Ο Άγιος Νικόλαος είναι πεδινός οικισμός στο ανατολικό τμήμα του νομού Λασιθίου. Βρίσκεται στις υπώρειες της κορυφής «Μόδι» (539 μ.), νοτιοδυτικά του Παλαικάστρου και σε μέσο σταθμικό υψόμετρο 150. Απέχει 35 χλμ. περίπου ΒΔ. του Αγίου Νικολάου.[3][4][5][6][7]
Ο οικισμός αναγνωρίστηκε το 1961 και προσαρτήθηκε στην κοινότητα Μητάτου του νομού Λασιθίου. Το 1994 αποσπάστηκε από την κοινότητα Μητάτου και προσαρτήθηκε στην κοινότητα Παλαικάστρου. Με το ΦΕΚ 244Α - 04/12/1997 αποσπάστηκε από την κοινότητα Παλαικάστρου και προσαρτήθηκε στον δήμο Ιτάνου. Με το ΦΕΚ 87Α - 07/06/2010 αποσπάστηκε από τον δήμο Ιτάνου και προσαρτήθηκε στον δήμο Σητείας. Με το ΦΕΚ 104Α - 26/07/2017 προσαρτήθηκε στην κοινότητα Παλιακάστρου του δήμου Σητείας [2]