Ο Άγιος Ιωάννης είναι παραθαλάσσιος οικισμός στο βόρειο τμήμα του νομού Ηρακλείου, δίπλα και ανατολικά από τον Κρατικό Αερολιμένα Ηρακλείου. Βρίσκεται στην δυτική όχθη του ποταμού Καρτερού και βόρεια του Βόρειου Οδικού Άξονα Κρήτης (Α 90), σε μέσο σταθμικό υψόμετρο 40. Απέχει 6 χλμ. περίπου Α. από το κέντρο του Ηρακλείου. [6][7][5][8]
Ο οικισμός αναγνωρίστηκε το 1961 και προσαρτήθηκε στην κοινότητα Νέας Αλικαρνασσού. Με το ΦΕΚ 87Α - 07/06/2010 αποσπάστηκε από τον δήμο Νέας Αλικαρνασσού και προσαρτήθηκε στον δήμο Ηρακλείου. [3]