HomoloGene
Το HomoloGene είναι ένα εργαλείο του Εθνικού Κέντρου Βιοτεχνολογικών Πληροφοριών των Ηνωμένων Πολιτειών (National Center for Biotechnology Information, NCBI), είναι ένα σύστημα για την αυτοματοποιημένη ανίχνευση ομολόγων (ομοιότητας που αποδίδεται στην καταγωγή από έναν κοινό πρόγονο) μεταξύ των σχολιασμένων γονιδίων αρκετών πλήρως αλληλουχισμένων ευκαρυωτικών γονιδιωμάτων.[1]
Η επεξεργασία HomoloGene συνίσταται στην ανάλυση πρωτεϊνών από τους εισαγόμενους οργανισμούς. Οι αλληλουχίες συγκρίνονται χρησιμοποιώντας το blastp, στη συνέχεια αντιστοιχίζονται και ομαδοποιούνται, χρησιμοποιώντας ένα ταξινομικό δέντρο που δημιουργείται από την ομοιότητα αλληλουχιών, όπου οι πιο συγγενείς οργανισμοί αντιστοιχίζονται πρώτα και στη συνέχεια προστίθενται στο δέντρο περισσότεροι οργανισμοί. Οι ευθυγραμμίσεις πρωτεϊνών αντιστοιχίζονται στις αντίστοιχες αλληλουχίες DNA τους και στη συνέχεια μπορούν να υπολογιστούν οι μετρήσεις απόστασης ως μοριακές αποστάσεις Λόγος Ka/Ks.
Οι αλληλουχίες αντιστοιχίζονται χρησιμοποιώντας έναν ευρετικό αλγόριθμο για τη μεγιστοποίηση της βαθμολογίας συνολικά, αντί για τοπικά, σε μια διμερή αντιστοίχιση. Και στη συνέχεια υπολογίζει τη στατιστική σημαντικότητα κάθε αντιστοίχισης. Γίνονται αποκοπές ανά θέση και ορίζονται οι τιμές Ks για να αποτρέπεται η ομαδοποίηση ψευδών "ορθολόγων". Τα "παράλογα" αναγνωρίζονται βρίσκοντας αλληλουχίες που βρίσκονται πιο κοντά στο ίδιο είδος από άλλα είδη.
Αυτός ο πόρος σταμάτησε να κάνει ενημερώσεις το 2014.[2]
Οργανισμοί εισόδου
[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]"Άνθρωπος, Χιμπαντζής ο κοινός, Mus musculus, Rattus norvegicus, Σκύλος, Βους ο ταύρος, Gallus gallus, Xenopus tropicalis, Danio rerio"
"Drosophila melanogaster, Anopheles gambiae, Caenorhabditis elegans"
"Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe, Kluyveromyces lactis, Eremothecium gossypii, Magnaporthe grisea, Neurospora crassa"
"Arabidopsis thaliana"
"Oryza sativa"
"Plasmodium falciparum".
Διεπαφή
[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]Το HomoloGene συνδέεται με όλες τις βάσεις δεδομένων Entrez και βασίζεται σε πληροφορίες ομολογίας και φαινοτύπου αυτών των συνδέσμων:
- Mouse Genome Informatics, MGI,
- Zebrafish Information Network, ZFIN,
- Saccharomyces Genome Database, SGD,
- Clusters of Orthologous Groups, COG,
- FlyBase,
- Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)
Ως αποτέλεσμα, το HomoloGene εμφανίζει πληροφορίες σχετικά με γονίδια, πρωτεΐνες, φαινοτύπους και διατηρημένους τομείς.
Παραπομπές
[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]- ↑ «Home - HomoloGene - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. National Center for Biotechnology Information. Αρχειοθετήθηκε από το πρωτότυπο στις 15 Ιουνίου 2001. Ανακτήθηκε στις 16 Οκτωβρίου 2020.
- ↑ «Homologene». Homologene. NCBI. Αρχειοθετήθηκε από το πρωτότυπο στις 19 Φεβρουαρίου 2015. Ανακτήθηκε στις 24 Ιανουαρίου 2023.
