Γ΄ Εθνική ποδοσφαίρου ανδρών 2005-2006

Το πρωτάθλημα της Γ΄ Εθνικής της περιόδου 2005-06 διοργανώθηκε σε δύο ομίλους. Στον πρώτο όμιλο τερμάτισε πρωτος ο Αστέρας Τρίπολης ενώ στον δέυτερο όμιλο ο Αγροτικός Αστέρας.

Νότιος Όμιλος

Θ	Ομάδα
1	Αστέρας Τρίπολης
2	Εθνικός Πειραιώς
3	Μεσσηνιακός Γ.Σ.
4	Ατσαλένιος Νέας Αλικαρνασού
5	Ένωση Λήλα Βασιλικού -ΑΟ Χαλκίδας
6	Θύελλα Πατρών
7	Παναιτωλικός Γ.Φ.Σ.
8	Διαγόρας Γυμναστικός Σύλλογος
9	Αχαρναϊκός ΑΟ
10	Α.Σ. Ρόδος
11	Αιολικός Μυτιλήνης
12	Άγιος Δημήτριος Αθηνών
13	Βύζας Μεγάρων
14	Γ.Σ. Απόλλων Σμύρνης
15	Κερατσίνι Πειραιά
16	Ιωνία 2000 Χανίων
17	Α.Ε. Αχαϊκή

Βόρειος Όμιλος

Θ	Ομάδα	Γκολ Υπέρ	Γκολ Κατά	Βαθμ
1	Αγροτικός Αστέρας	63	18	70
2	Π.Α.Σ. Γιάννινα	57	13	68
3	Πανθρακικός Κομοτηνής	44	21	66
4	Πιερικός Σ.Φ. Κατερίνης	42	30	46
5	Α.Ε. Γιάννενα	31	22	44
6	Γ.Σ. Δόξα Δράμας	41	36	43
7	Α.Ο. Καβάλα	24	34	40
8	Αναγέννηση Άρτας	31	33	38
9	Ένωση Θράκης Αλεξανδρούπολης	33	17	38
10	Θερμαϊκος Θεσσαλονίκης	32	41	34
11	Αναγέννηση Καρδίτσας	20	34	33
12	Α.Ο. Τρίκαλα	32	42	30
13	Α.Σ. Λαμία	26	37	30
14	Α.Ε. Πολύκαστρο Σερρών	24	45	29
15	Φ.Σ. Κοζάνη	33	52	28
16	Α.Ε. Πτολεμαΐδα-Λιγνιτορύχοι	21	59	19

Μπαράζ

Οι 3οι των δύο ομίλων, Μεσσηνιακός και Πανθρακικός, αγωνίστηκαν σε αγώνα μπαράζ για την άνοδο στη Β' Εθνική. Ο Μεσσηνιακός επικράτησε με 1-0, όμως στη Β' Εθνική ανέβηκε και ο Πανθρακικός, μετά την αποχώρηση του Ακράτητου από την κατηγορία και τον υποβιβασμό του στη Δ' Εθνική.