Ήταν η μεγαλύτερη κόρη του Ροβέρτου Β' δούκα της Βουργουνδίας και της Αγνής των Καπετιδών.[1] Παντρεύτηκε τον εξάδελφό της Λουδοβίκο Α΄ της Ναβάρρας (1305), ο οποίος ανέβηκε στον θρόνο ως Λουδοβίκος Ι' της Γαλλίας (1314). [2] Μαζί απέκτησαν μια κόρη, την Ιωάννα Β΄ της Ναβάρρας (1312 - 1349).
Η Μαργαρίτα κατηγορήθηκε για μοιχεία μαζί με τη συνυφάδα της Λευκή της Βουργουνδίας από την κουνιάδα της Ισαβέλλα της Γαλλίας (1314). Κλείστηκαν και οι δύο στη φυλακή, όπου η Μαργαρίτα απεβίωσε· σύμφωνα με μερικές πηγές στραγγαλίστηκε με εντολή του συζύγου της.[3]
Η κόρη της Μαργαρίτας, η Ιωάννα έγινε αργότερα βασίλισσα της Ναβάρρας ως Ιωάννα Β'· η νομιμότητά της αμφισβητήθηκε λόγω της μοιχείας της μητέρας της.
Με τον πρόωρο θάνατο του μικρανεψιού της Φιλίππου Α΄ δούκα της Βουργουνδίας (1361), δημιουργήθηκαν προβλήματα διαδοχής στο δουκάτο της Βουργουνδίας. Οι επικρατέστεροι διάδοχοι ήταν ο εγγονός της Μαργαρίτας, ο Κάρολος Β' της Ναβάρρας και ο βασιλιάς της Γαλλίας Ιωάννης Β΄ της Γαλλίας, ο οποίος ήταν γιος τής αδελφής τής Μαργαρίτας, Ιωάννας της Βουργουνδίας. Το δουκάτο κατάφερε τελικά ο Ιωάννης Β΄ να το ενσωματώσει στο Γαλλικό στέμμα και να το παραχωρήσει αμέσως μετά στον μικρότερο γιο του Φίλιππο Β΄ των Βαλουά τον Τολμηρό.
Σχετικά πολυμέσα.svg)