Οι Άνω Αμυγδάλοι είναι ορεινός οικισμός στο δυτικοκεντρικό τμήμα του νομού Λασιθίου. Βρίσκονται στις ανατολικές υπώρειες του όρους Σελένα, πάνω στην επαρχιακή οδό Νεαπόλεως-Οροπεδίου (ΕΠ 9) και σε μέσο σταθμικό υψόμετρο 610. Ο οικισμός απέχει 23 χλμ. περίπου Δ. ΒΔ. του Αγίου Νικολάου. [5][6][4]
Ο οικισμός αναγνωρίστηκε το 1925 ως Γαϊδούρο, το (Γαϊδούρω, η) και προσαρτήθηκε στην κοινότητα Βρυσών του νομού Λασιθίου. Το 1927 μετονομάστηκε σε Άνω Αμυγδάλοι και το 1930 προσαρτήθηκε στην κοινότητα Ζενίων. Το 1940 ο οικισμός καταργήθηκε για να επανασυσταθεί το 1971. Με το ΦΕΚ 244Α - 04/12/1997 αποσπάστηκε από την κοινότητα Ζενίων και προσαρτήθηκε στον δήμο Αγίου Νικολάου. [3]
