Στο πρωτάθλημα Θεσσαλονίκης που διοργάνωσε η ΕΠΣ Μακεδονίας την περίοδο 1947-48 συμμετείχαν 17 σύλλογοι. Πρωταθλήτρια της Α΄ κατηγορίας ήταν η ομάδα του ΠΑΟΚ που αντιμετώπισε τους πρωταθλητές των ΕΠΣ Αθηνών και Πειραιώς στο Πανελλήνιο Πρωτάθλημα
Στη Β΄κατηγορία συμμετείχαν 5 ομάδες. Το πρωτάθλημα ολοκληρώθηκε στις 29 Φεβρουαρίου με τον αγώνα του Απόλλωνα Καλαμαριάς με τον Μαραθώνα που έληξε 5-1. Ο Απόλλων ισοβάθμησε με τον ΠΟ Ξηροκρήνης αλλα κατέλαβε την πρώτη θέση καθώς είχε δεχθεί λιγότερα τέρματα[3]. Μια βδομάδα πριν ο Απόλλων Καλαμαριάς επικράτησε του διεκδικητή του τίτλου ΠΟ Ξηροκρήνης με 4-0 και ο Θερμαϊκός αποσπώντας ισοπαλία από τον Μαραθώνα διατήρησε την 4η θέση. Η πιθανή τελική κατάταξη [4][5] ήταν η εξής:
Στη Γ΄ κατηγορία εντάχθηκαν τέσσερις νέοι σύλλογοι η ΑΕ Χαριλάου, η ΑΕ Αμπελοκήπων, ο Ποσειδών Καραμπουρνακίου και ο ΠΟ Προφήτη Ηλία που αργότερα μετονομάστηκε αρχικά σε ΠΑΕ και έπειτα σε ΠΑΟ Διοικητηρίου. Το πρωτάθλημα ξεκίνησε στις 21 Μαρτίου 1948. Την άνοδο στη Β΄ κέρδισαν οι Ακρίτες Συκεών, ενώ ο Ολυμπιακός Τερψιθέας απορροφήθηκε από το Μακεδονικό κι έπαψε να συμμετέχει στο πρωτάθλημα.