Η παλαιότερη ονομασία των οργανικών ενώσεων ήταν εμπειρική. Ακόμη και σήμερα ένας σημαντικός αριθμός από αυτές διατηρούν, επίσημα ή ανεπίσημα, τα εμπειρικά τους ονόματα. Μερικά από τα εμπειρικά ονόματα υπενθυμίζουν:

Τη γεύση (π.χ. πικρικό οξύ, γλυκερίνη).
Την προέλευση (π.χ. κιτρικό οξύ, μυρμηκικό οξύ, γαλακτικό οξύ).
Την οσμή (π.χ. λεμονένιο, ιονόνη).
Την εξωτερική μορφή (π.χ. πινακόλη).
Ονόματα επιστημόνων (π.χ. πελετιερίνη, από τον γάλλο χημικό Pelletier.
Ονόματα άλλων προσώπων (π.χ. κιγχονίνη, από τον αντιβασιλιά του Περού Chincheon).
Ονόματα χωρών (π.χ. γαλλικό οξύ).

κ.ο.κ.

Για την καλύτερη συνενόηση έγιναν, από το 1889, διάφορες προσπάθειες και συνέδρεια για τη διεθνοποίηση και συστηματοποίηση της ονοματολογίας του μεγάλου και ολοένα αυξανόμνενου πλήθους των γνωστών οργανικών ενώσεων, έτσι ώστε το όνομα κάθε ένωσης να δίνει πληροφορίες για τη σύνθεση και σύνταξή της. Τα κυριότερα τέτοια διεθνή συνέδρεια ήταν:

Το 1892 στη Γενεύη: Δημιουργήθηκε η «Ονοματολογία κατά Γενεύη».
Το 1949 στο Άμστερνταμ: Δημιουργήθηκε το «Διεθνές σύστημα ονοματολογίας κατά IUPAC».

Η τελευταία ονοματολογία ισχύει μέχρι σήμερα με τροποποιήσεις τα έτη 1979 και 1988. Παρόλο που η ονοματολογία είναι διεθνής, προσαρμόστηκε με διαφοροποιήσεις στις διάφορες γλώσσες. Η προσαρμογή της στα ελληνικά οφείλεται κυρίως στον πρώτο ειδικό Καθηγητή Οργανικής Χημείας στην Ελλάδα, τον αείμνηστο Γεώργιο Ματθαιόπουλο. Η προσαρμογή αυτή εγκρίθηκε από τους κορυφαίους έλληνες γλωσσολόγους της εποχής του.

Σημαντικές διαφοροποιήσεις σε σχέση με την αγγλόφωνη συστηματική ονοματολογία[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]

Οι αριθμοί θέσης των κύριων χαρακτηριστικών ομάδων και των πολλαπλών δεσμών στην κυρίαρχη (περισσότερο χρησιμοποιούμενη) ελληνόφωνη ονομαατολογία μπαίνουν δεξιά από το όνομα της ένωσης ή και τη χαρακτηριστική συλλαβή, ενώ στην αγγλόφωνη, και σε μέρος της ελληνόφωνης που την ακολουθεί, μπαίνουν στην αρχή. Π.χ.

CH₃CH₂C ≡CH: Βουτίνιο-1, αντί 1-Butyne ή 1-βουτίνιο.
CH₃CH₂CH(OH)CH₂CH₃: Πεντανόλη-3, αντί 3-Pentanole ή 3-πεντανόλη.
CH₃CH=CHCH(OH)CH₃: Πεντεν-3-όλη-2, αντί 3-Penten-2-ole ή 3-πεντεν-2-όλη.

Η προτεραιότητα των πλευρικών αλυσίδων και υποκαταστατών μεταβάλλεται, γιατί σύμφωνα με την IUPAC αυτές μπαίνουν κατ' αλφαβητική σειρά (χωρίς επισήμως να επισημαίνεται σύμφωνα με ποιο αλφάβητο). Π.χ.: (CH₃CH₂)₂C(Cl)CH₂CH(OH)CHO:4-αιθυλ-2-υδρόξυ-4-χλωροεξανάλη αντί 4-chloro-4-ethyl-2-hydroxyhexanale.
Τα προθέματα αρίθμησης ατόμων άνθρακα ή ομάδων στην κυρίαρχη ελληνόφωνη ονοματολογία γράφονται με βάση την νεοελληνική γλώσσα, ενώ στην αγγλόφωνη και το, και σε μέρος της ελληνόφωνης που την ακολουθεί, γράφονται με βάση την αρχαία. Π.χ.: CH₃(CH₂)₁₁COOH: δεκατριανικό οξύ αντί tridecanoic acid ή τριδεκανοϊκό οξύ.