Στην 49η διοργάνωση του κυπέλλου Ελλάδας 1990-91 μετείχαν συνολικά 72 ομάδες (18 Α' εθνικής, 18 Β' εθνικής και 36 Γ' εθνικής κατηγορίας) και διεξήχθη σε 6 γύρους, συμπεριλαμβανομένου του τελικού.
Μετά την αρχική φάση των ομίλων, ακολούθησαν ενδιαφέρουσες αναμετρήσεις και από νωρίς αρκετές εκ των συνήθως πρωταγωνιστριών ομάδων εγκατέλεψαν τη διοργάνωση. Από τον 2ο κιόλας γύρο αποκλείστηκε ο Ολυμπιακός από τον ΠΑΟΚ, ο Άρης από τον Αθηναϊκό και ο Ηρακλής από την Ξάνθη, ενώ στον Γ' γύρο ήρθε ο αποκλεισμός της ΑΕΚ από τον ΟΦΗ. Σ' ένα εντυπωσιακό αποτέλεσμα στην ίδια φάση, ο Εδεσσαϊκός (ομάδα Β' εθνικής τότε) ανέτρεψε τη σε βάρος του ήττα με 4-0 από τον Ιωνικό ισοφαρίζοντας στον αγώνα ρεβάνς το σκορ του πρώτου αγώνα, για να αποκλειστεί όμως στη διαδικασία των πέναλτυ.
Στον τελικό έφτασαν ο Παναθηναϊκός (για 6η φορά τα τελευταία 10 χρόνια) έχοντας στο μεταξύ αποκλείσει τον ΠΑΟΚ στους ημιτελικούς και ο νεοφώτιστος στην Α' εθνική Αθηναϊκός για πρώτη και μοναδική ως τώρα φορά στην ιστορία του. Τη χρονιά αυτή η ΕΠΟ αποφάσισε την καθιέρωση για πρώτη φορά διπλού τελικού, σύμφωνα με το πρότυπο του κυπέλλου Ιταλίας. Ο Αθηναϊκός επέλεξε ως έδρα του πρώτου αγώνα το γήπεδο της Λεωφόρου Αλεξάνδρας και όχι το δημοτικό γήπεδο του Βύρωνα που ήταν η φυσική του έδρα, ενώ η ρεβάνς έγινε κανονικά στο Ολυμπιακό Στάδιο με τον Παναθηναϊκό να κερδίζει και τους 2 αγώνες και να φτάνει παράλληλα στην κατάκτηση του νταμπλ.
Ο Αθηναϊκός σαν φιναλίστ του κυπέλλου αγωνίστηκε την επόμενη χρονιά για πρώτη και μοναδική φορά στην ιστορία του στο κύπελλο κυπελλούχων Ευρώπης. Ο τερματοφύλακας του Αθηναϊκού στον πρώτο τελικό Νίκος Σαργκάνης απέτυχε να κατακτήσει το κύπελλο Ελλάδας και με μία τέταρτη ομάδα της καριέρας του, καθώς προηγήθηκαν οι κατακτήσεις με Καστοριά, Ολυμπιακό και Παναθηναϊκό, ενώ για τον διαιτητή του Β' τελικού Μελέτη Βουτσαρά ήταν ο τελευταίος αγώνας της καριέρας του. Για τέταρτη συνεχόμενη χρονιά πρώτος σκόρερ της διοργάνωσης αναδείχθηκε ο Δημήτρης Σαραβάκος που σημείωσε 10 γκολ.
| Αντίπαλοι |
Σκορ |
Αντίπαλοι |
Σκορ |
| Β' γύρος |
Γ' γύρος |
| Ηλυσιακός - Λεβαδειακός |
1-1, 2-4 |
Κιλκισιακός - Λάρισα |
3-2, 2-4 |
| Λάρισα - Απόλλων Αθηνών |
0-0, 1-1 (παρ.) |
ΟΦΗ - ΑΕΚ |
3-0, 1-3 |
| Προοδευτική - Παναθηναϊκός |
1-2, 0-5 |
Παναθηναϊκός - Λεβαδειακός |
2-1, 0-0 |
| Παναρκαδικός - Κιλκισιακός |
4-1, 0-5 |
Ξάνθη - ΠΑΟΚ |
2-1, 0-2 |
| Εδεσσαϊκός - Απόλλων Καλαμαριάς |
1-0, 1-0 |
Δόξα Δράμας - Εορδαϊκός |
3-0, 1-1 |
| Χαραυγιακός - ΑΕΚ |
0-3, 0-2 |
Ιωνικός - Εδεσσαϊκός |
4-0, 0-4 (5-4 πεν.) |
| Ολυμπιακός - ΠΑΟΚ |
2-0, 0-3 |
Αθηναϊκός - Αναγέν. Καρδίτσας |
3-0, 2-1 |
| Ιωνικός - Εθνικός Αστέρας |
3-0, 1-0 |
Ε.Α. Ρεθυμνιακού - Πανιώνιος |
1-3, 0-3 |
| Ε.Α. Ρεθυμνιακού - Παναργειακός |
2-0, 1-3 |
Προημιτελικοί |
| Πανσερραϊκός - ΟΦΗ |
3-1, 0-2 |
Πανιώνιος - ΟΦΗ |
2-0, 0-2 (3-2 πεν.) |
| Αθηναϊκός - Άρης |
2-1, 3-1 |
Αθηναϊκός - Δόξα Δράμας |
2-0, 1-0 |
| Ηρακλής - Ξάνθη |
0-0, 0-1 |
ΠΑΟΚ - Λάρισα |
3-0, 0-2 |
| Ολ. Λουτρακίου - Αναγ. Καρδίτσας |
2-0, 0-3 |
Ιωνικός - Παναθηναϊκός |
0-3, 1-3 |
| Πανελευσινιακός - Πανιώνιος |
2-3, 0-5 |
Ημιτελικοί |
| Νάουσα - Δόξα Δράμας |
2-4, 1-0 |
Παναθηναϊκός - ΠΑΟΚ |
2-0, 0-1 |
| Δόξα Βύρωνα - Εορδαϊκός |
0-0, 0-2 |
Αθηναϊκός - Πανιώνιος |
3-0, 1-3 |
|
Κύπελλο Ελλάδας ποδοσφαίρου ανδρών |
|
 |
|
|
|
Την περίοδο 1933–34 έως 1937–38 δεν διοργανώθηκε για οικονομικούς λόγους και την περίοδο 1940–41 έως 1945–46 εξ αιτίας του Β' Παγκοσμίου Πολέμου.
|
|
Αθηναϊκός - 
Παναθηναϊκός 0-3 (ημίχρονο: 0-0)
σουτ), Βαζέχα (85' 
