Μετάβαση στο περιεχόμενο

BioGRID: Διαφορά μεταξύ των αναθεωρήσεων

Από τη Βικιπαίδεια, την ελεύθερη εγκυκλοπαίδεια
Περιήγηση ιστορικού διαδραστικά
← Προηγούμενη διαφοράΕπόμενη διαφορά →
Περιεχόμενο που διαγράφηκε Περιεχόμενο που προστέθηκε
ΟπτικήΚώδικας wiki
Vasi.elena (συζήτηση | συνεισφορές)
5 επεξεργασίες
Ira spanou (συζήτηση | συνεισφορές)
8 επεξεργασίες
Χωρίς σύνοψη επεξεργασίας
Γραμμή 1: Γραμμή 1:
{{πηγές|21|04|2017}}
{{πηγές|21|04|2017}}
Η '''BioGRID''' ('''Biological General Repository for Interaction Datasets''') είναι μια δημόσια [[βάση δεδομένων]] με ελεύθερη πρόσβαση, η οποία παρέχει πληροφορίες για [[Γενετικός|γενετικές]] και [[Πρωτεΐνη|πρωτεϊνικές]] αλληλεπιδράσεις για βασικούς οργανισμούς μοντέλα και για τον άνθρωπο. Δημιουργήθηκε το 2003 από τους Mike Tyers, Bobby-Joe Breitkreutz και Chris Stark στο [http://www.lunenfeld.ca/ Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute] του [http://www.mountsinai.org/locations/mount-sinai Mount Sinai Hospital], με το όνομα GRID και στην πορεία εξελίχθηκε και μετονομάσθηκe σε '''BioGRID'''. Οι επισκέπτες της ιστοδελίδας μπορούν να αναζητήσουν ένα σύνολο πληροφοριών για την [[πρωτεΐνη]] ή τη δημοσίευση  που τους ενδιαφέρει επιλέγοντας τον οργανισμό που επιθυμούν. Συνεργάζεται με βάσεις δεδομένων οργανισμών μοντελων όπως οι [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene Entrez-Gene], [http://www.yeastgenome.org/ SGD], [https://www.arabidopsis.org/ TAIR], [http://flybase.org/ FlyBase] κ.α. Αποτελεί μέλος της [http://www.imexconsortium.org/ Κοινοπραξίας Διεθνών Μοριακών Συναλλαγών (ΙΜΕx)] και χρηματοδοτείται από τα [http://www.bbsrc.ac.uk/ BBSRC], [https://www.nih.gov/ NIH] και [http://www.cihr-irsc.gc.ca/e/193.html CIHR].
Η '''BioGRID''' ('''Biological General Repository for Interaction Datasets''') είναι μια δημόσια [[βάση δεδομένων]] με ελεύθερη πρόσβαση, η οποία παρέχει πληροφορίες για [[Γενετικός|γενετικές]] και [[Πρωτεΐνη|πρωτεϊνικές]] αλληλεπιδράσεις για βασικούς οργανισμούς μοντέλα και για τον άνθρωπο. Δημιουργήθηκε το 2003 από τους Mike Tyers, Bobby-Joe Breitkreutz και Chris Stark στο [http://www.lunenfeld.ca/ Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute] του [http://www.mountsinai.org/locations/mount-sinai Mount Sinai Hospital], με το όνομα GRID<ref name=":0">{{Cite journal|url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC153463/|title=The GRID: The General Repository for Interaction Datasets|last=Breitkreutz|first=Bobby-Joe|last2=Stark|first2=Chris|date=2003-01-01|journal=Genome Biology|issue=3|volume=4|pages=R23|issn=1465-6906|pmc=PMC153463|pmid=12620108|last3=Tyers|first3=Mike}}</ref> και στην πορεία εξελίχθηκε και μετονομάσθηκe σε '''BioGRID'''. Οι επισκέπτες της ιστοδελίδας μπορούν να αναζητήσουν ένα σύνολο πληροφοριών για την [[πρωτεΐνη]] ή τη δημοσίευση  που τους ενδιαφέρει επιλέγοντας τον οργανισμό που επιθυμούν. Συνεργάζεται με βάσεις δεδομένων οργανισμών μοντελων όπως οι [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene Entrez-Gene], [http://www.yeastgenome.org/ SGD], [https://www.arabidopsis.org/ TAIR], [http://flybase.org/ FlyBase] κ.α. Αποτελεί μέλος της [http://www.imexconsortium.org/ Κοινοπραξίας Διεθνών Μοριακών Συναλλαγών (ΙΜΕx)] και χρηματοδοτείται από τα [http://www.bbsrc.ac.uk/ BBSRC], [https://www.nih.gov/ NIH] και [http://www.cihr-irsc.gc.ca/e/193.html CIHR].
# Ιστορικά Στοιχεία
# Ιστορικά Στοιχεία
# Ανάπτυξη της Βάσης Δεδομένων και Στατιστικά Στοιχεία
# Ανάπτυξη της Βάσης Δεδομένων και Στατιστικά Στοιχεία


== Ιστορικά Στοιχεία ==
== Ιστορικά Στοιχεία ==
Το 2003 τέθηκε επίσημα σε εφαρμογή η βάση δεδομένων ως GRID (General Repository for Interaction Datasets). Αργότερα μετονομάστηκε σε BioGRID παρέχοντας ελεύθερη πρόσβαση σε υψηλής απόδοσης (HTP) σύνολα δεδομένων. Ακολούθως δόθηκε η δυνατότητα αρχικά της αύξηση των δεδομένων που προαναφέρθηκαν και έπειτα της σύγκρισής του με δεδομένα για αλληλεπιδράσεις τα οποία προέρχονται από χαμηλής απόδοσης (LTP) μελέτες οι οποίες εστιάζουν κυρίως στη βιβλιογραφία. Με την ίδρυσή της χαρακτηρίστηκε ως μια εξειδικευμένη βάση δεδομένων, οι πληροφορίες της οποίας περιορίζονταν αποκλειστικά στη ζύμη. Στην πορεία όμως αναπτύχθηκε και πλέον καλύπτει αλληλεπιδράσεις που αφορούν 66 είδη οργανισμών ανάμεσα στα οποία συγκαταλέγονται κύριοι οργανισμοί μοντέλα αλλά και το [[Άνθρωπος|ανθρώπινο είδος]]. Αρχικά διαχωρίστηκε σε μικρότερες βάσεις δεδομένων, κάθε μία από τις οποίες αφορούσε έναν οργανισμό. Πλέον, η πιο πρόσφατη έκδοση, παρέχει ένα ενιαίο σύνολο πληροφοριών που επιτρέπει την αναζήτηση σε διάφορους οργανισμούς ταυτόχρονα. Παράλληλα με τον αριθμό των οργανισμών, ο αριθμός των σχολιασμένων αλληλεπιδράσεων της BioGRID αυξήθηκε από 30000 πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις σε πάνω από 1000000 πρωτεϊνικών, γενετικών και χημικών αλληλεπιδράσεων στην τρέχουσα έκδοση. Η BioGRID αναπτύχθηκε αρχικά στο Ινστιτούτο Ερευνών [http://www.lunenfeld.ca/ Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute] του [http://www.mountsinai.org/locations/mount-sinai Mount Sinai Hospital], επεκτάθηκε όμως και πλέον περιλαμβάνει ομάδες  στο [https://www.iric.ca/en/ Institut de Recherche en Immunologie et en Cancérologie] του [http://www.umontreal.ca/ πανεπιστημίου του Μόντρεαλ], στο [http://lsi.princeton.edu/ Lewis-Sigler Institute for Integrative Genomics] του [https://www.princeton.edu/main/ πανεπιστημίου του Πρίνστον] και στο [http://www.wcb.ed.ac.uk/ Wellcome Trust Center for Cell Biology] του [http://www.ed.ac.uk/ πανεπιστημίου του Εδιμβούργου]. Αρχικά, τα δεδομένα της BioGRID εστίαζαν στις αλληλεπιδράσεις μεταξύ πρωτεϊνών και γενετικές, όμως μετά από διαδοχικά στάδια επέκτασης και εξέλιξης υπάρχουν δεδομένα [[:en:Post-translational_modification|μετα-μεταφραστικών τροποποιήσεων (PTM)]], όπως θέσεις [[Φωσφορυλίωση|φωσφορυλίωσης]] και [[Ουβικουιτίνη|ουβικουιτινίωσης]], που προέρχονται τόσο από HTP όσο και από LTP μελέτες. Πρόσφατα η BioGRID επεκτάθηκε ακόμα περισσότερο συμπεριλαμβάνοντας νέα δεδομένα για γενετικές ή/και πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις που αφορούν φάρμακα, μεταβολίτες και άλλα μικρά βιοδραστικά μόρια. Τέλος συνεχίζει να επεκτείνεται και να εξελίσεται σε μηνιαία βάση, αναπτύσσοντας νέα εργαλεία για τη διεξαγωγή στοχοθετημένων επιστημονικών αναλύσεων.
Το 2003 τέθηκε επίσημα σε εφαρμογή η βάση δεδομένων ως GRID<ref name=":0" /> (General Repository for Interaction Datasets). Αργότερα μετονομάστηκε σε BioGRID<ref>{{Cite journal|url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1347471/|title=BioGRID: a general repository for interaction datasets|last=Stark|first=Chris|last2=Breitkreutz|first2=Bobby-Joe|date=2006-01-01|journal=Nucleic Acids Research|issue=Database issue|doi=10.1093/nar/gkj109|volume=34|pages=D535–D539|issn=0305-1048|pmc=PMC1347471|pmid=16381927|last3=Reguly|first3=Teresa|last4=Boucher|first4=Lorrie|last5=Breitkreutz|first5=Ashton|last6=Tyers|first6=Mike}}</ref> παρέχοντας ελεύθερη πρόσβαση σε υψηλής απόδοσης (HTP) σύνολα δεδομένων. Ακολούθως δόθηκε η δυνατότητα αρχικά της αύξηση των δεδομένων που προαναφέρθηκαν και έπειτα της σύγκρισής του με δεδομένα για αλληλεπιδράσεις τα οποία προέρχονται από χαμηλής απόδοσης (LTP) μελέτες οι οποίες εστιάζουν κυρίως στη βιβλιογραφία. Με την ίδρυσή της χαρακτηρίστηκε ως μια εξειδικευμένη βάση δεδομένων, οι πληροφορίες της οποίας περιορίζονταν αποκλειστικά στη ζύμη. Στην πορεία όμως αναπτύχθηκε και πλέον καλύπτει αλληλεπιδράσεις που αφορούν 66 είδη οργανισμών ανάμεσα στα οποία συγκαταλέγονται κύριοι οργανισμοί μοντέλα αλλά και το [[Άνθρωπος|ανθρώπινο είδος]]. Αρχικά διαχωρίστηκε σε μικρότερες βάσεις δεδομένων, κάθε μία από τις οποίες αφορούσε έναν οργανισμό. Πλέον, η πιο πρόσφατη έκδοση, παρέχει ένα ενιαίο σύνολο πληροφοριών που επιτρέπει την αναζήτηση σε διάφορους οργανισμούς ταυτόχρονα. Παράλληλα με τον αριθμό των οργανισμών, ο αριθμός των σχολιασμένων αλληλεπιδράσεων της BioGRID αυξήθηκε από 30000 πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις σε πάνω από 1000000 πρωτεϊνικών, γενετικών και χημικών αλληλεπιδράσεων στην τρέχουσα έκδοση. Η BioGRID αναπτύχθηκε αρχικά στο Ινστιτούτο Ερευνών [http://www.lunenfeld.ca/ Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute] του [http://www.mountsinai.org/locations/mount-sinai Mount Sinai Hospital], επεκτάθηκε όμως και πλέον περιλαμβάνει ομάδες  στο [https://www.iric.ca/en/ Institut de Recherche en Immunologie et en Cancérologie] του [http://www.umontreal.ca/ πανεπιστημίου του Μόντρεαλ], στο [http://lsi.princeton.edu/ Lewis-Sigler Institute for Integrative Genomics] του [https://www.princeton.edu/main/ πανεπιστημίου του Πρίνστον] και στο [http://www.wcb.ed.ac.uk/ Wellcome Trust Center for Cell Biology] του [http://www.ed.ac.uk/ πανεπιστημίου του Εδιμβούργου]. Αρχικά, τα δεδομένα της BioGRID εστίαζαν στις αλληλεπιδράσεις μεταξύ πρωτεϊνών και γενετικές, όμως μετά από διαδοχικά στάδια επέκτασης και εξέλιξης<ref>{{Cite journal|url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4383984/|title=The BioGRID interaction database: 2015 update|last=Chatr-aryamontri|first=Andrew|last2=Breitkreutz|first2=Bobby-Joe|date=2015-01-28|journal=Nucleic Acids Research|issue=Database issue|doi=10.1093/nar/gku1204|volume=43|pages=D470–D478|issn=0305-1048|pmc=PMC4383984|pmid=25428363|last3=Oughtred|first3=Rose|last4=Boucher|first4=Lorrie|last5=Heinicke|first5=Sven|last6=Chen|first6=Daici|last7=Stark|first7=Chris|last8=Breitkreutz|first8=Ashton|last9=Kolas|first9=Nadine}}</ref><ref>{{Cite journal|url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3531226/|title=The BioGRID interaction database: 2013 update|last=Chatr-aryamontri|first=Andrew|last2=Breitkreutz|first2=Bobby-Joe|date=2017-04-23|journal=Nucleic Acids Research|issue=Database issue|doi=10.1093/nar/gks1158|volume=41|pages=D816–D823|issn=0305-1048|pmc=PMC3531226|pmid=23203989|last3=Heinicke|first3=Sven|last4=Boucher|first4=Lorrie|last5=Winter|first5=Andrew|last6=Stark|first6=Chris|last7=Nixon|first7=Julie|last8=Ramage|first8=Lindsay|last9=Kolas|first9=Nadine}}</ref><ref>{{Cite journal|url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3013707/|title=The BioGRID Interaction Database: 2011 update|last=Stark|first=Chris|last2=Breitkreutz|first2=Bobby-Joe|date=2017-04-23|journal=Nucleic Acids Research|issue=Database issue|doi=10.1093/nar/gkq1116|volume=39|pages=D698–D704|issn=0305-1048|pmc=PMC3013707|pmid=21071413|last3=Chatr-aryamontri|first3=Andrew|last4=Boucher|first4=Lorrie|last5=Oughtred|first5=Rose|last6=Livstone|first6=Michael S.|last7=Nixon|first7=Julie|last8=Van Auken|first8=Kimberly|last9=Wang|first9=Xiaodong}}</ref><ref>{{Cite journal|url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2238873/|title=The BioGRID Interaction Database: 2008 update|last=Breitkreutz|first=Bobby-Joe|last2=Stark|first2=Chris|date=2017-04-23|journal=Nucleic Acids Research|issue=Database issue|doi=10.1093/nar/gkm1001|volume=36|pages=D637–D640|issn=0305-1048|pmc=PMC2238873|pmid=18000002|last3=Reguly|first3=Teresa|last4=Boucher|first4=Lorrie|last5=Breitkreutz|first5=Ashton|last6=Livstone|first6=Michael|last7=Oughtred|first7=Rose|last8=Lackner|first8=Daniel H.|last9=Bähler|first9=Jürg}}</ref><ref name=":1">{{Cite journal|url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5210573/|title=The BioGRID interaction database: 2017 update|last=Chatr-aryamontri|first=Andrew|last2=Oughtred|first2=Rose|date=2017-01-04|journal=Nucleic Acids Research|issue=Database issue|doi=10.1093/nar/gkw1102|volume=45|pages=D369–D379|issn=0305-1048|pmc=PMC5210573|pmid=27980099|last3=Boucher|first3=Lorrie|last4=Rust|first4=Jennifer|last5=Chang|first5=Christie|last6=Kolas|first6=Nadine K.|last7=O'Donnell|first7=Lara|last8=Oster|first8=Sara|last9=Theesfeld|first9=Chandra}}</ref> υπάρχουν δεδομένα [[:en:Post-translational_modification|μετα-μεταφραστικών τροποποιήσεων (PTM)]]<ref name=":2">{{Cite journal|url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2860897/|title=PhosphoGRID: a database of experimentally verified in vivo protein phosphorylation sites from the budding yeast Saccharomyces cerevisiae|last=Stark|first=Chris|last2=Su|first2=Ting-Cheng|date=2010-01-01|journal=Database: The Journal of Biological Databases and Curation|doi=10.1093/database/bap026|volume=2010|issn=1758-0463|pmc=PMC2860897|pmid=20428315|last3=Breitkreutz|first3=Ashton|last4=Lourenco|first4=Pedro|last5=Dahabieh|first5=Matthew|last6=Breitkreutz|first6=Bobby-Joe|last7=Tyers|first7=Mike|last8=Sadowski|first8=Ivan}}</ref><ref name=":3">{{Cite journal|url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3653121/|title=The PhosphoGRID Saccharomyces cerevisiae protein phosphorylation site database: version 2.0 update|last=Sadowski|first=Ivan|last2=Breitkreutz|first2=Bobby-Joe|date=2013-05-11|journal=Database: The Journal of Biological Databases and Curation|doi=10.1093/database/bat026|volume=2013|issn=1758-0463|pmc=PMC3653121|pmid=23674503|last3=Stark|first3=Chris|last4=Su|first4=Ting-Cheng|last5=Dahabieh|first5=Matthew|last6=Raithatha|first6=Sheetal|last7=Bernhard|first7=Wendy|last8=Oughtred|first8=Rose|last9=Dolinski|first9=Kara}}</ref>, όπως θέσεις [[Φωσφορυλίωση|φωσφορυλίωσης]] και [[Ουβικουιτίνη|ουβικουιτινίωσης]]<ref name=":1" />, που προέρχονται τόσο από HTP όσο και από LTP μελέτες. Πρόσφατα η BioGRID επεκτάθηκε ακόμα περισσότερο συμπεριλαμβάνοντας νέα δεδομένα για γενετικές ή/και πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις που αφορούν φάρμακα, μεταβολίτες και άλλα μικρά βιοδραστικά μόρια. Τέλος συνεχίζει να επεκτείνεται και να εξελίσεται σε μηνιαία βάση, αναπτύσσοντας νέα εργαλεία<ref name=":2" /><ref name=":3" /><ref>{{Cite journal|url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3065694/|title=BioGRID REST Service, BiogridPlugin2 and BioGRID WebGraph: new tools for access to interaction data at BioGRID|last=Winter|first=Andrew G.|last2=Wildenhain|first2=Jan|date=2011-04-01|journal=Bioinformatics|issue=7|doi=10.1093/bioinformatics/btr062|volume=27|pages=1043–1044|issn=1367-4803|pmc=PMC3065694|pmid=21300700|last3=Tyers|first3=Mike}}</ref><ref>{{Cite journal|url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC153462/|title=Osprey: a network visualization system|last=Breitkreutz|first=Bobby-Joe|last2=Stark|first2=Chris|date=2003-01-01|journal=Genome Biology|issue=3|volume=4|pages=R22|issn=1465-6906|pmc=PMC153462|pmid=12620107|last3=Tyers|first3=Mike}}</ref> για τη διεξαγωγή στοχοθετημένων επιστημονικών αναλύσεων<ref>{{Cite journal|url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3983991/|title=A Global Protein Kinase and Phosphatase Interaction Network in Yeast|last=Breitkreutz|first=Ashton|last2=Choi|first2=Hyungwon|date=2010-05-21|journal=Science (New York, N.Y.)|issue=5981|doi=10.1126/science.1176495|volume=328|pages=1043–1046|issn=0036-8075|pmc=PMC3983991|pmid=20489023|last3=Sharom|first3=Jeffrey R.|last4=Boucher|first4=Lorrie|last5=Neduva|first5=Victor|last6=Larsen|first6=Brett|last7=Lin|first7=Zhen-Yuan|last8=Breitkreutz|first8=Bobby-Joe|last9=Stark|first9=Chris}}</ref>.


== Ανάπτυξη της Βάσης Δεδομένων και Στατιστικά Στοιχεία ==
== Ανάπτυξη της Βάσης Δεδομένων και Στατιστικά Στοιχεία ==
Γραμμή 173: Γραμμή 173:


== Βιβλιογραφία ==
== Βιβλιογραφία ==
<references />

Έκδοση από την 14:07, 23 Απριλίου 2017

 Το λήμμα δεν περιέχει πηγές ή αυτές που περιέχει δεν επαρκούν. Μπορείτε να βοηθήσετε προσθέτοντας την κατάλληλη τεκμηρίωση. Υλικό που είναι ατεκμηρίωτο μπορεί να αμφισβητηθεί και να αφαιρεθεί.
Η σήμανση τοποθετήθηκε στις 21/04/2017.

Η BioGRID (Biological General Repository for Interaction Datasets) είναι μια δημόσια βάση δεδομένων με ελεύθερη πρόσβαση, η οποία παρέχει πληροφορίες για γενετικές και πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις για βασικούς οργανισμούς μοντέλα και για τον άνθρωπο. Δημιουργήθηκε το 2003 από τους Mike Tyers, Bobby-Joe Breitkreutz και Chris Stark στο Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute του Mount Sinai Hospital, με το όνομα GRID[1] και στην πορεία εξελίχθηκε και μετονομάσθηκe σε BioGRID. Οι επισκέπτες της ιστοδελίδας μπορούν να αναζητήσουν ένα σύνολο πληροφοριών για την πρωτεΐνη ή τη δημοσίευση  που τους ενδιαφέρει επιλέγοντας τον οργανισμό που επιθυμούν. Συνεργάζεται με βάσεις δεδομένων οργανισμών μοντελων όπως οι Entrez-Gene, SGD, TAIR, FlyBase κ.α. Αποτελεί μέλος της Κοινοπραξίας Διεθνών Μοριακών Συναλλαγών (ΙΜΕx) και χρηματοδοτείται από τα BBSRC, NIH και CIHR.

  1. Ιστορικά Στοιχεία
  2. Ανάπτυξη της Βάσης Δεδομένων και Στατιστικά Στοιχεία

Ιστορικά Στοιχεία

Το 2003 τέθηκε επίσημα σε εφαρμογή η βάση δεδομένων ως GRID[1] (General Repository for Interaction Datasets). Αργότερα μετονομάστηκε σε BioGRID[2] παρέχοντας ελεύθερη πρόσβαση σε υψηλής απόδοσης (HTP) σύνολα δεδομένων. Ακολούθως δόθηκε η δυνατότητα αρχικά της αύξηση των δεδομένων που προαναφέρθηκαν και έπειτα της σύγκρισής του με δεδομένα για αλληλεπιδράσεις τα οποία προέρχονται από χαμηλής απόδοσης (LTP) μελέτες οι οποίες εστιάζουν κυρίως στη βιβλιογραφία. Με την ίδρυσή της χαρακτηρίστηκε ως μια εξειδικευμένη βάση δεδομένων, οι πληροφορίες της οποίας περιορίζονταν αποκλειστικά στη ζύμη. Στην πορεία όμως αναπτύχθηκε και πλέον καλύπτει αλληλεπιδράσεις που αφορούν 66 είδη οργανισμών ανάμεσα στα οποία συγκαταλέγονται κύριοι οργανισμοί μοντέλα αλλά και το ανθρώπινο είδος. Αρχικά διαχωρίστηκε σε μικρότερες βάσεις δεδομένων, κάθε μία από τις οποίες αφορούσε έναν οργανισμό. Πλέον, η πιο πρόσφατη έκδοση, παρέχει ένα ενιαίο σύνολο πληροφοριών που επιτρέπει την αναζήτηση σε διάφορους οργανισμούς ταυτόχρονα. Παράλληλα με τον αριθμό των οργανισμών, ο αριθμός των σχολιασμένων αλληλεπιδράσεων της BioGRID αυξήθηκε από 30000 πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις σε πάνω από 1000000 πρωτεϊνικών, γενετικών και χημικών αλληλεπιδράσεων στην τρέχουσα έκδοση. Η BioGRID αναπτύχθηκε αρχικά στο Ινστιτούτο Ερευνών Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute του Mount Sinai Hospital, επεκτάθηκε όμως και πλέον περιλαμβάνει ομάδες  στο Institut de Recherche en Immunologie et en Cancérologie του πανεπιστημίου του Μόντρεαλ, στο Lewis-Sigler Institute for Integrative Genomics του πανεπιστημίου του Πρίνστον και στο Wellcome Trust Center for Cell Biology του πανεπιστημίου του Εδιμβούργου. Αρχικά, τα δεδομένα της BioGRID εστίαζαν στις αλληλεπιδράσεις μεταξύ πρωτεϊνών και γενετικές, όμως μετά από διαδοχικά στάδια επέκτασης και εξέλιξης[3][4][5][6][7] υπάρχουν δεδομένα μετα-μεταφραστικών τροποποιήσεων (PTM)[8][9], όπως θέσεις φωσφορυλίωσης και ουβικουιτινίωσης[7], που προέρχονται τόσο από HTP όσο και από LTP μελέτες. Πρόσφατα η BioGRID επεκτάθηκε ακόμα περισσότερο συμπεριλαμβάνοντας νέα δεδομένα για γενετικές ή/και πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις που αφορούν φάρμακα, μεταβολίτες και άλλα μικρά βιοδραστικά μόρια. Τέλος συνεχίζει να επεκτείνεται και να εξελίσεται σε μηνιαία βάση, αναπτύσσοντας νέα εργαλεία[8][9][10][11] για τη διεξαγωγή στοχοθετημένων επιστημονικών αναλύσεων[12].

Ανάπτυξη της Βάσης Δεδομένων και Στατιστικά Στοιχεία

Από τον Σεπτέμβριο του 2016 (έκδοση 3.4.140), η BioGRID περιέχει 1.072.173 πρωτεΐνες και γενετικές αλληλεπιδράσεις. Αυτές οι αλληλεπιδράσεις αντιστοιχούν σε 621.534 πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις και 450.534 γενετικές αλληλεπιδράσεις. Αυτά τα δεδομένα εξήχθησαν απευθείας από 47.223 δημοσιεύσεις που αξιολογήθηκαν με το χέρι, και επισημάνθηκαν με το χέρι, οι οποίες εντοπίστηκαν από τη βιοϊατρική βιβλιογραφία με αναζητήσεις λέξεων-κλειδιών και προσεγγίσεις εξόρυξης κειμένου (Εικόνα 1). Η τρέχουσα πλατφόρμα σχολιασμού παρέχει αναφορές για > 100 εκατομμύρια μοναδικά ψευδώνυμα, αναγνωριστικά, συστηματικά ονόματα και αναφορές MOD για > 200 οργανισμούς, σε σύγκριση με το προηγούμενο σύστημα σχολιασμού που υποστηρίζει ~ 48 εκατομμύρια αναγνωριστικά για ~ 100 υποστηριζόμενους οργανισμούς. Τα δεδομένα της BioGRID διανέμονται ελεύθερα μέσω βάσεων δεδομένων και μετα-βάσεων δεδομένων οργανισμού εταίρων και είναι άμεσα διαθέσιμα σε διάφορες μορφές. Εκτός από τη γενική εκτίμηση της δημοσιευμένης βιβλιογραφίας για τα κύρια είδη μοντέλων, η BioGRID αναλαμβάνει θεματικά σχέδια περιορισμού σε περιοχές ιδιαίτερης σημασίας για τις βιοϊατρικές επιστήμες, όπως το σύστημα οθμπικουϊτίνης-πρωτεοσώματος , το οποίο έχει τεκμηριώσει 130.184 θέσεις τροποποίησης ουμπικουϊτίνης σε πρωτεΐνες που κωδικοποιούνται από 8681 Ανθρώπινα γονίδια και 20.019 θέσεις σε 2549 πρωτεΐνες ζύμης, όλες οι οποίες θα απελευθερωθούν ως ενοποιημένο σύνολο δεδομένων μέχρι τα τέλη του 2016. Η διερεύνηση της BioGRID συντονίζεται μέσω ενός Συστήματος Διαχείρισης Αλληλεπίδρασης (IMS) το οποίο διευκολύνει τα αρχεία αλληλεπίδρασης συλλογής μέσω δομημένων κωδικών στοιχείων, οντολογιών φαινοτύπων και σχολιασμού γονιδίων. Η αρχιτεκτονική της BioGRID έχει βελτιωθεί για να υποστηρίξει ένα ευρύτερο φάσμα τύπων αλληλεπίδρασης και μετα-μεταφραστικών τροποποιήσεων, ώστε να καταστεί δυνατή η αντιπροσώπευση πιο σύνθετων αλληλεπιδράσεων πολλαπλών γονιδίων / πρωτεϊνών, να ληφθούν υπόψη οι κυτταρικοί φαινοτύποι μέσω δομημένων οντολογιών, να επιταχύνουν την επεξεργασία μέσω ημιαυτόματων προσεγγίσεων εξόρυξης κειμένου και να βελτιώσουν τον ποιοτικό έλεγχο της επιμέλειας. Η BioGRID περιέχει δεδομένα για 38.559 πρωτεΐνες PTMs όπως επιμετράται από 4317 δημοσιεύσεις. Μέσω περιεκτικών προσπαθειών επιμέλειας, η BioGRID περιλαμβάνει τώρα μια σχεδόν ολοκληρωμένη σειρά αλληλεπιδράσεων που έχουν αναφερθεί μέχρι σήμερα στην πρωτογενή βιβλιογραφία για την εκκολαπτόμενη ζύμη (Saccharomyces cerevisiae), το thale cress (Arabidopsis thaliana) και τη μαγιά σχάσης (Schizosaccharomyces pombe).

Μια νέα πτυχή της BioGRID είναι η κάλυψη χημικών αλληλεπιδράσεων, τυπικά για στόχους φαρμάκου-πρωτεΐνης και / ή αλληλεπιδράσεις γονιδίου-φαρμάκου. Η απελευθέρωση της BioGRID 3.3.123 (Απρίλιος 2015) περιελάμβανε 27.034 αρχεία αλληλεπίδρασης χημικού-στόχου που προέρχονται από το DrugBase, μια βάση δεδομένων με χειρονακτικά επιμελημένες σχέσεις φαρμάκου-στόχου. Προς το παρόν, η BioGRID περιέχει 2519 μοναδικά γονίδια / πρωτεΐνες από 21 οργανισμούς που συνδέονται με 4999 συνολικά μοναδικά χημικά όπως ορίζονται από 8989 δημοσιεύσεις.

Το 2016, το Google Analytics ανέφερε ότι η BioGRID έλαβε κατά μέσο όρο 124.232 προβολές σελίδων και 14.444 μοναδικούς επισκέπτες ανά μήνα, έναντι 88.080 προβολών σελίδων και 12.399 μοναδικών επισκεπτών το μήνα, κατά το 2014. Τα αρχεία δεδομένων BioGRID λήφθηκαν κατά μέσο όρο 10.135 φορές το μήνα κατά το 2016, έναντι 9256 λήψεων μηνιαίως το 2014. Στα στατιστικά αυτά στοιχεία δεν περιλαμβάνεται η ευρεία διάδοση των εγγραφών BioGRID από διάφορες βάσεις δεδομένων εταίρων, όπως οι βάσεις δεδομένων Saccharomyces Genome, PomBase, Candida Genome, Worm-Base, FlyBase, TAIR, ZFIN και MGD και οι μετα-βάσεις δεδομένων NCBI, UniProt, Pathway Commons, BeagleDB κ.α. Το 2016, η βάση χρηστών BioGRID εντοπίστηκε κυρίως στις ΗΠΑ (29%), ακολουθούμενη από την Κίνα (10%), το Ηνωμένο Βασίλειο (7%), τη Γερμανία (6%), τον Καναδά (5%), την Ιαπωνία (4%) , την Ινδία (4%), τη Γαλλία (4%) και όλες τις άλλες χώρες (31%).

Οργανισμοί που υποστηρίζονται

Η BioGRID είναι μια βάση δεδομένων που εμπεριέχει στοιχεία από ολοένα και αυξανόμενο πλήθος οργανισμών. Στην παρακάτω λίστα παρουσιάζονται αναλυτικά οι οργανισμοί αυτοί:

  • Acyrthosiphon pisum
  • Αedes aegypti 
  • Ailuropoda melanoleuca
  • Anas platyrhynchos
  • Anolis carolinesis
  • Anopheles gambiae
  • Anopheles gambiae (PEST)
  • Apis mellifera
  • Arabidopsis lyrata
  • Arabidopsis thaliana (Columbia)
  • Astyanax mexicanus
  • Bacillus subtilis (168)
  • Bassica campestris
  • Bos taurus
  • Brachypodium distachyon
  • Branchiostoma floridae 
  • Bubalus bubalis
  • Caenorhabditis briggsae
  • Caenorhabditis elegans  
  • Caenorhabditis remanei
  • Callithrix jacchus
  • Camelina sativa
  • Campylobacter  jejuni (81116)
  • Candida albicans SC5314
  • Canis familiaris (σκύλος)
  • Cavia porcellus (ινδικό χοιρίδιο)
  • Ceratotherium simum    
  • Chinchilla lanigera
  • Chlamydomonas reinhardtii (πράσινο φύκος)
  • Chlorocebus sabaeus 
  • Chrysochloris asiatica
  • Ciona intestinalis
  • Cricetulus griseus
  • Cucumis sativus
  • Culex quinquefasciatus
  • Danio rerio (zebrafish)
  • Dasypus novemcinctus                  
  • Dictyostelium discoideum AX4 (slime mold)
  • Dictyostelium discoideum
  • Drosophila melanoaster 
  • Drosophila persimilis
  • Drosophila sechellia
  • Drosophila yakuba
  • Echinops telfairi
  • Elephantulus edwardii
  • Emericella nidulans (FGSC A4)
  • Equus caballus (άλογο)
  • Equus przewalskii
  • Erinaceus europaeus
  • Escherichia coli (E. coli)
  • Eucalyptus grandis
  • Felis catus
  • Ficedula albicollis
  • Fukomys damarensis
  • Galeopterus variegatus
  • Gallus gallus (κόκκινη όρνιθα)
  • Glycine max (σόγια)
  • Gorilla gorilla (γορίλας)
  • Hepatitus C Virus
  • Heterocephalus glaber
  • Homo sapiens (human)
  • Human Herpesvirus 
  • Human Immunodeficiency Virus 1 (HIV-1)
  • Human Immunodeficiency Virus 2 (HIV-2)
  • Human Papillomavirus (HPV)
  • Ictidomys tridecemlineatus
  • Ixodes scapularis
  • Latimeria chalumnae
  • Leishmania major (Λεϊσμάνια)
  • Lepisosteus oculatus
  • Loa loa
  • Loxodonta africana
  • Macaca fascicularis
  • Macaca mulatta (rhesus monkey)
  • Malus domestica
  • Marseillevirus marseillevirus
  • Medicago truncatula
  • Meleagris gallopavo (οικόσιτη γαλοπούλα)
  • Monodelphis domestica
  • Murid herpesvirus 1
  • Mus musculus (μυς)
  • Musa acuminate
  • Mustela putorius furo
  • Mycobacterium tuberculosis
  • Mycobacterium ulcerans (AGY99)
  • Mycoplasma pneumonia (M129)
  • Myotis lucifugus
  • Myxococcus Xanthus (DK1622)
  • Nematostella vectensis
  • Neurospora crassa OR74A
  • Nicotiana sylvestris
  • Nicotiana tabacum
  • Nicotiana tomentosiformis
  • Nomascus leucogenys
  • Ochotona princeps
  • Octodon degus
  • Oreochromis niloticus
  • Ornithorhynchus anatinus
  • Oryctolagus cuniculus (Ευρωπαϊκός λαγός)
  • Oryza sativa Japonica (ρύζι Ιαπωνίας)
  • Oryzias latipes
  • Otolemur garnetii
  • Ovis aries
  • Pan paniscus
  • Pan troglodytes (Χιμπαντζής ο κοινός)
  • Pantholops hodgsonii
  • Papio Anubis
  • Pediculus humanus
  • Pelodiscus sinensis
  • Phaseolus vulgaris
  • Physcomitrella patens
  • Phytophthora infestans
  • Phytophthora infestans (T30 – 4)
  • Plasmodium falciparum 3D7 (Πλασμώδιο το μηνοειδές)
  • Pneumocystis carinii
  • Poecilia Formosa
  • Pongo abelii
  • Populus trichocarpa
  • Prunus persica
  • Rattus norvegicus (Κοινός καστανός αρουραίος)
  • Rhinopithecus roxellana
  • Ricinus communis (Ρίκινος)
  • Saccharomyces cerevisiae (ζύμη)
  • Saimiri boliviensis
  • Sarcophilus harrisii
  • Schistosoma mansoni
  • Schizosaccharomyces pombe 972h (Ζυθοσχιζοσακχαρομύκητας)
  • Selaginella moellendorffii
  • Setaria italic
  • Simian Immunodeficiency Virus
  • Simian Virus 40
  • Solanum lycopersicum (ντομάτα)
  • Solanum tuberosum (πατάτα)
  • Sorex araneus
  • Sorghum bicolor
  • Streptococcus pneumonia
  • Strongylocentrotus purpuratus (μωβ αχινός της Καλιφόρνια)
  • Sus scrofa (αγριόχοιρος)
  • Synechococcus elongates (PCC7942, PCC6301)
  • Taeniopygia guttata
  • Takifugu rubripes
  • Tarsius syrichta
  • Theobroma cacao
  • Tobacco Mosaic Virus (ιός του μωσαϊκού του καπνού)
  • Trichoplax adhaerens
  • Tupaia chinensis
  • Tursiops truncates
  • Ursus maritimus
  • Ustilago maydis 521 (άνθρακας αραβοσίτου)
  • Vaccinia Virus
  • Vicugna pacos
  • Vitis vinifera (αμπέλι)
  • Xenopus laevis (Αφρικανικός ονυχοφόρος βάτραχος)
  • Xiphophorus maculatus
  • Zea mays (καλαμπόκι)

Βιβλιογραφία

  1. ↑ 1,0 1,1 Breitkreutz, Bobby-Joe; Stark, Chris; Tyers, Mike (2003-01-01). «The GRID: The General Repository for Interaction Datasets». Genome Biology 4 (3): R23. ISSN 1465-6906. PMID 12620108. PMC PMC153463. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC153463/. 
  2. ↑ Stark, Chris; Breitkreutz, Bobby-Joe; Reguly, Teresa; Boucher, Lorrie; Breitkreutz, Ashton; Tyers, Mike (2006-01-01). «BioGRID: a general repository for interaction datasets». Nucleic Acids Research 34 (Database issue): D535–D539. doi:10.1093/nar/gkj109. ISSN 0305-1048. PMID 16381927. PMC PMC1347471. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1347471/. 
  3. ↑ Chatr-aryamontri, Andrew; Breitkreutz, Bobby-Joe; Oughtred, Rose; Boucher, Lorrie; Heinicke, Sven; Chen, Daici; Stark, Chris; Breitkreutz, Ashton και άλλοι. (2015-01-28). «The BioGRID interaction database: 2015 update». Nucleic Acids Research 43 (Database issue): D470–D478. doi:10.1093/nar/gku1204. ISSN 0305-1048. PMID 25428363. PMC PMC4383984. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4383984/. 
  4. ↑ Chatr-aryamontri, Andrew; Breitkreutz, Bobby-Joe; Heinicke, Sven; Boucher, Lorrie; Winter, Andrew; Stark, Chris; Nixon, Julie; Ramage, Lindsay και άλλοι. (2017-04-23). «The BioGRID interaction database: 2013 update». Nucleic Acids Research 41 (Database issue): D816–D823. doi:10.1093/nar/gks1158. ISSN 0305-1048. PMID 23203989. PMC PMC3531226. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3531226/. 
  5. ↑ Stark, Chris; Breitkreutz, Bobby-Joe; Chatr-aryamontri, Andrew; Boucher, Lorrie; Oughtred, Rose; Livstone, Michael S.; Nixon, Julie; Van Auken, Kimberly και άλλοι. (2017-04-23). «The BioGRID Interaction Database: 2011 update». Nucleic Acids Research 39 (Database issue): D698–D704. doi:10.1093/nar/gkq1116. ISSN 0305-1048. PMID 21071413. PMC PMC3013707. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3013707/. 
  6. ↑ Breitkreutz, Bobby-Joe; Stark, Chris; Reguly, Teresa; Boucher, Lorrie; Breitkreutz, Ashton; Livstone, Michael; Oughtred, Rose; Lackner, Daniel H. και άλλοι. (2017-04-23). «The BioGRID Interaction Database: 2008 update». Nucleic Acids Research 36 (Database issue): D637–D640. doi:10.1093/nar/gkm1001. ISSN 0305-1048. PMID 18000002. PMC PMC2238873. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2238873/. 
  7. ↑ 7,0 7,1 Chatr-aryamontri, Andrew; Oughtred, Rose; Boucher, Lorrie; Rust, Jennifer; Chang, Christie; Kolas, Nadine K.; O'Donnell, Lara; Oster, Sara και άλλοι. (2017-01-04). «The BioGRID interaction database: 2017 update». Nucleic Acids Research 45 (Database issue): D369–D379. doi:10.1093/nar/gkw1102. ISSN 0305-1048. PMID 27980099. PMC PMC5210573. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5210573/. 
  8. ↑ 8,0 8,1 Stark, Chris; Su, Ting-Cheng; Breitkreutz, Ashton; Lourenco, Pedro; Dahabieh, Matthew; Breitkreutz, Bobby-Joe; Tyers, Mike; Sadowski, Ivan (2010-01-01). «PhosphoGRID: a database of experimentally verified in vivo protein phosphorylation sites from the budding yeast Saccharomyces cerevisiae». Database: The Journal of Biological Databases and Curation 2010. doi:10.1093/database/bap026. ISSN 1758-0463. PMID 20428315. PMC PMC2860897. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2860897/. 
  9. ↑ 9,0 9,1 Sadowski, Ivan; Breitkreutz, Bobby-Joe; Stark, Chris; Su, Ting-Cheng; Dahabieh, Matthew; Raithatha, Sheetal; Bernhard, Wendy; Oughtred, Rose και άλλοι. (2013-05-11). «The PhosphoGRID Saccharomyces cerevisiae protein phosphorylation site database: version 2.0 update». Database: The Journal of Biological Databases and Curation 2013. doi:10.1093/database/bat026. ISSN 1758-0463. PMID 23674503. PMC PMC3653121. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3653121/. 
  10. ↑ Winter, Andrew G.; Wildenhain, Jan; Tyers, Mike (2011-04-01). «BioGRID REST Service, BiogridPlugin2 and BioGRID WebGraph: new tools for access to interaction data at BioGRID». Bioinformatics 27 (7): 1043–1044. doi:10.1093/bioinformatics/btr062. ISSN 1367-4803. PMID 21300700. PMC PMC3065694. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3065694/. 
  11. ↑ Breitkreutz, Bobby-Joe; Stark, Chris; Tyers, Mike (2003-01-01). «Osprey: a network visualization system». Genome Biology 4 (3): R22. ISSN 1465-6906. PMID 12620107. PMC PMC153462. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC153462/. 
  12. ↑ Breitkreutz, Ashton; Choi, Hyungwon; Sharom, Jeffrey R.; Boucher, Lorrie; Neduva, Victor; Larsen, Brett; Lin, Zhen-Yuan; Breitkreutz, Bobby-Joe και άλλοι. (2010-05-21). «A Global Protein Kinase and Phosphatase Interaction Network in Yeast». Science (New York, N.Y.) 328 (5981): 1043–1046. doi:10.1126/science.1176495. ISSN 0036-8075. PMID 20489023. PMC PMC3983991. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3983991/. 
Ανακτήθηκε από "https://el.wikipedia.org/w/index.php?title=BioGRID&oldid=6368663"