέσα από το ChemSpider σε πάνω από 150 πηγές δεδομένων.

Ιστορικό[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]

Το ChemSpider αποκτήθηκε από την Royal Society of Chemistry (RSC) τον Μάιο του 2009.[19] Πριν την απόκτησή του από την RSC, το ChemSpider ελεγχόταν από μια ιδιωτική επιχείρηση την ChemZoo Inc. Το σύστημα πρωτοξεκίνησε τον Μάρτιο του 2007 με μια μορφή δοκιμαστικής έκδοσης και μετατράπηκε σε έκδοση τον Μάρτιο του 2008. Η ChemSpider έχει επεκτείνει τη γενική υποστήριξη μιας χημικής βάσης δεδομένων ώστε να περιλαμβάνει υποστήριξη της συλλογής χημικών δομών της Wikipedia μέσα από την υλοποίηση της WiChempedia.

Υπηρεσίες[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]

Ένας αριθμός από υπηρεσίες είναι διαθέσιμες διαδικτυακά. Αυτές περιλαμβάνουν τη μετατροπή των χημικών ονομάτων σε χημικές δομές, τη δημιουργία των συμβολοσειρών SMILES και InChI , την πρόβλεψη πολλών φυσικοχημικών παραμέτρων και την ενσωμάτωση σε μια διαδικτυακή υπηρεσία που επιτρέπει την πρόβλεψη NMR. Ο οργανισμός δουλεύει με την RSC για να αναπτύξει έναν επιλυτή πίνακα κατακερματισμού για InChIKeys, πιο σύντομες κατακερματισμένες μορφές των InChIs.

SyntheticPages[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]

Το SyntheticPages είναι μια ελεύθερη διαδραστική βάση δεδομένων των διεργασιών συνθετικής χημείας που λειτουργεί από την Royal Society of Chemistry.[20] Οι χρήστες υποβάλλουν διεργασίες σύνθεσης που έχουν εκτελέσει οι ίδιοι, για δημοσίευση στον ιστότοπο. Αυτές οι διεργασίες μπορεί να είναι πρωτότυπες εργασίες, αλλά πιο συχνά βασίζονται σε αντιδράσεις βιβλιογραφίας. Παραπομπές στις πρωτότυπες δημοσιευμένες εργασίες γίνονται όπου είναι κατάλληλο. Πριν δημοσιευτούν, ελέγχονται από έναν επιστημονικό επεξεργαστή. Οι σελίδες δεν υφίστανται τυπική ομότιμη αξιολόγηση όπως σε ένα άρθρο επιστημονικού περιοδικού, αλλά μπορούν να σχολιαστούν από συνδεμένους χρήστες. Τα σχόλια μετριάζονται από επιστημονικούς επεξεργαστές. Ο σκοπός είναι η συλλογή πρακτικής εμπειρίας για την πραγματοποίηση χρήσιμων χημικών συνθέσεων στο εργαστήριο. Αν και οι δημοσιευόμενες πειραματικές μέθοδοι σε ένα κανονικό ακαδημαϊκό περιοδικό καταχωρίζονται τυπικά και συνοπτικά, οι διεργασίες στο ChemSpider SyntheticPages δίνονται με περισσότερες πρακτικές λεπτομέρειες. Η έλλειψη τυπικότητας ενθαρρύνεται. Τα σχόλια από τους υποβάλλοντες περιλαμβάνονται επίσης. Άλλες εκδόσεις με συγκρίσιμες λεπτομέρειες περιλαμβάνουν τις Organic Syntheses και τις Inorganic Syntheses. Ο ιστότοπος SyntheticPages είχε ρυθμιστεί αρχικά από τους Kevin Booker-Milburn (Πανεπιστήμιο του Μπρίστολ), Stephen Caddick (Πανεπιστημιακό Κολλέγιο Λονδίνου), Peter Scott (Πανεπιστήμιο του Γουόρικ) και Max Hammond. Τον Φεβρουάριο του 2010 ανακοινώθηκε μια συγχώνευση [21] με την μηχανή αναζήτησης χημικών δομών ChemSpider της Royal Society of Chemistry και τον σχηματισμό της ChemSpider|SyntheticPages (CS|SP).

Ανοικτό PHACTS[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]

Το ChemSpider εξυπηρετεί ως αποθετήριο χημικών ενώσεων που ανήκει στο έργο OpenPHACTS, μια καινοτόμο ιατρική πρωτοβουλία. Το ανοικτό PHACTS θα αναπτύσσεται ως ανοικτό πρότυπο, με ανοικτή πρόσβαση, με προσέγγιση σημασιολογικού ιστού για να αντιμετωπίσει δυσχέρειες στην ανακάλυψη φαρμάκων μικρών μορίων - από διαφορετικές πηγές πληροφοριών, έλλειψη προτύπων και υπερφόρτωση πληροφοριών.[22]

Παραπομπές[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]

  1. doi:10.1038/483524a
  2. http://www.chemspider.com/blog/chemspider-adopts-creative-commons-licenses.html
  3. Chemical & Engineering News 85 (24). June 11, 2007. 
  4. Antony John Williams (Jan–Feb 2008). «ChemSpider and Its Expanding Web: Building a Structure-Centric Community for Chemists». Chemistry International 30 (1). http://www.iupac.org/publications/ci/2008/3001/ic_chemspider.html. 
  5. PMID 18428094 (PubMed)
    Citation will be completed automatically in a few minutes. Jump the queue or expand by hand
  6. PMID 18537573 (PubMed)
    Citation will be completed automatically in a few minutes. Jump the queue or expand by hand
  7. doi:10.1038/453139a
  8. E. Curry, A. Freitas, and S. O’Riáin, "The Role of Community-Driven Data Curation for Enterprises," in Linking Enterprise Data, D. Wood, Ed. Boston, MA: Springer US, 2010, pp. 25–47.
  9. Links to Multiple Presentations about ChemSpider
  10. Identification of Nontargeted Species Using Accurate Mass/Mass Spectrometry Data and ChemSpider
  11. doi:10.1002/9781118026038.ch22
  12. doi:10.1021/ed100697w
  13. doi:10.1007/s13361-011-0265-y
  14. doi:10.1186/1758-2946-2-3
  15. http://www.chemspider.com/blog/who-would-like-to-have-the-entire-chemspider-database.html
  16. http://itunes.apple.com/us/app/chemspider/id458878661
  17. https://play.google.com/store/apps/details?id=com.mmi.android.chemspider
  18. Welcome ChemMantis to ChemZoo and a Call for Contributions from the Community,2008-10-23, A. Williams,blog post
  19. «RSC acquires ChemSpider». Royal Society of Chemistry. 11 May 2009. http://www.rsc.org/AboutUs/News/PressReleases/2009/ChemSpider.asp. Ανακτήθηκε στις 2009-05-11. 
  20. «ChemSpider SyntheticPages». ChemSpider SyntheticPages. Royal Society of Chemistry. http://cssp.chemspider.com/. Ανακτήθηκε στις 26 June 2012. 
  21. «ChemSpider and SyntheticPages support synthetic chemistry». RSC Publishing. Royal Society of Chemistry. 2010-02-05. http://www.rsc.org/Publishing/News/ChemSpider_SyntheticPages.asp. Ανακτήθηκε στις 2012-06-26. 
  22. doi:10.1016/j.drudis.2012.05.016

Δείτε επίσης[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]

  • eMolecules
  • NIST]]
  • PubChem
  • DrugBank
  • ChEBI
  • ChEMBL
  • List of software for molecular mechanics modeling