Ο Άγιος Ιωάννης είναι παραθαλάσσιος οικισμός στο βορειοανατολικό τμήμα του νομού Ηρακλείου, προς τις δυτικές ακτές του κόλπου των Μαλίων. Βρίσκεται πάνω στην οδό Ηρακλείου-Αγίου Νικολάου (ΕΟ 90), μεταξύ Ανάληψης και Λιμένα Χερσονήσου και σε μέσο σταθμικό υψόμετρο 50. Απέχει 24 χλμ. περίπου Α. του Ηρακλείου.[4][5][6]
Ο οικισμός αναγνωρίστηκε το 1991 και προσαρτήθηκε στην κοινότητα Χερσονήσου. Με το ΦΕΚ 244Α - 04/12/1997 αποσπάστηκε από την κοινότητα Χερσονήσου και προσαρτήθηκε στον δήμο Χερσονήσου.[3]