Ο σύλλογος διαθέτει τμήμα ποδοσφαίρου ανδρών και τα τελευταία χρόνια διατηρεί τμήμα ποδοσφαίρου γυναικών, ενώ διατηρεί και τα αντίστοιχα τμήματα υποδομών.
Μια ομάδα κατοίκων του οικισμού των Ζωνιανών ίδρυσαν το 1964 τον ποδοσφαιρικό σύλλογο Α.Ο. Ερμής Ζωνιανών, ώστε να πρεσβεύει τον τόπο τους στο ποδόσφαιρο. Με την ίδρυσή του, εντάχθηκε στην Ένωση Ποδοσφαιρικών Σωματείων Ρεθύμνου (ΕΠΣ Ρεθύμνου) και έκτοτε η ομάδα αγωνιζόταν στις κατηγορίες αυτής.[2]
Τα τελευταία χρόνια πρωταγωνίστησε στα πρωταθλήματα του Ρεθύμνου και παρουσίασε ανοδική πορεία. Αρχικά, την περίοδο 2011-12 αναδείχθηκε πρωταθλήτρια Ρεθύμνου και συμμετείχε στο Πρωτάθλημα Πρωταθλητριών ΕΠΣ και τον 14ο όμιλο με αντιπάλους τις υπόλοιπες πρωταθλήτριες ομάδες της Κρήτης (Κισσαμικός, Α.Ε. Κατσαμπά και Ο.Φ.Ι.) όπου τερμάτισε στην 3η θέση που δεν έδινε το δικαίωμα ανόδου, ωστόσο όμως έπειτα από αναδιοργάνωση της αμέσως ανώτερης κατηγορίας, κέρδισε τελικά την συμμετοχή του στην Δ' Εθνική κατηγορία[3]. Την αμέσως επόμενη περίοδο, 2012-13, κέρδισε την ιστορική άνοδο στην Γ' Εθνική κατηγορία και παράλληλα την ίδια περίοδο κατέκτησε για πρώτη φορά το Κύπελλο Ρεθύμνου[4] και το Σούπερ Καπ Ρεθύμνου[5]. Στην πρώτη συμμετοχή του συλλόγου στη Γ' Εθνική την περίοδο 2013-14, δεν κατάφερε να διατηρήσει την παραμονή του, καθώς υποβιβάστηκε έπειτα από ισοβαθμία με τον Μανδραϊκό στην οποία μειονεκτούσε[6], τερματίζοντας οριακά στην πρώτη θέση της ζώνης του υποβιβασμού. Παράλληλα την ίδια περίοδο (2013-14) έλαβε μέρος στην πρώτη διοργάνωση στα χρονικά του Κυπέλλου Γ' Εθνικής, από όπου όμως αποκλείστηκε νωρίς.
Την αμέσως επόμενη περίοδο (2014-15) κατέκτησε εκ νέου το πρωτάθλημα Ρεθύμνου και επίσης το Σούπερ Καπ Ρεθύμνου[7] και ως πρωταθλήτρια συμμετείχε στο Πρωτάθλημα πρωταθλητριών ΕΠΣ, όπου τερμάτισε στην κορυφή του 14ου ομίλου με αντιπάλους τους υπόλοιπους πρωταθλητές της Κρήτης (Α.Σ. Ρούβας, Ο.Φ.Ι. και Άρης Σούδας) και κέρδισε απευθείας την επάνοδο του στη Γ' Εθνική, καθώς έπειτα από αναδιοργάνωση του Ελληνικού ποδοσφαίρου η Δ' Εθνική είχε πλέον καταργηθεί. Έκτοτε και μέχρι σήμερα αγωνίζεται στη Γ' Εθνική, καθώς την περίοδο 2015-16 τερμάτισε στην 6η θέση και υψηλότερη που έλαβε μέχρι σήμερα ο σύλλογος και κέρδισε εύκολα την παραμονή του.
