Οι Αμυγδάλοι είναι ορεινός οικισμός στο δυτικοκεντρικό τμήμα του νομού Λασιθίου. Βρίσκονται στις ανατολικές υπώρειες του όρους Σελένα, πάνω στην επαχιακή οδό Νεαπόλεως-Οροπεδίου (ΕΠ 9) και σε μέσο σταθμικό υψόμετρο 550. Ο οικισμός απέχει 22 χλμ. περίπου Δ. ΒΔ. του Αγίου Νικολάου.[4][5][6][7]
Ο οικισμός αναγνωρίστηκε το 1925 και προσαρτήθηκε στην κοινότητα Βρυσών του νομού Λασιθίου. Το 1930 προσαρτήθηκε στην κοινότητα Ζενίων. Με το ΦΕΚ 244Α - 04/12/1997 αποσπάστηκε από την κοινότητα Ζενίων και προσαρτήθηκε στον δήμο Αγίου Νικολάου.[3]