Το λήμμα παραθέτει τις πηγές του αόριστα, χωρίς παραπομπές.Βοηθήστε συνδέοντας το κείμενο με τις πηγές χρησιμοποιώντας παραπομπές, ώστε να είναι επαληθεύσιμο.
Η σήμανση τοποθετήθηκε στις 14/02/2020.
Το πρωτάθλημα Α1΄ Εθνικής κατηγορίας χάντμπολ ανδρών της περιόδου 1999–2000 ήταν το ενδέκατο από την καθιέρωση της Α1 και συνολικά το 23ο πρωτάθλημα Ελλάδος στην ιστορία του χάντμπολ (μαζί με τα δυο πρωταθλήματα που είχε διοργανώσει ο ΣΕΓΑΣ).
Πρωταθλητής αναδείχθηκε, για πρώτη φορά στην ιστορία του θεσμού, ο Πανελλήνιος Γ.Σ.. Επικράτησε στους τελικούς των πλέι-οφ του Γ.Α.Σ. Κιλκίς με 2-0 νίκες. Ο σύλλογος της Κυψέλης πέτυχε το νταμπλ καθώς αναδείχθηκε και Κυπελλούχος Ελλάδος.
Στην κανονική περίοδο οι ομάδες αγωνίστηκαν σε δύο γύρους. Οι τέσσερις πρώτες ομάδες προκρίθηκαν στη διαδικασία των πλέι οφ, και οι τέσσερις τελευταίες συνέχισαν στα πλέι άουτ.[1]