Ο Κέδρος Ιδρύθηκε αρχικά το 1957 σαν ΑΤΕ ΠΕΚ Αγίας Μαρίνας Σκυλλούρας Η ΑΤΕ ΠΕΚ (Αγροτική Τοπική Ένωση Παναγροτικής Ένωσης Κύπρου) αδράνησε και διαλύθηκε για να επανιδρυθεί το 1967 με το όνομα Κέδρος.[1][2] Ξεκίνησε να αγωνίζεται στην ΕΠΟΕΚ, στην οποία υπήρξε ιδρυτικό μέλος[3]. Ο Κέδρος μετά την τουρκική εισβολή του 1974 δραστηριοποιήθηκε στο χωριό Κοτσιάτης της επαρχίας Λευκωσίας όπου έχει εκεί και ιδιόκτητο γήπεδο.
Μέχρι το 2011 συμμετείχε στις διοργανώσεις της ΕΠΟΠΛ. Το 2011 εντάχθηκε στην Δ΄ κατηγορία και στις τάξεις της Κυπριακής Ομοσπονδίας Ποδοσφαίρου (ΚΟΠ) μέσω του πρωταθλήματος ένταξης 2011. Στην μοναδική της συμμετοχή στη Δ΄ κατηγορία, την περίοδο 2011-12, τερμάτισε στη δωδέκατη θέση και υποβιβάστηκε στα αγροτικά (τοπικά) πρωταθλήματα. Συνέχισε στις διοργανώσεις της ΕΠΟΠΛ μέχρι το 2020. Την χρονιά 2019-2020 η πανδημία του κορωνοϊού δεν επέτρεψε την διεξαγωγή του πρωταθλήματος ένταξης και η διαδικασία για ένταξη στην Επίλεκτη κατηγορία ΣΤΟΚ 2020-21 έγινε με κλήρωση με τη συμμετοχή 14 ομάδων Παγκύπρια.