Μετάβαση στο περιεχόμενο

BioGRID: Διαφορά μεταξύ των αναθεωρήσεων

Από τη Βικιπαίδεια, την ελεύθερη εγκυκλοπαίδεια
Περιήγηση ιστορικού διαδραστικά
← Προηγούμενη διαφοράΕπόμενη διαφορά →
Περιεχόμενο που διαγράφηκε Περιεχόμενο που προστέθηκε
ΟπτικήΚώδικας wiki
Ira spanou (συζήτηση | συνεισφορές)
8 επεξεργασίες
Χωρίς σύνοψη επεξεργασίας
Stathis93 (συζήτηση | συνεισφορές)
5 επεξεργασίες
μΧωρίς σύνοψη επεξεργασίας
Γραμμή 5: Γραμμή 5:


== Ανάπτυξη της Βάσης Δεδομένων και Στατιστικά Στοιχεία ==
== Ανάπτυξη της Βάσης Δεδομένων και Στατιστικά Στοιχεία ==
Από τον Σεπτέμβριο του 2016 (έκδοση 3.4.140), η BioGRID περιέχει 1.072.173 πρωτεΐνες και [[Γενετικός|γενετικές]] αλληλεπιδράσεις. Αυτές οι αλληλεπιδράσεις αντιστοιχούν σε 621.534 [[Πρωτεΐνη|πρωτεϊνικές]] αλληλεπιδράσεις και 450.534 [[Γενετικός|γενετικές]] αλληλεπιδράσεις. Αυτά τα δεδομένα εξήχθησαν απευθείας από 47.223 δημοσιεύσεις που αξιολογήθηκαν με το χέρι, και επισημάνθηκαν με το χέρι, οι οποίες εντοπίστηκαν από τη βιοϊατρική βιβλιογραφία με αναζητήσεις λέξεων-κλειδιών και προσεγγίσεις εξόρυξης κειμένου (Εικόνα 1). Η τρέχουσα πλατφόρμα σχολιασμού παρέχει αναφορές για > 100 εκατομμύρια μοναδικά ψευδώνυμα, αναγνωριστικά, συστηματικά ονόματα και αναφορές [[:en:Model_Organism_Databases|MOD]] για > 200 οργανισμούς, σε σύγκριση με το προηγούμενο σύστημα σχολιασμού που υποστηρίζει ~ 48 εκατομμύρια αναγνωριστικά για ~ 100 υποστηριζόμενους οργανισμούς. Τα δεδομένα της BioGRID διανέμονται ελεύθερα μέσω βάσεων δεδομένων και μετα-βάσεων δεδομένων οργανισμού εταίρων και είναι άμεσα διαθέσιμα σε διάφορες μορφές. Εκτός από τη γενική εκτίμηση της δημοσιευμένης βιβλιογραφίας για τα κύρια είδη μοντέλων, η BioGRID αναλαμβάνει θεματικά σχέδια περιορισμού σε περιοχές ιδιαίτερης σημασίας για τις [[Βιοϊατρική τεχνολογία|βιοϊατρικές επιστήμες]], όπως το σύστημα [[:en:Proteasome|ουμπικουϊτίνης-πρωτεοσώματος]] , το οποίο έχει τεκμηριώσει 130.184 θέσεις τροποποίησης [[:en:Ubiquitin|ουμπικουϊτίνης]] σε πρωτεΐνες που κωδικοποιούνται από 8681 Ανθρώπινα γονίδια και 20.019 θέσεις σε 2549 πρωτεΐνες ζύμης, όλες οι οποίες θα απελευθερωθούν ως ενοποιημένο σύνολο δεδομένων μέχρι τα τέλη του 2016. Η διερεύνηση της BioGRID συντονίζεται μέσω ενός [https://wiki.thebiogrid.org/doku.php/interaction_management_system Συστήματος Διαχείρισης Αλληλεπίδρασης (IMS)] το οποίο διευκολύνει τα αρχεία αλληλεπίδρασης συλλογής μέσω δομημένων κωδικών στοιχείων, οντολογιών φαινοτύπων και σχολιασμού γονιδίων. Η αρχιτεκτονική της BioGRID έχει βελτιωθεί για να υποστηρίξει ένα ευρύτερο φάσμα τύπων αλληλεπίδρασης και [[:en:Post-translational_modification|μετα-μεταφραστικών τροποποιήσεων]], ώστε να καταστεί δυνατή η αντιπροσώπευση πιο σύνθετων αλληλεπιδράσεων πολλαπλών γονιδίων / πρωτεϊνών, να ληφθούν υπόψη οι κυτταρικοί φαινοτύποι μέσω δομημένων οντολογιών, να επιταχύνουν την επεξεργασία μέσω ημιαυτόματων προσεγγίσεων εξόρυξης κειμένου και να βελτιώσουν τον ποιοτικό έλεγχο της επιμέλειας. Η BioGRID περιέχει δεδομένα για 38.559 πρωτεΐνες [[:en:Post-translational_modification|PTMs]] όπως επιμετράται από 4317 δημοσιεύσεις. Μέσω περιεκτικών προσπαθειών επιμέλειας, η BioGRID περιλαμβάνει τώρα μια σχεδόν ολοκληρωμένη σειρά αλληλεπιδράσεων που έχουν αναφερθεί μέχρι σήμερα στην πρωτογενή βιβλιογραφία για την εκκολαπτόμενη ζύμη ([[:en:Saccharomyces_cerevisiae|Saccharomyces cerevisiae]]), το thale cress ([[:en:Arabidopsis_thaliana|Arabidopsis thaliana]]) και τη μαγιά σχάσης ([[:en:Schizosaccharomyces_pombe|Schizosaccharomyces pombe]]).
Από τον Σεπτέμβριο του 2016 (έκδοση 3.4.140), η BioGRID περιέχει 1.072.173 πρωτεΐνες και [[Γενετικός|γενετικές]] αλληλεπιδράσεις. Αυτές οι αλληλεπιδράσεις αντιστοιχούν σε 621.534 [[Πρωτεΐνη|πρωτεϊνικές]] αλληλεπιδράσεις και 450.534 [[Γενετικός|γενετικές]] αλληλεπιδράσεις. Αυτά τα δεδομένα εξήχθησαν απευθείας από 47.223 δημοσιεύσεις που αξιολογήθηκαν με το χέρι, και επισημάνθηκαν με το χέρι, οι οποίες εντοπίστηκαν από τη βιοϊατρική βιβλιογραφία με αναζητήσεις λέξεων-κλειδιών και προσεγγίσεις εξόρυξης κειμένου<ref>{{Cite journal|url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2189715/|title=Broadening the horizon – level 2.5 of the HUPO-PSI format for molecular interactions|last=Kerrien|first=Samuel|last2=Orchard|first2=Sandra|date=2007-10-09|journal=BMC Biology|doi=10.1186/1741-7007-5-44|volume=5|pages=44|issn=1741-7007|pmc=PMC2189715|pmid=17925023|last3=Montecchi-Palazzi|first3=Luisa|last4=Aranda|first4=Bruno|last5=Quinn|first5=Antony F|last6=Vinod|first6=Nisha|last7=Bader|first7=Gary D|last8=Xenarios|first8=Ioannis|last9=Wojcik|first9=Jérôme}}</ref> . Η τρέχουσα πλατφόρμα σχολιασμού παρέχει αναφορές για > 100 εκατομμύρια μοναδικά ψευδώνυμα, αναγνωριστικά, συστηματικά ονόματα και αναφορές [[:en:Model_Organism_Databases|MOD]] για > 200 οργανισμούς, σε σύγκριση με το προηγούμενο σύστημα σχολιασμού που υποστηρίζει ~ 48 εκατομμύρια αναγνωριστικά για ~ 100 υποστηριζόμενους οργανισμούς. Τα δεδομένα της BioGRID διανέμονται ελεύθερα μέσω βάσεων δεδομένων και μετα-βάσεων δεδομένων οργανισμού εταίρων και είναι άμεσα διαθέσιμα σε διάφορες μορφές. Εκτός από τη γενική εκτίμηση της δημοσιευμένης βιβλιογραφίας για τα κύρια είδη μοντέλων, η BioGRID αναλαμβάνει θεματικά σχέδια περιορισμού σε περιοχές ιδιαίτερης σημασίας για τις [[Βιοϊατρική τεχνολογία|βιοϊατρικές επιστήμες]], όπως το σύστημα [[:en:Proteasome|ουμπικουϊτίνης-πρωτεοσώματος]] , το οποίο έχει τεκμηριώσει 130.184 θέσεις τροποποίησης [[:en:Ubiquitin|ουμπικουϊτίνης]] σε πρωτεΐνες που κωδικοποιούνται από 8681 Ανθρώπινα γονίδια και 20.019 θέσεις σε 2549 πρωτεΐνες ζύμης, όλες οι οποίες θα απελευθερωθούν ως ενοποιημένο σύνολο δεδομένων μέχρι τα τέλη του 2016. Η διερεύνηση της BioGRID συντονίζεται μέσω ενός [https://wiki.thebiogrid.org/doku.php/interaction_management_system Συστήματος Διαχείρισης Αλληλεπίδρασης (IMS)] το οποίο διευκολύνει τα αρχεία αλληλεπίδρασης συλλογής μέσω δομημένων κωδικών στοιχείων, οντολογιών φαινοτύπων και σχολιασμού γονιδίων. Η αρχιτεκτονική της BioGRID έχει βελτιωθεί για να υποστηρίξει ένα ευρύτερο φάσμα τύπων αλληλεπίδρασης και [[:en:Post-translational_modification|μετα-μεταφραστικών τροποποιήσεων]], ώστε να καταστεί δυνατή η αντιπροσώπευση πιο σύνθετων αλληλεπιδράσεων πολλαπλών γονιδίων / πρωτεϊνών, να ληφθούν υπόψη οι κυτταρικοί φαινοτύποι μέσω δομημένων οντολογιών, να επιταχύνουν την επεξεργασία μέσω ημιαυτόματων προσεγγίσεων εξόρυξης κειμένου και να βελτιώσουν τον ποιοτικό έλεγχο της επιμέλειας. Η BioGRID περιέχει δεδομένα για 38.559 πρωτεΐνες [[:en:Post-translational_modification|PTMs]] όπως επιμετράται από 4317 δημοσιεύσεις. Μέσω περιεκτικών προσπαθειών επιμέλειας, η BioGRID περιλαμβάνει τώρα μια σχεδόν ολοκληρωμένη σειρά αλληλεπιδράσεων που έχουν αναφερθεί μέχρι σήμερα στην πρωτογενή βιβλιογραφία για την εκκολαπτόμενη ζύμη ([[:en:Saccharomyces_cerevisiae|Saccharomyces cerevisiae]]), το thale cress ([[:en:Arabidopsis_thaliana|Arabidopsis thaliana]]) και τη μαγιά σχάσης ([[:en:Schizosaccharomyces_pombe|Schizosaccharomyces pombe]]).


Μια νέα πτυχή της BioGRID είναι η κάλυψη χημικών αλληλεπιδράσεων, τυπικά για στόχους φαρμάκου-πρωτεΐνης και / ή αλληλεπιδράσεις γονιδίου-φαρμάκου. Η απελευθέρωση της BioGRID 3.3.123 (Απρίλιος 2015) περιελάμβανε 27.034 αρχεία αλληλεπίδρασης χημικού-στόχου που προέρχονται από το [http://www.drugbase.de/de/ DrugBase], μια βάση δεδομένων με χειρονακτικά επιμελημένες σχέσεις φαρμάκου-στόχου. Προς το παρόν, η BioGRID περιέχει 2519 μοναδικά [[Γονίδιο|γονίδια]] / [[Πρωτεΐνη|πρωτεΐνες]] από 21 οργανισμούς που συνδέονται με 4999 συνολικά μοναδικά χημικά όπως ορίζονται από 8989 δημοσιεύσεις.
Μια νέα πτυχή της BioGRID είναι η κάλυψη χημικών αλληλεπιδράσεων, τυπικά για στόχους φαρμάκου-πρωτεΐνης και / ή αλληλεπιδράσεις γονιδίου-φαρμάκου. Η απελευθέρωση της BioGRID 3.3.123 (Απρίλιος 2015) περιελάμβανε 27.034 αρχεία αλληλεπίδρασης χημικού-στόχου που προέρχονται από το [http://www.drugbase.de/de/ DrugBase], μια βάση δεδομένων με χειρονακτικά επιμελημένες σχέσεις φαρμάκου-στόχου. Προς το παρόν, η BioGRID περιέχει 2519 μοναδικά [[Γονίδιο|γονίδια]] / [[Πρωτεΐνη|πρωτεΐνες]] από 21 οργανισμούς που συνδέονται με 4999 συνολικά μοναδικά χημικά όπως ορίζονται από 8989 δημοσιεύσεις<ref>{{Cite journal|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24203711|title=DrugBank 4.0: shedding new light on drug metabolism|last=Law|first=Vivian|last2=Knox|first2=Craig|date=2014-01-01|journal=Nucleic Acids Research|issue=Database issue|doi=10.1093/nar/gkt1068|volume=42|pages=D1091–1097|issn=1362-4962|pmc=PMC3965102|pmid=24203711|last3=Djoumbou|first3=Yannick|last4=Jewison|first4=Tim|last5=Guo|first5=An Chi|last6=Liu|first6=Yifeng|last7=Maciejewski|first7=Adam|last8=Arndt|first8=David|last9=Wilson|first9=Michael}}</ref>.


Το 2016, το [[Google Analytics]] ανέφερε ότι η BioGRID έλαβε κατά μέσο όρο 124.232 προβολές σελίδων και 14.444 μοναδικούς επισκέπτες ανά μήνα, έναντι 88.080 προβολών σελίδων και 12.399 μοναδικών επισκεπτών το μήνα, κατά το 2014. Τα αρχεία δεδομένων BioGRID λήφθηκαν κατά μέσο όρο 10.135 φορές το μήνα κατά το 2016, έναντι 9256 λήψεων μηνιαίως το 2014. Στα στατιστικά αυτά στοιχεία δεν περιλαμβάνεται η ευρεία διάδοση των εγγραφών BioGRID από διάφορες βάσεις δεδομένων εταίρων, όπως οι βάσεις δεδομένων [http://www.yeastgenome.org/ Saccharomyces Genome], [https://www.pombase.org/ PomBase], [http://www.candidagenome.org/ Candida Genome], [http://www.wormbase.org/ Worm-Base], [http://flybase.org/ FlyBase], [https://www.arabidopsis.org/ TAIR], [https://zfin.org/ ZFIN] και MGD και οι μετα-βάσεις δεδομένων [[:en:National_Center_for_Biotechnology_Information|NCBI]], [[:en:UniProt|UniProt]], [[:en:Pathway_commons|Pathway Commons]], BeagleDB κ.α. Το 2016, η βάση χρηστών BioGRID εντοπίστηκε κυρίως στις ΗΠΑ (29%), ακολουθούμενη από την Κίνα (10%), το Ηνωμένο Βασίλειο (7%), τη Γερμανία (6%), τον Καναδά (5%), την Ιαπωνία (4%) , την Ινδία (4%), τη Γαλλία (4%) και όλες τις άλλες χώρες (31%).
Το 2016, το [[Google Analytics]] ανέφερε ότι η BioGRID έλαβε κατά μέσο όρο 124.232 προβολές σελίδων και 14.444 μοναδικούς επισκέπτες ανά μήνα, έναντι 88.080 προβολών σελίδων και 12.399 μοναδικών επισκεπτών το μήνα, κατά το 2014. Τα αρχεία δεδομένων BioGRID λήφθηκαν κατά μέσο όρο 10.135 φορές το μήνα κατά το 2016, έναντι 9256 λήψεων μηνιαίως το 2014. Στα στατιστικά αυτά στοιχεία δεν περιλαμβάνεται η ευρεία διάδοση των εγγραφών BioGRID από διάφορες βάσεις δεδομένων εταίρων, όπως οι βάσεις δεδομένων [http://www.yeastgenome.org/ Saccharomyces Genome]<ref>{{Cite journal|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26578556|title=The Saccharomyces Genome Database Variant Viewer|last=Sheppard|first=Travis K.|last2=Hitz|first2=Benjamin C.|date=2016-01-04|journal=Nucleic Acids Research|issue=D1|doi=10.1093/nar/gkv1250|volume=44|pages=D698–702|issn=1362-4962|pmc=PMC4702884|pmid=26578556|last3=Engel|first3=Stacia R.|last4=Song|first4=Giltae|last5=Balakrishnan|first5=Rama|last6=Binkley|first6=Gail|last7=Costanzo|first7=Maria C.|last8=Dalusag|first8=Kyla S.|last9=Demeter|first9=Janos}}</ref>, [https://www.pombase.org/ PomBase]<ref>{{Cite journal|url=https://academic.oup.com/nar/article/43/D1/D656/2435753/PomBase-2015-updates-to-the-fission-yeast-database|title=PomBase 2015: updates to the fission yeast database|last=McDowall|first=M. D.|last2=Harris|first2=M. A.|date=2015-01-28|journal=Nucleic Acids Research|issue=D1|doi=10.1093/nar/gku1040|volume=43|pages=D656–D661|language=en|issn=0305-1048|pmc=PMC4383888|pmid=25361970|last3=Lock|first3=A.|last4=Rutherford|first4=K.|last5=Staines|first5=D. M.|last6=Bahler|first6=J.|last7=Kersey|first7=P. J.|last8=Oliver|first8=S. G.|last9=Wood|first9=V.}}</ref>, [http://www.candidagenome.org/ Candida Genome]<ref>{{Cite journal|url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5210628/|title=The Candida Genome Database (CGD): incorporation of Assembly 22, systematic identifiers and visualization of high throughput sequencing data|last=Skrzypek|first=Marek S.|last2=Binkley|first2=Jonathan|date=2017-01-04|journal=Nucleic Acids Research|issue=Database issue|doi=10.1093/nar/gkw924|volume=45|pages=D592–D596|issn=0305-1048|pmc=PMC5210628|pmid=27738138|last3=Binkley|first3=Gail|last4=Miyasato|first4=Stuart R.|last5=Simison|first5=Matt|last6=Sherlock|first6=Gavin}}</ref>, [http://www.wormbase.org/ Worm-Base]<ref>{{Cite journal|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26578572|title=WormBase 2016: expanding to enable helminth genomic research|last=Howe|first=Kevin L.|last2=Bolt|first2=Bruce J.|date=2016-01-04|journal=Nucleic Acids Research|issue=D1|doi=10.1093/nar/gkv1217|volume=44|pages=D774–780|issn=1362-4962|pmc=PMC4702863|pmid=26578572|last3=Cain|first3=Scott|last4=Chan|first4=Juancarlos|last5=Chen|first5=Wen J.|last6=Davis|first6=Paul|last7=Done|first7=James|last8=Down|first8=Thomas|last9=Gao|first9=Sibyl}}</ref>, [http://flybase.org/ FlyBase]<ref>{{Cite journal|url=https://academic.oup.com/nar/article/37/suppl_1/D555/1010629/FlyBase-enhancing-Drosophila-Gene-Ontology|title=FlyBase: enhancing Drosophila Gene Ontology annotations|last=Tweedie|first=Susan|last2=Ashburner|first2=Michael|date=2009-01-01|journal=Nucleic Acids Research|issue=suppl_1|doi=10.1093/nar/gkn788|volume=37|pages=D555–D559|issn=0305-1048|pmc=PMC2686450|pmid=18948289|last3=Falls|first3=Kathleen|last4=Leyland|first4=Paul|last5=McQuilton|first5=Peter|last6=Marygold|first6=Steven|last7=Millburn|first7=Gillian|last8=Osumi-Sutherland|first8=David|last9=Schroeder|first9=Andrew}}</ref>, [https://www.arabidopsis.org/ TAIR]<ref>{{Cite journal|url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4545719/|title=The Arabidopsis Information Resource: Making and Mining the ‘Gold Standard’ Annotated Reference Plant Genome|last=Berardini|first=Tanya Z.|last2=Reiser|first2=Leonore|date=2017-04-26|journal=Genesis (New York, N.Y. : 2000)|issue=8|doi=10.1002/dvg.22877|volume=53|pages=474–485|issn=1526-954X|pmc=PMC4545719|pmid=26201819|last3=Li|first3=Donghui|last4=Mezheritsky|first4=Yarik|last5=Muller|first5=Robert|last6=Strait|first6=Emily|last7=Huala|first7=Eva}}</ref>, [https://zfin.org/ ZFIN]<ref>{{Cite journal|url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4545674/|title=ZFIN, the Zebrafish Model Organism Database: updates and new directions|last=Ruzicka|first=Leyla|last2=Bradford|first2=Yvonne M.|date=2017-04-26|journal=Genesis (New York, N.Y. : 2000)|issue=8|doi=10.1002/dvg.22868|volume=53|pages=498–509|issn=1526-954X|pmc=PMC4545674|pmid=26097180|last3=Frazer|first3=Ken|last4=Howe|first4=Douglas G.|last5=Paddock|first5=Holly|last6=Ramachandran|first6=Sridhar|last7=Singer|first7=Amy|last8=Toro|first8=Sabrina|last9=Van Slyke|first9=Ceri E.}}</ref> και [http://www.informatics.jax.org/ MGD]<ref>{{Cite journal|url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4702860/|title=Mouse genome database 2016|last=Bult|first=Carol J.|last2=Eppig|first2=Janan T.|date=2016-01-04|journal=Nucleic Acids Research|issue=Database issue|doi=10.1093/nar/gkv1211|volume=44|pages=D840–D847|issn=0305-1048|pmc=PMC4702860|pmid=26578600|last3=Blake|first3=Judith A.|last4=Kadin|first4=James A.|last5=Richardson|first5=Joel E.}}</ref> και οι μετα-βάσεις δεδομένων [[:en:National_Center_for_Biotechnology_Information|NCBI]], [[:en:UniProt|UniProt]]<ref>{{Cite journal|url=https://academic.oup.com/nar/article/43/D1/D204/2439939/UniProt-a-hub-for-protein-information|title=UniProt: a hub for protein information|last=Consortium|first=The UniProt|date=2015-01-28|journal=Nucleic Acids Research|issue=D1|doi=10.1093/nar/gku989|volume=43|pages=D204–D212|language=en|issn=0305-1048|pmc=PMC4384041|pmid=25348405}}</ref>, [[:en:Pathway_commons|Pathway Commons]]<ref>{{Cite journal|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21071392|title=Pathway Commons, a web resource for biological pathway data|last=Cerami|first=Ethan G.|last2=Gross|first2=Benjamin E.|date=2011-01-01|journal=Nucleic Acids Research|issue=Database issue|doi=10.1093/nar/gkq1039|volume=39|pages=D685–690|issn=1362-4962|pmc=PMC3013659|pmid=21071392|last3=Demir|first3=Emek|last4=Rodchenkov|first4=Igor|last5=Babur|first5=Ozgün|last6=Anwar|first6=Nadia|last7=Schultz|first7=Nikolaus|last8=Bader|first8=Gary D.|last9=Sander|first9=Chris}}</ref>, BeagleDB<ref>{{Cite journal|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16757309|title=Ras superfamily and interacting proteins database|last=Bernards|first=Andre|date=2006-01-01|journal=Methods in Enzymology|doi=10.1016/S0076-6879(05)07001-1|volume=407|pages=1–9|issn=0076-6879|pmid=16757309}}</ref> κ.α. Το 2016, η βάση χρηστών BioGRID εντοπίστηκε κυρίως στις ΗΠΑ (29%), ακολουθούμενη από την Κίνα (10%), το Ηνωμένο Βασίλειο (7%), τη Γερμανία (6%), τον Καναδά (5%), την Ιαπωνία (4%) , την Ινδία (4%), τη Γαλλία (4%) και όλες τις άλλες χώρες (31%).


== Οργανισμοί που υποστηρίζονται ==
== Οργανισμοί που υποστηρίζονται ==

Έκδοση από την 09:35, 26 Απριλίου 2017

Η BioGRID είναι μια δημόσια βάση δεδομένων με ελεύθερη πρόσβαση, η οποία παρέχει πληροφορίες για γενετικές και πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις για βασικούς οργανισμούς μοντέλα και για τον άνθρωπο.

Η BioGRID (Biological General Repository for Interaction Datasets) είναι μια δημόσια βάση δεδομένων με ελεύθερη πρόσβαση, η οποία παρέχει πληροφορίες για γενετικές και πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις για βασικούς οργανισμούς μοντέλα και για τον άνθρωπο. Δημιουργήθηκε το 2003 από τους Mike Tyers, Bobby-Joe Breitkreutz και Chris Stark στο Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute του Mount Sinai Hospital, με το όνομα GRID[1] και στην πορεία εξελίχθηκε και μετονομάσθηκe σε BioGRID. Οι επισκέπτες της ιστοδελίδας μπορούν να αναζητήσουν ένα σύνολο πληροφοριών για την πρωτεΐνη ή τη δημοσίευση  που τους ενδιαφέρει επιλέγοντας τον οργανισμό που επιθυμούν. Συνεργάζεται με βάσεις δεδομένων οργανισμών μοντελων όπως οι Entrez-Gene, SGD, TAIR, FlyBase κ.α. Αποτελεί μέλος της Κοινοπραξίας Διεθνών Μοριακών Συναλλαγών (ΙΜΕx) και χρηματοδοτείται από τα BBSRC, NIH και CIHR.

Ιστορικά Στοιχεία

Το 2003 τέθηκε επίσημα σε εφαρμογή η βάση δεδομένων ως GRID[1] (General Repository for Interaction Datasets). Αργότερα μετονομάστηκε σε BioGRID[2] παρέχοντας ελεύθερη πρόσβαση σε υψηλής απόδοσης (HTP) σύνολα δεδομένων. Ακολούθως δόθηκε η δυνατότητα αρχικά της αύξηση των δεδομένων που προαναφέρθηκαν και έπειτα της σύγκρισής του με δεδομένα για αλληλεπιδράσεις τα οποία προέρχονται από χαμηλής απόδοσης (LTP) μελέτες οι οποίες εστιάζουν κυρίως στη βιβλιογραφία. Με την ίδρυσή της χαρακτηρίστηκε ως μια εξειδικευμένη βάση δεδομένων, οι πληροφορίες της οποίας περιορίζονταν αποκλειστικά στη ζύμη. Στην πορεία όμως αναπτύχθηκε και πλέον καλύπτει αλληλεπιδράσεις που αφορούν 66 είδη οργανισμών ανάμεσα στα οποία συγκαταλέγονται κύριοι οργανισμοί μοντέλα αλλά και το ανθρώπινο είδος. Αρχικά διαχωρίστηκε σε μικρότερες βάσεις δεδομένων, κάθε μία από τις οποίες αφορούσε έναν οργανισμό. Πλέον, η πιο πρόσφατη έκδοση, παρέχει ένα ενιαίο σύνολο πληροφοριών που επιτρέπει την αναζήτηση σε διάφορους οργανισμούς ταυτόχρονα. Παράλληλα με τον αριθμό των οργανισμών, ο αριθμός των σχολιασμένων αλληλεπιδράσεων της BioGRID αυξήθηκε από 30000 πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις σε πάνω από 1000000 πρωτεϊνικών, γενετικών και χημικών αλληλεπιδράσεων στην τρέχουσα έκδοση. Η BioGRID αναπτύχθηκε αρχικά στο Ινστιτούτο Ερευνών Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute του Mount Sinai Hospital, επεκτάθηκε όμως και πλέον περιλαμβάνει ομάδες  στο Institut de Recherche en Immunologie et en Cancérologie του πανεπιστημίου του Μόντρεαλ, στο Lewis-Sigler Institute for Integrative Genomics του πανεπιστημίου του Πρίνστον και στο Wellcome Trust Center for Cell Biology του πανεπιστημίου του Εδιμβούργου. Αρχικά, τα δεδομένα της BioGRID εστίαζαν στις αλληλεπιδράσεις μεταξύ πρωτεϊνών και γενετικές, όμως μετά από διαδοχικά στάδια επέκτασης και εξέλιξης[3][4][5][6][7] υπάρχουν δεδομένα μετα-μεταφραστικών τροποποιήσεων (PTM)[8][9], όπως θέσεις φωσφορυλίωσης και ουβικουιτινίωσης[7], που προέρχονται τόσο από HTP όσο και από LTP μελέτες. Πρόσφατα η BioGRID επεκτάθηκε ακόμα περισσότερο συμπεριλαμβάνοντας νέα δεδομένα για γενετικές ή/και πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις που αφορούν φάρμακα, μεταβολίτες και άλλα μικρά βιοδραστικά μόρια. Τέλος συνεχίζει να επεκτείνεται και να εξελίσεται σε μηνιαία βάση, αναπτύσσοντας νέα εργαλεία[8][9][10][11] για τη διεξαγωγή στοχοθετημένων επιστημονικών αναλύσεων[12].

Ανάπτυξη της Βάσης Δεδομένων και Στατιστικά Στοιχεία

Από τον Σεπτέμβριο του 2016 (έκδοση 3.4.140), η BioGRID περιέχει 1.072.173 πρωτεΐνες και γενετικές αλληλεπιδράσεις. Αυτές οι αλληλεπιδράσεις αντιστοιχούν σε 621.534 πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις και 450.534 γενετικές αλληλεπιδράσεις. Αυτά τα δεδομένα εξήχθησαν απευθείας από 47.223 δημοσιεύσεις που αξιολογήθηκαν με το χέρι, και επισημάνθηκαν με το χέρι, οι οποίες εντοπίστηκαν από τη βιοϊατρική βιβλιογραφία με αναζητήσεις λέξεων-κλειδιών και προσεγγίσεις εξόρυξης κειμένου[13] . Η τρέχουσα πλατφόρμα σχολιασμού παρέχει αναφορές για > 100 εκατομμύρια μοναδικά ψευδώνυμα, αναγνωριστικά, συστηματικά ονόματα και αναφορές MOD για > 200 οργανισμούς, σε σύγκριση με το προηγούμενο σύστημα σχολιασμού που υποστηρίζει ~ 48 εκατομμύρια αναγνωριστικά για ~ 100 υποστηριζόμενους οργανισμούς. Τα δεδομένα της BioGRID διανέμονται ελεύθερα μέσω βάσεων δεδομένων και μετα-βάσεων δεδομένων οργανισμού εταίρων και είναι άμεσα διαθέσιμα σε διάφορες μορφές. Εκτός από τη γενική εκτίμηση της δημοσιευμένης βιβλιογραφίας για τα κύρια είδη μοντέλων, η BioGRID αναλαμβάνει θεματικά σχέδια περιορισμού σε περιοχές ιδιαίτερης σημασίας για τις βιοϊατρικές επιστήμες, όπως το σύστημα ουμπικουϊτίνης-πρωτεοσώματος , το οποίο έχει τεκμηριώσει 130.184 θέσεις τροποποίησης ουμπικουϊτίνης σε πρωτεΐνες που κωδικοποιούνται από 8681 Ανθρώπινα γονίδια και 20.019 θέσεις σε 2549 πρωτεΐνες ζύμης, όλες οι οποίες θα απελευθερωθούν ως ενοποιημένο σύνολο δεδομένων μέχρι τα τέλη του 2016. Η διερεύνηση της BioGRID συντονίζεται μέσω ενός Συστήματος Διαχείρισης Αλληλεπίδρασης (IMS) το οποίο διευκολύνει τα αρχεία αλληλεπίδρασης συλλογής μέσω δομημένων κωδικών στοιχείων, οντολογιών φαινοτύπων και σχολιασμού γονιδίων. Η αρχιτεκτονική της BioGRID έχει βελτιωθεί για να υποστηρίξει ένα ευρύτερο φάσμα τύπων αλληλεπίδρασης και μετα-μεταφραστικών τροποποιήσεων, ώστε να καταστεί δυνατή η αντιπροσώπευση πιο σύνθετων αλληλεπιδράσεων πολλαπλών γονιδίων / πρωτεϊνών, να ληφθούν υπόψη οι κυτταρικοί φαινοτύποι μέσω δομημένων οντολογιών, να επιταχύνουν την επεξεργασία μέσω ημιαυτόματων προσεγγίσεων εξόρυξης κειμένου και να βελτιώσουν τον ποιοτικό έλεγχο της επιμέλειας. Η BioGRID περιέχει δεδομένα για 38.559 πρωτεΐνες PTMs όπως επιμετράται από 4317 δημοσιεύσεις. Μέσω περιεκτικών προσπαθειών επιμέλειας, η BioGRID περιλαμβάνει τώρα μια σχεδόν ολοκληρωμένη σειρά αλληλεπιδράσεων που έχουν αναφερθεί μέχρι σήμερα στην πρωτογενή βιβλιογραφία για την εκκολαπτόμενη ζύμη (Saccharomyces cerevisiae), το thale cress (Arabidopsis thaliana) και τη μαγιά σχάσης (Schizosaccharomyces pombe).

Μια νέα πτυχή της BioGRID είναι η κάλυψη χημικών αλληλεπιδράσεων, τυπικά για στόχους φαρμάκου-πρωτεΐνης και / ή αλληλεπιδράσεις γονιδίου-φαρμάκου. Η απελευθέρωση της BioGRID 3.3.123 (Απρίλιος 2015) περιελάμβανε 27.034 αρχεία αλληλεπίδρασης χημικού-στόχου που προέρχονται από το DrugBase, μια βάση δεδομένων με χειρονακτικά επιμελημένες σχέσεις φαρμάκου-στόχου. Προς το παρόν, η BioGRID περιέχει 2519 μοναδικά γονίδια / πρωτεΐνες από 21 οργανισμούς που συνδέονται με 4999 συνολικά μοναδικά χημικά όπως ορίζονται από 8989 δημοσιεύσεις[14].

Το 2016, το Google Analytics ανέφερε ότι η BioGRID έλαβε κατά μέσο όρο 124.232 προβολές σελίδων και 14.444 μοναδικούς επισκέπτες ανά μήνα, έναντι 88.080 προβολών σελίδων και 12.399 μοναδικών επισκεπτών το μήνα, κατά το 2014. Τα αρχεία δεδομένων BioGRID λήφθηκαν κατά μέσο όρο 10.135 φορές το μήνα κατά το 2016, έναντι 9256 λήψεων μηνιαίως το 2014. Στα στατιστικά αυτά στοιχεία δεν περιλαμβάνεται η ευρεία διάδοση των εγγραφών BioGRID από διάφορες βάσεις δεδομένων εταίρων, όπως οι βάσεις δεδομένων Saccharomyces Genome[15], PomBase[16], Candida Genome[17], Worm-Base[18], FlyBase[19], TAIR[20], ZFIN[21] και MGD[22] και οι μετα-βάσεις δεδομένων NCBI, UniProt[23], Pathway Commons[24], BeagleDB[25] κ.α. Το 2016, η βάση χρηστών BioGRID εντοπίστηκε κυρίως στις ΗΠΑ (29%), ακολουθούμενη από την Κίνα (10%), το Ηνωμένο Βασίλειο (7%), τη Γερμανία (6%), τον Καναδά (5%), την Ιαπωνία (4%) , την Ινδία (4%), τη Γαλλία (4%) και όλες τις άλλες χώρες (31%).

Οργανισμοί που υποστηρίζονται

Η BioGRID είναι μια βάση δεδομένων που εμπεριέχει στοιχεία από ολοένα και αυξανόμενο πλήθος οργανισμών. Στην παρακάτω λίστα παρουσιάζονται αναλυτικά οι οργανισμοί αυτοί:

  • Acyrthosiphon pisum (Αφίδα του μπιζελιού)
  • Αedes aegypti (Κουνούπι τίγρης)
  • Ailuropoda melanoleuca (Γιγαντιαίο πάντα)
  • Anas platyrhynchos (Πρασινοκέφαλη πάπια)
  • Anolis carolinesis (Πράσινη ανολίδα της Καρολίνας)
  • Anopheles gambiae
  • Apis mellifera (Μέλισσα)
  • Arabidopsis lyrata
  • Arabidopsis thaliana (Columbia) (Αραβίδοψη)
  • Astyanax mexicanus
  • Bacillus subtilis (168) (Βάκιλος ο λεπτοφυής)
  • Brassica campestris
  • Bos taurus (Βους ο ταύρος)
  • Brachypodium distachyon
  • Branchiostoma floridae 
  • Bubalus bubalis (Νεροβούβαλος)
  • Caenorhabditis briggsae
  • Caenorhabditis elegans (Καινοραβδίτης ο κομψός) 
  • Caenorhabditis remanei
  • Callithrix jacchus (Ίακχος)
  • Camelina sativa (Ψευδολινάρι)
  • Campylobacter  jejuni (Καμπυλοβακτήριο της νήστιδας)
  • Candida albicans (Ωίδιο το λευκάζον)
  • Canis familiaris (Σκύλος)
  • Cavia porcellus (Ινδικό χοιρίδιο)
  • Ceratotherium simum (Λευκός ρινόκερος)
  • Chinchilla lanigera (Εριόμυς ο μαλλωτός)
  • Chlamydomonas reinhardtii (Χλαμυδομονάς του Ράινχαρτ)
  • Chlorocebus sabaeus 
  • Chrysochloris asiatica
  • Ciona intestinalis
  • Cricetulus griseus (Κινεζικό χάμστερ)
  • Cucumis sativus (Αγγούρι)
  • Culex quinquefasciatus
  • Danio rerio (Ψάρι ζέβρα)
  • Dasypus novemcinctus (Αρμαντίλλο με εννιά ζώνες)                 
  • Dictyostelium discoideum 
  • Dictyostelium discoideum
  • Drosophila melanoaster (Φρουτόμυγα)
  • Drosophila persimilis
  • Drosophila yakuba
  • Echinops telfairi
  • Elephantulus edwardii
  • Emericella nidulans 
  • Equus caballus (Άλογο)
  • Equus przewalskii (Άλογο Πρζεβάλσκι)
  • Erinaceus europaeus
  • Escherichia coli (E. coli)
  • Eucalyptus grandis (Ευκάλυπτος)
  • Felis catus (Γάτα)
  • Ficedula albicollis (Κρικομυγοχάφτης)
  • Fukomys damarensis
  • Galeopterus variegatus (Ιπτάμενος λεμούριος της Σούντα)
  • Gallus gallus (Κόκκινη όρνιθα)
  • Glycine max (Σόγια)
  • Gorilla gorilla (Δυτικός γορίλας)
  • Hepatitus C Virus (Ιός της ηπατίτιδας C)
  • Heterocephalus glaber (Γυμνός τυφλοπόντικας)
  • Homo sapiens (Άνθρωπος)
  • Human Immunodeficiency Virus 1 (HIV-1)
  • Human Immunodeficiency Virus 2 (HIV-2)
  • Human Papillomavirus (HPV) (Ιός των ανθρωπίνων θηλωμάτων)
  • Ictidomys tridecemlineatus (Σκίουρος εδάφους με δεκατρείς ρίγες)
  • Ixodes scapularis (Τσιμπούρι ελαφιών)
  • Latimeria chalumnae (Αφρικανικός κοιλάκανθος)
  • Leishmania major (Λεϊσμάνια)
  • Lepisosteus oculatus
  • Loa loa
  • Loxodonta africana (Αφρικανικός ελέφαντας)
  • Macaca fascicularis (Μακάκος ο ταινιώδης)
  • Macaca mulatta (Μακάκος ο μουλάττος)
  • Malus domestica (Μηλέα η χαμηλή)
  • Marseillevirus marseillevirus
  • Medicago truncatula (Βαρελωτό τριφύλλι)
  • Meleagris gallopavo (Οικόσιτη γαλοπούλα)
  • Monodelphis domestica
  • Murid herpesvirus 1
  • Mus musculus (Σπιτικός ποντικός)
  • Musa acuminate
  • Mustela putorius furo (Φέρετ)
  • Mycobacterium tuberculosis (Μυκοβακτήριο της φυματίωσης)
  • Mycobacterium ulcerans
  • Mycoplasma pneumonia (Μυκόπλασμα)
  • Myotis lucifugus (Νυχτερίδα)
  • Myxococcus Xanthus
  • Nematostella vectensis
  • Neurospora crassa 
  • Nicotiana sylvestris
  • Nicotiana tabacum (Καπνός)
  • Nicotiana tomentosiformis
  • Nomascus leucogenys (Νομάσκος ο λευκόγενυς)
  • Ochotona princeps (Πίκα)
  • Octodon degus (Ντέγκου)
  • Oreochromis niloticus (Τιλάπια του Νείλου)
  • Ornithorhynchus anatinus (Πλατύποδας)
  • Oryctolagus cuniculus (Ευρωπαϊκός λαγός)
  • Oryza sativa Japonica (Ρύζι Ιαπωνίας)
  • Oryzias latipes (Ρυζόψαρο)
  • Otolemur garnettii
  • Ovis aries (Πρόβατο)
  • Pan paniscus (Μπονόμπο)
  • Pan troglodytes (Χιμπαντζής ο κοινός)
  • Pantholops hodgsonii
  • Papio Anubis (Ελαιόχρωμος μπαμπουίνος)
  • Pediculus humanus (Ψείρα)
  • Pelodiscus sinensis (Κινεζική μαλακοχέλυα νεροχελώνα)
  • Phaseolus vulgaris (Φασολιά)
  • Physcomitrella patens
  • Phytophthora infestans
  • Plasmodium falciparum (Πλασμώδιο το μηνοειδές)
  • Pneumocystis carinii
  • Poecilia formosa (Ποετσίλια)
  • Pongo abelii (Ουρακοτάγκος της Σουμάτρα)
  • Populus trichocarpa
  • Prunus persica (Ροδακινιά)
  • Rattus norvegicus (Κοινός καστανός αρουραίος)
  • Rhinopithecus roxellana (Χρυσός πίθηκος)
  • Ricinus communis (Ρίκινος)
  • Saccharomyces cerevisiae (ζύμη)
  • Saimiri boliviensis
  • Sarcophilus harrisii (Διάβολος της Τασμανίας)
  • Schistosoma mansoni (Μανσόνειο σχιστόσωμα)
  • Schizosaccharomyces pombe (Ζυθοσχιζοσακχαρομύκητας)
  • Selaginella moellendorffii
  • Setaria italic (Σεταρία η ιταλική)
  • Simian Immunodeficiency Virus (Ιός ανοσοανεπάρκειας του πιθήκου)
  • Simian Virus 40 (Ιός του πιθήκου 40)
  • Solanum lycopersicum (Τομάτα)
  • Solanum tuberosum (Πατάτα)
  • Sorex araneus (Κοινή μυγαλή)
  • Sorghum bicolor (Γλυκό σόργο)
  • Streptococcus pneumonia (Πνευμονικός στρεπτόκοκκος)
  • Strongylocentrotus purpuratus (Μωβ αχινός της Καλιφόρνια)
  • Sus scrofa (Αγριόχοιρος)
  • Synechococcus elongatus
  • Taeniopygia guttata (Πιτσιλωτός σπίνος)
  • Takifugu rubripes
  • Tarsius syrichta (Φιλιππινεζικός τάρσιος)
  • Theobroma cacao (Κακαόδεντρο)
  • Tobacco Mosaic Virus (Ιός του μωσαϊκού του καπνού)
  • Trichoplax adhaerens
  • Tupaia chinensis
  • Tursiops truncates
  • Ursus maritimus (Πολική αρκούδα)
  • Ustilago maydis (Άνθρακας αραβοσίτου)
  • Vaccinia Virus (Ιός της δαμαλίτιδας)
  • Vicugna pacos (Αλπακά)
  • Vitis vinifera (Αμπέλι)
  • Xenopus laevis (Αφρικανικός ονυχοφόρος βάτραχος)
  • Xiphophorus maculatus (Πλάτυ)
  • Zea mays (Καλαμπόκι)

Χρηματοδότηση

Η BioGRID χρηματοδοτείται μέσω χορηγιών από τα παρακάτω ινστιτούτα και ιδρύματα: National Institutes of Health, Canadian Institutes of Health Research, Genome Québec και Genome Canada

Βιβλιογραφία

  1. ↑ 1,0 1,1 Breitkreutz, Bobby-Joe; Stark, Chris; Tyers, Mike (2003-01-01). «The GRID: The General Repository for Interaction Datasets». Genome Biology 4 (3): R23. ISSN 1465-6906. PMID 12620108. PMC PMC153463. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC153463/. 
  2. ↑ Stark, Chris; Breitkreutz, Bobby-Joe; Reguly, Teresa; Boucher, Lorrie; Breitkreutz, Ashton; Tyers, Mike (2006-01-01). «BioGRID: a general repository for interaction datasets». Nucleic Acids Research 34 (Database issue): D535–D539. doi:10.1093/nar/gkj109. ISSN 0305-1048. PMID 16381927. PMC PMC1347471. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1347471/. 
  3. ↑ Chatr-aryamontri, Andrew; Breitkreutz, Bobby-Joe; Oughtred, Rose; Boucher, Lorrie; Heinicke, Sven; Chen, Daici; Stark, Chris; Breitkreutz, Ashton και άλλοι. (2015-01-28). «The BioGRID interaction database: 2015 update». Nucleic Acids Research 43 (Database issue): D470–D478. doi:10.1093/nar/gku1204. ISSN 0305-1048. PMID 25428363. PMC PMC4383984. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4383984/. 
  4. ↑ Chatr-aryamontri, Andrew; Breitkreutz, Bobby-Joe; Heinicke, Sven; Boucher, Lorrie; Winter, Andrew; Stark, Chris; Nixon, Julie; Ramage, Lindsay και άλλοι. (2017-04-23). «The BioGRID interaction database: 2013 update». Nucleic Acids Research 41 (Database issue): D816–D823. doi:10.1093/nar/gks1158. ISSN 0305-1048. PMID 23203989. PMC PMC3531226. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3531226/. 
  5. ↑ Stark, Chris; Breitkreutz, Bobby-Joe; Chatr-aryamontri, Andrew; Boucher, Lorrie; Oughtred, Rose; Livstone, Michael S.; Nixon, Julie; Van Auken, Kimberly και άλλοι. (2017-04-23). «The BioGRID Interaction Database: 2011 update». Nucleic Acids Research 39 (Database issue): D698–D704. doi:10.1093/nar/gkq1116. ISSN 0305-1048. PMID 21071413. PMC PMC3013707. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3013707/. 
  6. ↑ Breitkreutz, Bobby-Joe; Stark, Chris; Reguly, Teresa; Boucher, Lorrie; Breitkreutz, Ashton; Livstone, Michael; Oughtred, Rose; Lackner, Daniel H. και άλλοι. (2017-04-23). «The BioGRID Interaction Database: 2008 update». Nucleic Acids Research 36 (Database issue): D637–D640. doi:10.1093/nar/gkm1001. ISSN 0305-1048. PMID 18000002. PMC PMC2238873. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2238873/. 
  7. ↑ 7,0 7,1 Chatr-aryamontri, Andrew; Oughtred, Rose; Boucher, Lorrie; Rust, Jennifer; Chang, Christie; Kolas, Nadine K.; O'Donnell, Lara; Oster, Sara και άλλοι. (2017-01-04). «The BioGRID interaction database: 2017 update». Nucleic Acids Research 45 (Database issue): D369–D379. doi:10.1093/nar/gkw1102. ISSN 0305-1048. PMID 27980099. PMC PMC5210573. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5210573/. 
  8. ↑ 8,0 8,1 Stark, Chris; Su, Ting-Cheng; Breitkreutz, Ashton; Lourenco, Pedro; Dahabieh, Matthew; Breitkreutz, Bobby-Joe; Tyers, Mike; Sadowski, Ivan (2010-01-01). «PhosphoGRID: a database of experimentally verified in vivo protein phosphorylation sites from the budding yeast Saccharomyces cerevisiae». Database: The Journal of Biological Databases and Curation 2010. doi:10.1093/database/bap026. ISSN 1758-0463. PMID 20428315. PMC PMC2860897. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2860897/. 
  9. ↑ 9,0 9,1 Sadowski, Ivan; Breitkreutz, Bobby-Joe; Stark, Chris; Su, Ting-Cheng; Dahabieh, Matthew; Raithatha, Sheetal; Bernhard, Wendy; Oughtred, Rose και άλλοι. (2013-05-11). «The PhosphoGRID Saccharomyces cerevisiae protein phosphorylation site database: version 2.0 update». Database: The Journal of Biological Databases and Curation 2013. doi:10.1093/database/bat026. ISSN 1758-0463. PMID 23674503. PMC PMC3653121. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3653121/. 
  10. ↑ Winter, Andrew G.; Wildenhain, Jan; Tyers, Mike (2011-04-01). «BioGRID REST Service, BiogridPlugin2 and BioGRID WebGraph: new tools for access to interaction data at BioGRID». Bioinformatics 27 (7): 1043–1044. doi:10.1093/bioinformatics/btr062. ISSN 1367-4803. PMID 21300700. PMC PMC3065694. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3065694/. 
  11. ↑ Breitkreutz, Bobby-Joe; Stark, Chris; Tyers, Mike (2003-01-01). «Osprey: a network visualization system». Genome Biology 4 (3): R22. ISSN 1465-6906. PMID 12620107. PMC PMC153462. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC153462/. 
  12. ↑ Breitkreutz, Ashton; Choi, Hyungwon; Sharom, Jeffrey R.; Boucher, Lorrie; Neduva, Victor; Larsen, Brett; Lin, Zhen-Yuan; Breitkreutz, Bobby-Joe και άλλοι. (2010-05-21). «A Global Protein Kinase and Phosphatase Interaction Network in Yeast». Science (New York, N.Y.) 328 (5981): 1043–1046. doi:10.1126/science.1176495. ISSN 0036-8075. PMID 20489023. PMC PMC3983991. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3983991/. 
  13. ↑ Kerrien, Samuel; Orchard, Sandra; Montecchi-Palazzi, Luisa; Aranda, Bruno; Quinn, Antony F; Vinod, Nisha; Bader, Gary D; Xenarios, Ioannis και άλλοι. (2007-10-09). «Broadening the horizon – level 2.5 of the HUPO-PSI format for molecular interactions». BMC Biology 5: 44. doi:10.1186/1741-7007-5-44. ISSN 1741-7007. PMID 17925023. PMC PMC2189715. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2189715/. 
  14. ↑ Law, Vivian; Knox, Craig; Djoumbou, Yannick; Jewison, Tim; Guo, An Chi; Liu, Yifeng; Maciejewski, Adam; Arndt, David και άλλοι. (2014-01-01). «DrugBank 4.0: shedding new light on drug metabolism». Nucleic Acids Research 42 (Database issue): D1091–1097. doi:10.1093/nar/gkt1068. ISSN 1362-4962. PMID 24203711. PMC PMC3965102. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24203711. 
  15. ↑ Sheppard, Travis K.; Hitz, Benjamin C.; Engel, Stacia R.; Song, Giltae; Balakrishnan, Rama; Binkley, Gail; Costanzo, Maria C.; Dalusag, Kyla S. και άλλοι. (2016-01-04). «The Saccharomyces Genome Database Variant Viewer». Nucleic Acids Research 44 (D1): D698–702. doi:10.1093/nar/gkv1250. ISSN 1362-4962. PMID 26578556. PMC PMC4702884. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26578556. 
  16. ↑ McDowall, M. D.; Harris, M. A.; Lock, A.; Rutherford, K.; Staines, D. M.; Bahler, J.; Kersey, P. J.; Oliver, S. G. και άλλοι. (2015-01-28). «PomBase 2015: updates to the fission yeast database» (στα αγγλικά). Nucleic Acids Research 43 (D1): D656–D661. doi:10.1093/nar/gku1040. ISSN 0305-1048. PMID 25361970. PMC PMC4383888. https://academic.oup.com/nar/article/43/D1/D656/2435753/PomBase-2015-updates-to-the-fission-yeast-database. 
  17. ↑ Skrzypek, Marek S.; Binkley, Jonathan; Binkley, Gail; Miyasato, Stuart R.; Simison, Matt; Sherlock, Gavin (2017-01-04). «The Candida Genome Database (CGD): incorporation of Assembly 22, systematic identifiers and visualization of high throughput sequencing data». Nucleic Acids Research 45 (Database issue): D592–D596. doi:10.1093/nar/gkw924. ISSN 0305-1048. PMID 27738138. PMC PMC5210628. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5210628/. 
  18. ↑ Howe, Kevin L.; Bolt, Bruce J.; Cain, Scott; Chan, Juancarlos; Chen, Wen J.; Davis, Paul; Done, James; Down, Thomas και άλλοι. (2016-01-04). «WormBase 2016: expanding to enable helminth genomic research». Nucleic Acids Research 44 (D1): D774–780. doi:10.1093/nar/gkv1217. ISSN 1362-4962. PMID 26578572. PMC PMC4702863. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26578572. 
  19. ↑ Tweedie, Susan; Ashburner, Michael; Falls, Kathleen; Leyland, Paul; McQuilton, Peter; Marygold, Steven; Millburn, Gillian; Osumi-Sutherland, David και άλλοι. (2009-01-01). «FlyBase: enhancing Drosophila Gene Ontology annotations». Nucleic Acids Research 37 (suppl_1): D555–D559. doi:10.1093/nar/gkn788. ISSN 0305-1048. PMID 18948289. PMC PMC2686450. https://academic.oup.com/nar/article/37/suppl_1/D555/1010629/FlyBase-enhancing-Drosophila-Gene-Ontology. 
  20. ↑ Berardini, Tanya Z.; Reiser, Leonore; Li, Donghui; Mezheritsky, Yarik; Muller, Robert; Strait, Emily; Huala, Eva (2017-04-26). «The Arabidopsis Information Resource: Making and Mining the ‘Gold Standard’ Annotated Reference Plant Genome». Genesis (New York, N.Y. : 2000) 53 (8): 474–485. doi:10.1002/dvg.22877. ISSN 1526-954X. PMID 26201819. PMC PMC4545719. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4545719/. 
  21. ↑ Ruzicka, Leyla; Bradford, Yvonne M.; Frazer, Ken; Howe, Douglas G.; Paddock, Holly; Ramachandran, Sridhar; Singer, Amy; Toro, Sabrina και άλλοι. (2017-04-26). «ZFIN, the Zebrafish Model Organism Database: updates and new directions». Genesis (New York, N.Y. : 2000) 53 (8): 498–509. doi:10.1002/dvg.22868. ISSN 1526-954X. PMID 26097180. PMC PMC4545674. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4545674/. 
  22. ↑ Bult, Carol J.; Eppig, Janan T.; Blake, Judith A.; Kadin, James A.; Richardson, Joel E. (2016-01-04). «Mouse genome database 2016». Nucleic Acids Research 44 (Database issue): D840–D847. doi:10.1093/nar/gkv1211. ISSN 0305-1048. PMID 26578600. PMC PMC4702860. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4702860/. 
  23. ↑ Consortium, The UniProt (2015-01-28). «UniProt: a hub for protein information» (στα αγγλικά). Nucleic Acids Research 43 (D1): D204–D212. doi:10.1093/nar/gku989. ISSN 0305-1048. PMID 25348405. PMC PMC4384041. https://academic.oup.com/nar/article/43/D1/D204/2439939/UniProt-a-hub-for-protein-information. 
  24. ↑ Cerami, Ethan G.; Gross, Benjamin E.; Demir, Emek; Rodchenkov, Igor; Babur, Ozgün; Anwar, Nadia; Schultz, Nikolaus; Bader, Gary D. και άλλοι. (2011-01-01). «Pathway Commons, a web resource for biological pathway data». Nucleic Acids Research 39 (Database issue): D685–690. doi:10.1093/nar/gkq1039. ISSN 1362-4962. PMID 21071392. PMC PMC3013659. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21071392. 
  25. ↑ Bernards, Andre (2006-01-01). «Ras superfamily and interacting proteins database». Methods in Enzymology 407: 1–9. doi:10.1016/S0076-6879(05)07001-1. ISSN 0076-6879. PMID 16757309. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16757309. 
Ανακτήθηκε από "https://el.wikipedia.org/w/index.php?title=BioGRID&oldid=6372835"