Συγκριτική Τοξικογονιδιωματική βάση δεδομένων
| Γενικά | |
|---|---|
| Δημιουργοί | Τμήμα Βιολογικών Επιστημών στο Πολιτειακό Πανεπιστήμιο Βόρειας Καρολίνα και Τμήμα Βιοπληροφορικής MDI Biological Laboratory |
| Είδος | λογισμικό, βάση δεδομένων που αφορά τη βιολογία, βάση δεδομένων που αφορά την χημεία |
| Διανομή | |
| Λειτουργικά | |
| Διαθέσιμο σε | Αγγλικά |
| Ανάπτυξη | |
| Τύπος | Βιοπληροφορική, ανάλυση δεδομένων |
| Άδεια χρήσης | NC State University |
| Σύνδεσμοι | |
| Επίσημος ιστότοπος | |
| http://ctdbase.org/ | |
Η Comparative Toxicogenomics Database (CTD) είναι δημόσια ιστοσελίδα και εργαλείο έρευνας , το οποίο επιμελείται επιστημονικά δεδομένα που περιγράφουν τις σχέσεις μεταξύ χημικών ουσιών/φαρμάκων, γονιδίων/πρωτεϊνών, νόσων, ταξινομικών βαθμίδων, φαινοτύπων, οντολογίας γονιδίων (GO annotations), οδών και τύπων αλληλεπίδρασης που ξεκίνησε στις 12 Νοεμβρίου 2004.[1][2][3][4] Η βάση δεδομένων συντηρείται από το Τμήμα Βιολογικών Επιστημών στο Πολιτειακό Πανεπιστήμιο της Βόρειας Καρολίνας.[εκκρεμεί παραπομπή]
Στόχοι[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]
Ένας από τους κύριους στόχους της CTD είναι να προάγει την κατανόηση των επιδράσεων των περιβαλλοντικών χημικών ουσιών στην ανθρώπινη υγεία στο γονιδιακό επίπεδο, ένα πεδίο το οποίο αποκαλείται τοξικογονιδιωματική.
Η αιτιολογία πολλών χρόνιων νόσων περιλαμβάνει αλληλεπιδράσεις μεταξύ περιβαλλοντικών παραγόντων και των γονιδίων που τροποποιούν σημαντικές διεργασίες της φυσιολογίας του ανθρώπου. Οι χημικές ουσίες αποτελούν ένα σημαντικό συστατικό του περιβάλλοντος. Παθολογικές καταστάσεις όπως το άσθμα, ο καρκίνος, ο σακχαρώδης διαβήτης, η αρτηριακή υπέρταση, η ανοσοανεπάρκεια και η νόσος του Πάρκινσον είναι γνωστό ότι επηρεάζονται από το περιβάλλον, αν και οι μοριακοί μηχανισμοί που υπαγορεύουν αυτές τις συσχετίσεις δεν έχουν γίνει καλά κατανοητοί. Η CTD μπορεί να βοηθήσει στη διαλεύκανση αυτών των μηχανισμών. Η πιο πρόσφατη εκτεταμένη λίστα επιστημονικών άρθρων για τη CTD υπάρχει διαθέσιμη στη σελίδα με τις δημοσιεύσεις[5]
Κύρια Δεδομένα[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]
Η CTD είναι μια μοναδική πηγή γνώσης, στην οποία ειδικοί επιστήμονες, επιμελητές βιολογικών δεδομένων, οι οποίοι ονομάζονται biocurators[6][7] διαβάζουν την επιστημονική βιβλιογραφία και επιμελούνται τέσσερα είδη κύριων δεδομένων:
- Αλληλεπιδράσεις χημικών ουσιών - Γονιδίων
- Αλληλεπιδράσεις χημικών ουσιών - Νόσων
- Αλληλεπιδράσεις γονιδίων - νόσων
- Αλληλεπιδράσεις χημικών ουσιών - Φαινοτύπων
Ενσωμάτωση Δεδομένων[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]
Ενσωματώνοντας τα τέσσερα σύνολα δεδομένων που αναφέρονται παραπάνω, η CTD κατασκευάζει αυτόματα υποθετικά δίκτυα χημικής ουσίας - γονιδίου - φαινότυπου - νόσου για να διαφωτίσει τους υποβόσκοντες μοριακούς μηχανισμούς των περιβαλλοντικά-επηρεαζόμενων νόσων. Οι σχέσεις που έχουν συναχθεί από τα δεδομένα αυτά, βαθμολογούνται στατιστικά και ιεραρχούνται και μπορούν να χρησιμοποιηθούν από επιστήμονες και βιολόγους του κλάδου της υπολογιστικής βιολογίας για να δημιουργήσουν και να ελέγξουν υποθέσεις γύρω από τους τοξικογονιδιωματικούς μηχανισμούς και τον τρόπο που αυτοί σχετίζονται με την ανθρώπινη υγεία.
Οι χρήστες μπορούν να πραγματοποιήσουν αναζήτηση στη CTD για να ανακαλύψουν επιστημονικά δεδομένα για χημικές ουσίες, γονίδια, νόσους ή αλληλεπιδράσεις μεταξύ των 3 αυτών κατηγοριών. Επί του παρόντος, η CTD ενσωματώνει δεδομένα τοξικογονιδιωματικής για σπονδυλωτά και ασπόνδυλα.
Η CTD ενσωματώνει δεδομένα από ή παρέχει εξωτερικούς συνδέσμους προς τις ακόλουθες βάσεις δεδομένων:
- ChemIDplus, ένα λεξικό πάνω από 400.000 χημικών ουσιών που φιλοξενείται στην Εθνική Βιβλιοθήκη Ιατρικής των ΗΠΑ[8]
- DrugBank
- Data Infrastructure for Chemical Safety project (diXa) Data Warehouse του Ευρωπαϊκού Ινστιτούτου Βιοπληροφορικής[9][10] που τον Νοέμβριο του 2015 περιείχε 469 ουσίες, 188 σύνολα δεδομένων νόσων σε τρεις υποκατηγορίες, ηπατική, νεφρική και καρδιαγγειακή νόσος[11]
- Gene Ontology Consortium
- KEGG
- NCBI Entrez-Gene
- NCBI PubMed
- NCBI Taxonomy[12]
- NLM Medical Subject Headings
- OMIM
- Reactome
Παραπομπές[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]
- ↑ «The Comparative Toxicogenomics Database (CTD): A Resource for Comparative Toxicological Studies». Journal of Experimental Zoology Part A: Comparative Experimental Biology 305 (9): 689–92. Sep 2006. doi:. PMID 16902965.
- ↑ «The Comparative Toxicogenomics Database (CTD): A Cross-Species Resource for Building Chemical-Gene Interaction Networks». Toxicol. Sci. 92 (2): 587–95. Aug 2006. doi:. PMID 16675512.
- ↑ «Promoting comparative molecular studies in environmental health research: an overview of the comparative toxicogenomics database (CTD)». Pharmacogenomics J. 4 (1): 5–8. 2004. doi:. PMID 14735110.
- ↑ «The Comparative Toxicogenomics Database (CTD)». Environ. Health Perspect. 111 (6): 793–5. May 2003. doi:. PMID 12760826. PMC 1241500. Αρχειοθετήθηκε από το πρωτότυπο στις 2010-06-06. https://web.archive.org/web/20100606135634/http://ehp.niehs.nih.gov/txg/docs/2003/6028/abstract.html.
- ↑ CTD Publications page ctdbase.org
- ↑ «Biocurators: Contributors to the World of Science». PLOS Comput. Biol. 2 (10): e142. Oct 2006. doi:. PMID 17411327. Bibcode: 2006PLSCB...2..142B.
- ↑ «The Biocurator: Connecting and Enhancing Scientific Data». PLOS Comput. Biol. 2 (10): e125. Oct 2006. doi:. PMID 17069454. Bibcode: 2006PLSCB...2..125S.
- ↑ ChemIDplus US National Library of Medicine, n.d.,retrieved 7 November 2015
- ↑ diXa Data Warehouse n.d., retrieved 7 November 2015
- ↑ Hendrickx, D. M.; Aerts, H. J. W. L.; Caiment, F.; Clark, D.; Ebbels, T. M. D.; Evelo, C. T.; Gmuender, H.; Hebels, D. G. A. J. και άλλοι. (12 December 2014). «diXa: a data infrastructure for chemical safety assessment». Bioinformatics 31 (9): 1505–1507. doi:. PMID 25505093.
- ↑ Train online, Disease data European Molecular Biology Laboratory,n.d.,retrieved 7 November 2015
- ↑ NCBI Taxonomy