Χημικές οντότητες βιολογικού ενδιαφέροντος

Από τη Βικιπαίδεια, την ελεύθερη εγκυκλοπαίδεια
Πήδηση στην πλοήγηση Πήδηση στην αναζήτηση
Περιεχόμενο
Περιγραφή Χημική βάση δεδομένων
Αντικείμενο Χημικές οντότητες βιολογικού ενδιαφέροντος
Επαφή
Ερευνητικό κέντρο Ευρωπαϊκό εργαστήριο μοριακής βιολογίας
Εργαστήριο Flag of the United Kingdom.svg Ευρωπαϊκό ινστιτούτο βιοπληροφορικής
Πρώτη αναφορά [1]
Πρόσβαση
Ιστοσελίδα ChEBI
URL λήψης Downloads
URL υπηρεσίας ιστού Web Service
Τελικό σημείο Sparql BIO2RDF
Εργαλεία
Διαδικτυακή εφαρμογή ChEBI Website
Διάφορα
Συχνότητα έκδοσης δεδομένων μηνιαία
Πολιτική επιμέλειας χειροκίνητη

Οι Χημικές οντότητες βιολογικού ενδιαφέροντος (Chemical Entities of Biological Interest), γνωστές επίσης ως ChEBI,[1][2] είναι μια βάση δεδομένων και οντολογίας των μοριακών οντοτήτων (molecular entities) εστιασμένη σε 'μικρές' χημικές ενώσεις, που είναι μέρος της προσπάθειας των ανοικτών βιοϊατρικών οντολογιών ([Open Biomedical Ontologies). Ο όρος "μοριακή οντότητα (molecular entity)" αναφέρεται σε οποιοδήποτε "δομικά ή ισοτοπικά διακριτό άτομο, μόριο, ιόν, ζεύγος ιόντων (ion pair), χημική ρίζα, ριζικό ιόν (radical ion), σύμπλοκο (complex), διαμορφομερές (conformer), κλπ., που αναγνωρίζεται ως μια ξεχωριστή αναγνωρίσιμη οντότητα".[3] Οι εξεταζόμενες μοριακές οντότητες είναι είτε φυσικά, είτε συνθετικά προϊόντα, που έχουν ενδεχόμενη βιολογική δράση. Μόρια που κωδικοποιούνται άμεσα από το γονιδίωμα, όπως τα νουκλεϊκά οξέα, οι πρωτεΐνες και τα πεπτίδια που παράγονται από πρωτεΐνες με πρωτεολυτική διάσπαση (proteolytic cleavage), δεν περιλαμβάνονται -κατά κανόνα-στο ChEBI.

Το ChEBI χρησιμοποιεί την ονοματολογία, συμβολισμό και ορολογία της IUPAC και της επιτροπής ονοματολογίας της Διεθνούς Ένωσης Βιοχημείας και Μοριακής Βιολογίας (NC-IUBMB).

Σκοπός και πρόσβαση[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]

Όλα τα δεδομένα της βάσης δεδομένων είναι μη ιδιοταγή ή παράγονται από μη ιδιοταγή πηγή. Είναι συνεπώς ελεύθερα προσπελάσιμα και διαθέσιμα στον καθέναν. Επιπλέον, κάθε στοιχείο δεδομένου είναι πλήρως ανιχνεύσιμο και αναφέρεται ρητά στην αρχική πηγή.

Τα δεδομένα ChEBI είναι διαθέσιμα μέσω μιας δημόσιας διεπαφής ιστού, υπηρεσίας ιστού και μεταφορτώσεων.

Παραπομπές[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]

  1. 1,0 1,1 De Matos, P.; Alcantara, R.; Dekker, A.; Ennis, M.; Hastings, J.; Haug, K.; Spiteri, I.; Turner, S. και άλλοι. (2009). «Chemical Entities of Biological Interest: An update». Nucleic Acids Research 38 (Database issue): D249–54. doi:10.1093/nar/gkp886. PMID 19854951. 
  2. Degtyarenko, K.; De Matos, P.; Ennis, M.; Hastings, J.; Zbinden, M.; McNaught, A.; Alcantara, R.; Darsow, M. και άλλοι. (2007). «ChEBI: A database and ontology for chemical entities of biological interest». Nucleic Acids Research 36 (Database issue): D344–50. doi:10.1093/nar/gkm791. PMID 17932057. 
  3. IUPAC, Compendium of Chemical Terminology, 2nd ed. (the "Gold Book") (1997). Online corrected version:  (2006–) "molecular entity".

Εξωτερικοί σύνδεσμοι[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]